忍者ブログ

めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

2024/03    02≪ 1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  ≫04
×

[PR]上記の広告は3ヶ月以上新規記事投稿のないブログに表示されています。新しい記事を書く事で広告が消えます。

Kanwisher et al. 1997やEpstein & Kanwisher 1998の論文に出てくるような、ROI(FFAとかPPAとかの)の被験者ごとのスライス図ってどうやって作るんだろー。
と試行錯誤してそれっぽい方法がわかったよーなわからんよーな気がするのでめもっとく。

ステップ1.図にのっけたいROIを画像化するよ!
1)MarsBaR起動
2)ROI definition→Export→imageを選択
3)当該ROIの.matファイル選ぶ(1こだけ)
4)Space for ROI imageとか聞かれるけどBase space for ROIsでいんじゃね
5)画像ファイルをおくディレクトリ選ばされるからてきとーにどーん。
6)ファイル名指定。まあよしなに
7)気づけばなんとなく.niiができてます。

ステップ2.MATLAB上で構造画像の上にROI図をのっけするよ!

wiki.livedoor.jp/weidows95/d/SPM5%a4%c7%a4%ce%b7%eb%b2%cc%c9%bd%bc%a8%a4%a2%a4%ec%a4%b3%a4%ec
を参考に。

1)MATLABのコマンドウィンドウに slover('basic_ui') って入力
2)どのファイル読むの?というウィンドウが出るので、図を作りたい被験者のノーマライズした構造画像と、図にだしたいROIのファイルを選択する
3)それぞれについて、「これどういう画像?」っていちいち聞いてくるので、構造画像には“Structure”、ROI画像には“Blob”と答えてあげよう
4)“Blob”についてスケール範囲?を聞くらしいがデフォルトでおk
5)Image Orientationとかいう欄で表示したいスライス面をaxialかcoronalかsagittalか選ぶ。
axial=transverse=横断面な、z軸を刻んでいくかんじ。めだまの断面とか出てぎゃってなるほう。
coronal=冠状断面、y軸を刻んでいくかんじ。前からスライスしていくので耳とかみえちゃうことも。
sagittal=矢状断面、x軸を刻んでいくかんじ。左右分割されちゃう。横顔とかみえる。
6)Slices to displayっていうとこで、3つの数字を入力せなあかんのですが、
出発点となる座標(MNIで):スライスする分厚さ:終点となる座標
という構成になってるっぽい。


んでいろいろがんばってみたんですが、どうもこの方法では複数のポジティブROIを表示することが無理っぽい?
コマンドウィンドウみてたらなんか一回描いた図リフレッシュしてしまうみたいだし。
ああもう。

しょうがないので、2こいちになったROIを作成して両側FFAとか両側PPAとか作ることにした。
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/144/
で紹介した、MasBaRのROI definitionのTransformでCombine選んで論理和(r1 | r2)したらいいわけだ。
これを図にするROIとして上の手続きを踏めばいいわけね。

…しかし改めて図にするとあれこのROIちょっとどうなん?みたいなのが見えてくるなあ…
ちょっと修正作業に追われそう。



どうでもいい疑問。
axialとtransverseとどっちがメジャーな言い方?
おしえてぐぐるせんせーい。
ということで検索結果↓
transverse section の検索結果 約 2,510,000 件
axial section の検索結果 約 7,980,000 件
というわけでaxialの勝ちー。

本来ならPubMedでやるべき。
ということでざっぱに検索。
transverse section は2440件
axial sectionは1396件
というわけでこっちではtransverseの勝ちー。
・・・あれー?

まあどっちでもいいんだろう。
自分の周辺の先生らがどっちつかってるのかこっそり聞いてそれにあわせよう。

うーむ
これだと、実はBrainVoyager使った方が圧倒的に簡単かもしれませんね。笑
といってもSPM + MasBaRでおやりになると決められた後のことですので、外野がとやかく言うことでもないかと思います。頑張ってください。

ところで、断面の呼称ですが。Siemensのコンソールだとaxialと書いてありますが、BrainVoyagerで見るとtransverseと書いてあります。これは迷うところですが、結局僕は論文では統一してtransverseと表記しております。ただし、どちらで書いても査読者やら編集者やらに怒られることは絶対にないと思って大丈夫です。お好みの方を使えばよろしいかと思います。
by viking URL 2010/02/26(Fri)23:29:21 編集
Re:うーむ
コメントありがとうございます。

>これだと、実はBrainVoyager使った方が圧倒的に簡単かもしれませんね。笑
・・・いや、ほかにもっとかんたんな方法あるのかもしれませんが、何せネットが頼りの手探り状態ですので・・・
あああ。BrainVoyagerのキー見つからないので、今はキー探索に時間を割くよりちまちま作業をがんばります。

・・・次があったらBrainVoyagerやってみたいです。
でも予算的に「次」があるか不明というせつなさ。
まあこのギョーカイでぺーぺーだとしかたないですね。

>ところで、断面の呼称ですが。Siemensのコンソールだとaxialと書いてありますが、BrainVoyagerで見るとtransverseと書いてあります。これは迷うところですが、結局僕は論文では統一してtransverseと表記しております。ただし、どちらで書いても査読者やら編集者やらに怒られることは絶対にないと思って大丈夫です。お好みの方を使えばよろしいかと思います。
なるほど!

じつは、アドレナリンとエピネフリンみたいに、学閥による好みがあるんじゃないかと穿っていたりしたんですが。
この論文誌に書くときはこっちの名称・・・なんてのがなさそうなら、特に気にすることもないですね。

このてきとーぶろぐもだんだん本当に研究用めもになってきてうれしい限りです。
2010/02/27 07:29
この記事にコメントする
              
お名前
タイトル
メールアドレス
URL
カラー
絵文字 Vodafone絵文字 i-mode絵文字 Ezweb絵文字
コメント
非公開 管理人のみ閲覧できます
パスワード   
* コメントの編集にはパスワードが必要です
この記事にトラックバックする
トラックバックURL:
カレンダー
02 2024/03 04
S M T W T F S
1 2
3 4 5 6 7 8 9
10 11 12 13 14 15 16
17 18 19 20 21 22 23
24 25 26 27 28 29 30
31
カテゴリ説明
もっさり:日々の雑感をもっさり。
がっつり:論文や研究関連をがっつり。
びっくり:科学ニュースでびっくり。
まったり:空想科学などでまったり。
ばっかり:デザイン系自己満足ばっかり。
ほっこり:お茶を嗜んでほっこり。
最新コメント
※SPAMが多いのでhttpを含むコメントと英語のみのコメントを禁止しました※
[01/20 NONAME]
[05/07 ぱるぱる]
[05/06 ぱるぱる]
[05/06 ぱるぱる]
[08/29 初見名無し]
最新トラックバック
プロフィール
HN:
az
性別:
非公開
自己紹介:
興味のあるトピックス
 分野は視覚認知。視知覚にがて。
 あと記憶全般。
 カテゴリ (semanticsか?) とかも。
 最近デコーディングが気になる。
 でも基本なんでもこい。
 好奇心は悪食。

好きな作家(敬称略)
 川上弘美
 小林秀雄
 津原泰水
 森茉莉
 レイ・ブラッドベリ
 イタロ・カルヴィーノ
 グレッグ・イーガン
 シオドア・スタージョン
バーコード
ブログ内検索
カウンター
フリーエリア
PR
<< Back  | HOME |   Next >>
Copyright ©  -- めもめも ...〆(。_。) --  All Rights Reserved
Designed by CriCri / Material by もずねこ
忍者ブログ  / Powered by [PR]