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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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そういえば街中はクリスマスってるのに自分は何もしていないことに気づいた。
ので、テンプレだけちょっとクリスマスってみた。
どうでもいいけどここのブログ、キャッシュクリアせんとテンプレの変更反映されないのな。
そんなまめちしきよりも、もっと役立つまめちしきを手に入れよう!
というわけで、知ったかMRI結果表示あどばんすと。

前回↓
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/156/
個人脳にROIのっけしてた。

今回したいこと:標準脳にコントラストの結果のっけしたい。
コントラストとるのはうちの研究室のみんなやってるから、単純に研究室のひとに聞いた。

SPMでResultsやって、コントラスト出す

overlaysからsections選ぶ

SPMダウンロードしたとこのフォルダの中に、canonicalというフォルダがあって、その中のsingle_subj_T1.niiを選ぶ

そしたら標準脳にコントラストのっけしたやつが出てくる。
3方向の断面で示されます。
しかし十字がじゃまだなあ。

もしくは、
コントラスト出す

overlaysでrender選ぶ

SPMダウンロードしたとこのフォルダの中のrendフォルダから、render_single_subj.matとか選ぶ

StyleとかBrighten blobsとかWhich colors?とかてきとーにする

と、3D脳にコントラストのっけしたやつが出てくる。
初期のMRI論文にのってたよーな図。
最近こういう図見なくなったような気がするけどなんでだろー。
中(内側)見れないからかな?

とりあえず、ファイル→別名で保存にして、拡張子を.epsとか.aiとかにしとけばあとで図をイラレでいじれる。
じゃまな十字はイラレ上で消した。


もちょっとなんかうまいことやりたいので、MRIcroNでやってみよー。
しかしやりかたがよくわからんな。
あってるかどうかわからんけど今のやりかためもっとく。

まずMRIcroNのFile→Openからさっきのcanonicalフォルダの中のsingle_subj_T1.niiを選ぶ

Draw→Open VOIでファイルひらく画面になる

NIfTI/Analyze Header (拡張子が.hdrか.niiのやつ)を選んでcon_001.hdr選ぶ

するとそれっぽいのが出る

チェック模様のボタンをクリックすると十字消える

絵として保存したいときはSave as bitmapでてきとーな名前つけて保存する

んが、これ合ってるのかどうかわからん。
SPM上で見たやつよりなんか統計値がゆるいのか?
SPMで見たコントラストの部位は含まれてると思うがそこで出なかった部位も赤くなっとる。
これにさらにMaskとかかけなあかんのかな?

てきとーにぐぐってもMRIcroNでコントラストのっけする方法が出てこない。
てゆーかOverlayでいけるかと思ったんだがそれだとなんか真っ赤になる。
なんかよくわからん・・・

とりあえず、画像はSPMのほうで間に合わせるしかないかー。
なんというぐだぐだっぷり・・・

無題
>なんか真っ赤になる。

I experienced the same. Try the following procedures.
Modify the values at the top of the window. (ueno bar no tokono suuchi ijire.)
Maybe they appear like -0.105; 0.201 after adding an overlay. The area involves both positive and negative contrasts (that is why you got entire red field). Modify the first value, for example, 0.0001;0.201, then you will have only "positive" contrast areas highlighted.
For "negative" areas, overlay again and modify the second value -0.105;-0.0001.

(This solution came from Lion-san in UoM)
ganbare!
by r 2010/12/23(Thu)10:11:57 編集
Re:無題
ちょwwwらいおんさん言うなwwww
まあらいおんさんも元気そうで何よりです。

確かに数値いじったら赤いところは減るんやけど、SPMのResultsで出したコントラストよりも赤くなってる部位はやっぱり多かった。
SPMのResultsは統計の閾値設定してるから、それで部位が減るのではないかなあと思う。
con0001.hdrだけやときっと統計かける前のコントラストなんじゃないかね。

あとツールバー的な数値がいったい何をさしてんのかよくわからんのですわ。
ちゃんとMRIcroNの解説読んだら書いてあるんやろーけど、結局あんましつかわないのでほっぽってしまってる。
勉強せなあかんこといっぱいあってめげてしまいそうですわー。

まあぼちぼちがんばる。
2010/12/23 22:01
無題
今日は日本語打てる日。

>ツールバー的な数値がいったい何をさしてんのかよくわからん

とりあえず、いじるとオーバーレイの面積が変わるとこの数値は、β、すなわち回帰係数らしいよ。らいおんさんが言ってた。SPMのマッピングも同じく回帰係数算出して、有意かどうかでマップする僕セルか否か決めてるはずなんだが、おそらく検定方法が違うってことなのだろう。
by r 2010/12/26(Sun)16:42:28 編集
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