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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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なんかもー。おもっきし夏だし。
べんきょーするより海とかプールとか行きたい。

しかし世の中よくしたもので(?)、周囲のまじめなみんなはさっくり断ってくれてしまうのでした。
「え~、水着いや」って。

気にしすぎだって!
だいたいタンキニとかならワンピースと露出度かわんないじゃん!
「でもいや」
とばっさり断られましたとさ。
論理が感情を超えられなかった一例。

まああほなことを言うのはおいておいて。


ちまちまROI解析をあーでもないこーでもないと行ってきたのですが、いちおちょもっとコントラストとってみっかーということで、か~るくやってみることにしました。
やりかた。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/rfx1.html

を読め。


では、あまりにも手抜きなので、↑に基づきつつあほねこな自分がひっかかりそーなポイントをチェックしていきます。
長くなるのでいちおうしまっとく。




まず、やること。
個人レベルで、調べたいコントラストを作る。
今回の私は、今までROI解析ばっかりみょこみょこやってたせいで、調べたいコントラスト作ってなかったのさ。
コントラストのつくりかた。

1)MATLAB起動する
そこからかー!そこからなのかー!
・・・と一応つっこんでおく
2)spmって打ち込む
そこから(ry
3)fMRIを選ぶ
そこ(ry
4)ボタンいっぱいついてるウィンドウで、Resultsを選ぶ
5)そしたら、ファイルを選択するウィンドウが出てくるので、1st-levelモデル&estimateすんでる(よーな前処理終わっててコントラスト作りたい)SPM.matをえらんでどーん
6)コントラスト選べってウィンドウが出てくるから、下の「Define new contrast」をぽちり
7)nameのところにてきとーな名前を、typeでt-contrastを(F-contrast、つまり3つ以上で見たい場合はそちらを)、contrastで見たいところに正の値、引き算したいところに負の値いれて全体で0になるように書いてSubmitおして、気が済んだらOKおす
8)できたらDoneでちゃちゃっとコントラスト出す
9)mask with other contrast(s)→他でマスクする必要ないからno
10)ROI analysis →べつに部位限定しないのでno
11)title for comparison →てきとー
12)p value adjustment to control → 有意水準をどこにとるか。FWEかFDR (corrected) かnone (uncorrected)か。まあよしなに
13)threshold →だいたいデフォルトで
14)extend threshold →0でおk

でコントラストが作れます。
ここで、con_0001.hdrとかcon_0001.imgとかspmT_0001.hdrとかspmT_0001.imgとかそーゆー名前のファイルが形成されます。
んで、注意するポイント。
「作った順番に番号ふられるから、複数コントラスト作るときは必ず同じ順番で作ること」
たとえば、A-BというコントラストとC-Dというコントラストが見たいなら、最初はA-Bを作る、次にC-Dを作る、というふうにして順番かえないこと。
さもないと自分があとで困る。
とりあえず、「どの番号がどのコントラストなのか」をしっかり把握&管理しておくこと。
自分どんだけあほやねん。


さて、コントラストができたところで、集団解析につっこむぞー。

1)ぼたんいっぱいウィンドウの、左がわにある2nd-levelってとこをぽちり
2)選択画面出てくるので、Scansを選択してコントラスト画像を選ぶ。con_0001.imgとかそういうやつ。
3)人数分選ぶ。
4)Directoryのとこで、結果を保存するフォルダを選ぶ。
5)バッチ作るひとはここで保存する。つくんない場合はそのままRunで。

ほいたらしばらくしたら、しろいハコのよーな行列ができる。
とーふみたいだなーとかあほなこと考えたりもする。

そんなかんじで(どんなだ)、ちゃちゃっとボタンのウィンドウでEstimate選んでさっきできたSPM.matをえらんでRunしとく。

んでResultsですが。
さっきの
SPM.matを選んでごー。
たぶんもーコントラストは込みになってるはずなので、コントラスト聞かれても1って言っとけばいいのではないかと。
上のコントラスト作るときとおんなじよーなかんじでマスクとかROIとか流して有意水準選ぶ。
んでさくっとそれっぽい画像は出る。
あーこっから先どうしたらいいんやっけ。座標から部位を特定しとけばいいんかな。

とりあえず今回はそんなかんじで。
明日これであってるのか誰かに聞いてみる。
なんという自分だけ用めも。
まあ今更ですけど。

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