めもめも ...〆(。_。)

あほねこオンライン２・SSH Key作成編

あほねこオンライン実験つづき。

前回Pavloviaアカウントを作成したので、さくさくっとPsychopy Builderで実験を作成してそれをうｐ…というわけにはいかなかったので、さらに準備が続きます。

いや、まあ実際のところはアカウント作成して実験つくってうｐしようとしたんですけど、さっそくエラーをはきまして。
具体的にいうとこう。

ちなみに、今回うｐしてる実験はいろいろあって中身を明かせないので、スクショもいろいろ黒塗りをしております。あしからず。

まあようするに、SSH Keyというのを設定しないとうｐできないよってことみたいです。
さっそくあほねこわからないポイントが発生している……

詳しくは各自検索してもらうこととして、なんかセキュリティ的に必要なやつです。
作り方に関してPavloviaの案内はこちら

あほねこはWindows10環境ですので、Windows10でSSH KeyというのをつくってPavloviaに設定する方法を解説します。

１）WSL（Windows Sybsystems for Linux）をつかえるようにする
スタートボタンを右クリック→「アプリと機能」→プログラムと機能→Windowsの機能の有効化または無効化
でチェックリストみたいなのが出てくるから
Windows Sybsystems for Linux
を見つけてチェックをいれ、設定が変更され終わるまでしばし待ってから再起動。

２）Ubuntuをインストールする
あまりパソコンくわしくない人はえぇ…ってなるかもしれん。
だいじょうぶだわたしもなった。
まあそんなにこわくないよ。
Microsoft Storeを立ち上げて、検索窓にUbuntuと入力してみよう。
こんなかんじでずらずら出てきます。

どうでもいいけどUbuntuで出てくる映画って何……
B級映画好きの血が騒いでしまう！
騒ぐ血を鎮めながらてきとうなUbuntuを選択します。
なんかバージョンとかにこだわりがなければ数字のつかない「Ubuntu」でよいと思う。

インストールしたらこんな画面が出てくるので、「起動」ボタンとか押してUbuntuをつかおう！

３）Ubuntuの設定を済ませておこう
立ち上がったUbuntuは、インストールできたらUNIX ユーザアカウント名とパスワードを設定せいと言ってきます。
ユーザ名なんかてきとうでもいいみたいです。
ただここで設定するパスワードは、なんかUbuntuでいろいろ作業するときにちょくちょく要求されるらしいので、あんまりわかりにくかったり入力しにくかったりするようなのはおすすめできない。
とりあえず
Enter new UNIX username:
のところでてきとうな名前を入力。
New password:
のところでパスワードを入力。
……なんですが、Ubuntuってパスワードのところ入力してもなんも表示されないんですね。
Winだとなんか****みたいになって文字数はわかるじゃないですか。
Ubuntuなんもないの。
ぱにくってBackspace連打したりしたので
Retype new password:
のところで再入力したはずが「一致せんやんけコラァ」と怒られる始末。
でもTry again?でリトライできるみたいなので、あわてず心を落ち着かせてパスワードを入力しよう。

それができたらインストールできたよー！っていろんな情報が出てきますが、最後にこんなかんじ↓で緑文字のユーザネームが表示されたらよし。

４）SSH Keyを生成しよう
いよいよSSH Keyを生成します。
緑文字の出てきた行に
ssh-keygen -t ed25519 -C "自分のメールアドレス"
と入力します。
このメールアドレスはPavloviaに登録したものと同じものにしておくとよい。
SSH Keyというのはいろいろ種類があるそうなのですが、Pavlovia公式が「ed25519がいんじゃね？」って言ってるのでこれにします。
そしたらUbuntuが「SSH keyどこに保存しとく？」と聞いてきます。
こんなふうに。

フォルダ変えてもいいんですがめんどうなのでエンターキーおしときます。
デフォのフォルダに保存されます。
その次は、SSH KeyになんかPassphraseとかいうのを設定するか聞かれるんですが、意識が高いひとはなんかしてください。意識低いあほねこはそのままエンターキーをッッッターン！してしまいます。一応それでもいいってPavloviaの説明に書いてあったし。

そうするとSSH keyができたよーってことでこんなかんじのが出力されます。

このへんをもっと勉強するのはまたの機会に譲ります。
だいじなのは、public keyというファイル (拡張子が.pub) がちゃんとしかるべき場所にできていることです。

５）SSH Keyをコピーしよう
でもって、作成したSSH KeyをコピーしてPavloviani設定してやる必要があるのですが、なんかUbuntu上でコピーするにはパッケージを導入しないといけないらしく、非常にめんどくさかったのでWindowsのてきとうなテキストエディタでコピーすることにします。
さっきてきとうにエンターを押したので、SSH KeyはUbuntuのホームディレクトリに保存されているはず。
ホームディレクトリはこのサイトとかを参考に探します。
ようするにCドライブのユーザフォルダから
AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_7なんとか
LocalState\rootfs\home\ユーザ名\.ssh
というフォルダを探し出して.pubのファイルをエディタでひらけばよい。
そんで出てきた全文をWindowsのいつものやりかたでコピーします。

６）PavloviaにSSH Keyを設定しよう
そしたら、User Setting のSSH KeysのところでSSH Keyを設定します。

まず、Pavloviaの右端によくわからない画像（アバターらしい）があるのでそれをクリックしてSettingsを選択します。

そしたら左端にいろいろ項目が出てくるので、SSH Keyのところを押して、出てきたボックスにさっきコピーしたSSH Keyを貼り付け。
名前をいれたらあとは「Add Key」を押すだけ！

これで実験プログラムをうｐしたりできるようになる。
次回、待望の実験プログラムうｐ回！心して待て！

あほねこオンライン１・Pavloviaアカウント作成編

というわけで「あほなねこでもできるオンライン実験のしかた」、略して「あほねこオンライン」はっじっまっるよー！！

前回でも宣言したとおり、Psychopy Builder にPavloviaという組み合わせでやってみます。
Pavlovia公式
Pavlovia自体はPsychopyの開発と同じくthe University of Nottinghamのチームがつくったっぽい。

ドキュメントをみたらべつにPsychopyだけでなく、jsPsychやLab.jsでも対応してて、ようするに実験プログラムをおいとく＆実験データをおいとくサーバ管理を肩代わりしてくれるということですな。
サーバ管理ができるようなあたまがあほねこにはないので非常にありがたい。

アカウント登録＆サーバに実験プログラムをおくだけなら無料で、実際に実験を公開して走らせるのに、データ１人分につき１クレジット（20ペンスで購入）または年間取り放題ライセンス1500ポンドが必要だそうな。
年間ライセンスって7500人分か…
年間ライセンス自体は機関に付与されるので、心理実験ばりばりやる学部とかだったらありだと思う。
小規模実験室でちょろっと試すだけならクレジットをちまちま購入してもいいんじゃないかな。
まあこのへんはもっちょいあとで検討しよう。

まずはアカウント登録から。
公式をひらくと上右端に「Sign In/Register」ってあるからそこをくりっく。

そしたらSign Inの画面になるけど、あわてずRegisterをくりっく。

そして
・フルネーム
・ユーザネーム
・メールアドレス
・パスワード
を設定して「Register」ボタンを押そう。

特にユーザネームは実験プロジェクトを共有したりフォーラムで連絡とったりにつかうのでじゅうよう。
まずはこれで一歩踏み出すことができたぞ！

……ここまではいいんだけど、ここからはちょっと苦難の道のり。
かくごがひつよう。
次回につづく！

今をときめくオンライン実験でときめきたい（ときめけるとは言っていない）

世の中のご時世があんなこんななので、オンライン実験の方法を模索＆確立すべしという特命がくだりました。

まずはどういう方法があるのかをざっくり見てみる。

１）Javascriptをめっちゃ書く
そして自前のサーバでデータとる。
Javascriptを書けるor１から勉強できるならあり。
……ちょっとすぐには無理かなー。

というわけで手を出しやすいツールに行こう。

２）Psytoolkit
公式はこちら
日本語での情報は少ないっぽい。
SONAシステムとかMTurkと連携できるっぽいからそういうのつかう人ならべんりかも？

３）lab.js
公式はこちら
山形大学の先生が作ったサイトの解説が見やすそう。
ブラウザGUIで作れる。

４）jsPsych
公式はこちら
javascriptベースでスクリプト書いて実験するやつ。
要するにPythonとPsychopyの関係ですな。
このチュートリアルが参考になりそう。

５）MATLAB
MATLABのコードをJavascriptに変換してくれるツールが公開されてる→ここ
これをつかってJavascriptとして走らせる。
R2019以降っぽい点に注意。

６）Psychopy Builder + Pavlovia
Psychopyに関しては言わずもがな、みんなだいすきS先生を参照するのが早い。もうリンクも貼らない。
Psychopy3に、Pavloviaという実験用サーバサービスとの同期機能が実装されたので、これをつかって実験をオンライン化できる。

どれを選ぶかについては、正直これまでの手持ちの材料が何かによると思う。
SONAシステムが実装されている前所属であれば、Psytoolkitを選んだと思う。
Psychtoolboxの道を歩み続けていてMATLAB更新する余裕があれば、MATLABのツールを選んだと思う。
これまで何も資産がなければ、Javascript勉強がてらjsPsychを選んだと思う。
でもここんところずっとPsychpyをいじっているので、Psychopy + Pavloviaの道を少し模索してみようと思う。
ちょうひさしぶりのあほねこシリーズだぜ！

お茶欲菓子欲シフォンケーキ

あんまりゆっくりできなくても、ついついレシピや製菓用品店を見てしまう悪い癖がある。

でも！ついに！
新しい道具で新しいお菓子作りスキルを開拓したぜ！

シフォンケーキ型を手に入れシフォンケーキが焼けるようになりました。
基づいたレシピはこちら。

シフォンケーキってうまくふくらまなくて難しいイメージがあったのですが、ちゃんとふっくらふくれあがってきれいな割れ目ができました。焼き上がりが割れるくらいがよいらしい。

焼いたあとしばらく冷まして冷蔵庫に入れてしっとり落ち着かせるところまでがレシピみたいなんですが、ひゃあ！がまんできねえ！となって食べるほかほかシフォンケーキも乙なものです。

プレーンのやつに慣れてきたら今後アレンジシフォンケーキにも挑戦したい。

Win10とPsychopyがどうにかなった

2019年の春？初夏ぐらいに、Win10マシンで急にPsychopyが動かなくなる現象が発生していた。

日心でS河先生にお会いする機会があったので「あれなんなんですか？」って聞いてみたけど先生のご環境では確認されてなくてよくわからんって話だった。
エラーコード見せてよって言われていたのに完全に忘れていた。
もう過去の話だけど、一応めもっておくことにする。

吐いたエラーメッセージとしては
psychopy windows 10 GetDeviceGammaRamp failed
で、Psychopyのフォーラム的なやつでは
あきらめて座して待て
てきな回答だった。

なんか気づいたらなおってた。
たぶんWin10側かPsychopy側がなんかしてくれたんだろう。
ありがとうなんかしてくれたひと！

個人的配列の長さ取得一覧

自分だけが得をするシリーズ、配列編。
コマンドプロンプトでは基本的に配列っぽいのは扱ってないらしいので省略。

まずは基本の長さ取得から。

Pythonの場合は配列っぽいものが3種類あるので注意。
リスト：厳密には配列ではないらしい、いろいろなものが入る、[ ]で書く
タプル：リストと似ているが生成後は変更できない（このことを「イミュータブル」というらしい）、( )で書く
array：同じ型の変数のみ、import numpyが必要、([ ])で書く
ndarrayというやつにしたら多次元配列がつかえる

で、配列の長さを取得するには

Pythonで

len(配列)

MATLABで

length(配列)

Rも

length(配列)

VBA

UBound(配列)

手が空いたときに結合とか追加とかやる。
たぶん。

個人的カレントディレクトリ操作一覧

なんかプログラムつくろうとするたんびに「こいつカレントディレクトリの確認どうするんやっけ」ってなる。ほぼ毎回。

ぐぐらずてきとうするとたいがいエラーをはく。だいたいRのやり方をMATLABでやろうとするとかそういうパターンで失敗する。

なので次回また忘れている自分のためにめも。
いちいち言語ごとにぐぐるのしゃくなので、自分がつかう言語でまとめ。
あとパスの囲み方・区切り方も混乱するから書いておくね。

＼と￥は環境によって表示がかわるので、本来なら半角だけどめもぶろぐ上で両方を表示させるために全角で書くので注意。
実際に書くときは半角でね。あたりまえだけど。

＊＊＊

PsychopyはPythonベースなのでPythonのやりかたがひつよう。
Psychopy／Pythonでは

まず

import os
を書いたうえで

os.getcwd()

でカレントディレクトリのパスを取得できるのでそれをprint

os.chdir('パス')

で移動

(区切りは / でも￥でもいける。すげえ)

＊＊＊

MATLABで

でコマンドにカレントディレクトリのパス表示

pwd

でansにパスを入れて返す

cd '絶対パス'

cd \相対パス

で移動

（区切りは＼￥）

＊＊＊

Rで

getwd()

で表示

setwd("絶対パス")

で移動

(区切りは / )

＊＊＊

コマンドプロンプトで

だけで表示

cd /D E:
でドライブ変更

cd パス

で移動

（区切りは＼￥）

＊＊＊

VBAで

CurDir()

で現在のを取得

CurDir "パス"

（区切りは＼￥）

自分だけにすごいべんり。
まあこのめもぶろぐはそういう主旨のものだからね。

Psychopyリトライ

結局Psychopyを書くことになる。
もはやVBはWin7ですら動作がおぼつかないような気がする。
Runtimeのせいかもしれない。
Win8ではやや厳しい。
まだVBで生き延びてる同期マジすげえ。

BuilderとCoderとあるけど、Builderはちょっと条件分岐いろいろつけようとおもうとめんどくさいしGlobalに変数に入った値を持ち運ぶやりかたがよくわからなかったので、メインはCoderになる予定。
なんかを見てぽちっとボタン押すだけならBuilderでもいいっぽい。
あと結局は十河さ…十河先生を頼るのが一番よい。
なのでちゃんと勉強したい人は十河先生の本を買って読もう！

実際独学でCoder書こうとしてもなんかよくわからんかったところ、本を読んだらあっさりかけたので、Coderなら本最強。

このめもぶろぐでPsychopyのネタを扱うときは、本に載ってないことや最近出てきた問題を書くことにする。

Cortexというジャーナルの意外な楽しみ方

Cognitive Neuroscience系で有名なジャーナルのひとつに、Cortexというのがあります。
https://www.journals.elsevier.com/cortex

ジャーナルの話をするときってだいたいIFとか掲載内容とか掲載基準とかそういうトピックになると思いますが、今回はもっとゆるゆるな楽しみ方をご紹介したいと思います。

……Cortexね、たまに表紙絵がすごいんですよ。
特に2016年は豊作。
電子ジャーナルだと表紙絵がごく小さくしか表示されないのがもどかしい。
どっかででかでかと見られないかなぁ。
とりあえず、ジャーナル公式の左上に表紙絵があるので、目を凝らして見てみてくださいよ。

とりあえず2016年の豊作っぷりをご紹介しましょう。

ガスマスクをつけた脳！
持ち運ばれる脳！
脳っぽい石庭！
脳メインディッシュ！

特に最後の脳ディッシュは衝撃的。なんでこんなの作ったの…

2017年はなりを潜めますが、2018年はやや復調します。
脳マッピン…グ…？？
脳の中にこどもの顔？
顔になった脳…？

なんなんだCortexの表紙。
なんかセンスがすごいぞCorttexの表紙。
これからも、Cortexは表紙を楽しみながら論文を読みたい。

あげるつもりで忘れていたNIRS実験のこつ備忘録

いろいろため込んでいたHDDがお亡くなりになりました。
ここのブログ関連でいえば、お茶ネタ用の画像が虚空に消えました。
いやカメラからの分はあるはずなんですけどね。整理とかしてない分がね。
あとブログ下書きとかね。

サルベージできた下書きで、そこそこ重要そうなものを書いておく。
前所属でやったNIRS実験のしかためも。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

血流動態なので、イベントよりブロックが得意。
できればブロックの長さは20秒以上がいいといううわさ。
MRIのほうが力技（＝すごい信号処理）でもうちょい短くてもなんとかする方法がツールとして配布されてたような気がするが、NIRSのほうはやってみる人口だいぶ少ないし、わたし自身が信号処理とかだめだめなのでとりあえずそのへんに関しては保留。

頭皮になんか設置するかんじは脳波測定に似ている。
脳波測定でつかう電極に相当するものはoptodeという。日本語でなんて訳すのかはしらないが、わたしはとりあえずプローブと呼ばれていたのを聞いたのでプローブと呼ぶ。
プローブは送光（T)と受光（R)があり、この２つの組み合わせで血流動態を測定する。
なので、送光プローブと受光プローブの間が測定できる場所（チャネル）になる。
チャネルがうまく自分の測定したい位置にくるようにプローブを置かなくてはならない。
とはいえ、脳波とおなじ置き方をするくらいなので空間解像度はお察し、「だいたいこんなかんじ」でもだいたいいいんじゃないかなーと思う。まあ脳波のひともあんまり部位についてとやかく言うイメージないし。
まあそうはいってもてきとうに置いててきとうに撮りました、では妥当性も信頼性もぐっだぐたなので、基本的に脳波の電極の置き方に準じる。
とはいってもわたしは脳波の実験したことないので最初はえらいとまどった。
脳波の本何冊か読んでみたり。
まあさくっとだいたいのところをつかむには
http://guides.lib.kyushu-u.ac.jp/content.php?pid=686338&sid=5708879
のサイトがわかりやすかった。
いわゆる10-20法というやつで電極をおく位置を決めるやりかたです。
ざっと解説しておく。

nasion：鼻根（鼻の付け根の一番へこんでいるところ）
inion：後頭部結節（うしろあたまのなんかぽこってなっているところ。最初は？？？だったが、５，６人分ほどうしろあたまをさわっているとだいたいぱっとわかるようになる）
の間の長さをはかり。
左右の耳介前点（耳の穴の斜め上前くらいにあるぽこっとしたとこ）の間の長さをはかり。
この両方のちょうど真ん中がCz。

で、そこからFpzとかOzとかを算出。
Fpzは、鼻根からCzにむかって鼻根ー後頭部結節の長さの10分の1のぼったところ。Czからなら0.4かけた長さ。
Ozはその10分の1を後頭部結節からCzにむかってのぼったところ。
T3・C3・C4・T4は左右の耳介前点間の長さを分割。
T3：Czから左に左右の耳介前点間の長さに0.4かけた長さ分おりる。
C3：Czから左に0.2かけた長さ分おりる。
C4：Czから右に0.2かけた長さ分おりる。
T4：Czから右に0.4かけた長さ分おりる。

その後左側のFpz－T3－Ozを通る外周の長さを測定。分割してFp1・F7・T5・O1とする。
Fp1：Fpzから外周0.1分の長さで後ろ
F7：Fpzから外周0.3分の長さで後ろ
O1：Ozから外周0.1分の長さで前
T5：Ozから外周0.3分の長さで前
また右側のFpz－T4－Ozを通る外周の長さを測定。分割してFp2・F8・T6・O2とする。
Fp2：Fpzから外周0.1分の長さで後ろ
F8：Fpzから外周0.3分の長さで後ろ
O2：Ozから外周0.1分の長さで前
T6：Ozから外周0.3分の長さで前

あとはだいたい、前にある部位と後ろにある部位の中間地点に置くことになる。
こまかいので省略。

拡張10－20法というのも最近はつかわれているようで、こっちも場所決めはまあふつうの10－20法とほぼ同じだが、新しく名前がついた位置があったり古いほうと位置の名称が違うので注意が必要。
まあ新しいのはいいとして名称がかわったのは
T3→T7
T4→T8
T5→P7
T6→P8
なのでとりあえずそこだけは注意。
参考にした本は「心理学のための事象関連電位ガイドブック」

で、狙った位置にチャネルがくるよう祈りながらプローブの帽子なりバンドなりを装着。
髪の毛をわさわさかき分けてプローブをセット。
あとはNIRSの測定装置のほうで、ちゃんと測定できるか確認してから測定開始だ。
このへんはNIRSの機械によっていろいろあるだろうから省略。

あ、測定開始前にしておくことがあった。まあ測定後でもいいと思うけど。
MRI構造画像とか、なんかMNI座標を特定してくれるすごい機械とかが用意できない場合は、各実験参加者のプローブの装着状態を写真に撮っておくとよいそうな。
あとNIRS-SPMにかけようとおもうと、だいたいの頭の大きさからプローブの座標を推定する必要があるので、頭の縦横の大きさをはかっておいたほうがいい。
そんで楕円として近似して、基準となるところからプローブまでの距離を推定して座標を推定しないとNIRS-SPMにかけられないから注意。

測定が終わったら、測定装置である程度分析もできるらしいけど、いろいろいじることを考えたらデータをいらえる形に出力して解析用PCでこねくり回したほうがよいだろう。
とりあえずデータをもっていこう。

※このあとNIRS-SPMに挑むがやや挫折したため、てきとうなGLMでお茶を濁した。
いつか（いつ？）リベンジしたい。