2010/07/20 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その１０～集団コントラスト編

なんかもー。おもっきし夏だし。
べんきょーするより海とかプールとか行きたい。

しかし世の中よくしたもので（？）、周囲のまじめなみんなはさっくり断ってくれてしまうのでした。
「え～、水着いや」って。

気にしすぎだって！
だいたいタンキニとかならワンピースと露出度かわんないじゃん！
「でもいや」
とばっさり断られましたとさ。
論理が感情を超えられなかった一例。

まああほなことを言うのはおいておいて。


ちまちまROI解析をあーでもないこーでもないと行ってきたのですが、いちおちょもっとコントラストとってみっかーということで、か～るくやってみることにしました。
やりかた。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/rfx1.html

を読め。


では、あまりにも手抜きなので、↑に基づきつつあほねこな自分がひっかかりそーなポイントをチェックしていきます。
長くなるのでいちおうしまっとく。

まず、やること。
個人レベルで、調べたいコントラストを作る。
今回の私は、今までROI解析ばっかりみょこみょこやってたせいで、調べたいコントラスト作ってなかったのさ。
コントラストのつくりかた。

１）MATLAB起動する
そこからかー！そこからなのかー！
・・・と一応つっこんでおく
２）spmって打ち込む
そこから（ｒｙ
３）fMRIを選ぶ
そこ（ｒｙ
４）ボタンいっぱいついてるウィンドウで、Resultsを選ぶ
５）そしたら、ファイルを選択するウィンドウが出てくるので、1st-levelモデル＆estimateすんでる（よーな前処理終わっててコントラスト作りたい）SPM.matをえらんでどーん
６）コントラスト選べってウィンドウが出てくるから、下の「Define new contrast」をぽちり
７）nameのところにてきとーな名前を、typeでt-contrastを（F-contrast、つまり３つ以上で見たい場合はそちらを）、contrastで見たいところに正の値、引き算したいところに負の値いれて全体で0になるように書いてSubmitおして、気が済んだらOKおす
８）できたらDoneでちゃちゃっとコントラスト出す
９）mask with other contrast(s)→他でマスクする必要ないからno
１０）ROI analysis →べつに部位限定しないのでno
１１）title for comparison　→てきとー
１２）p value adjustment to control →　有意水準をどこにとるか。FWEかFDR (corrected) かnone (uncorrected)か。まあよしなに
１３）threshold →だいたいデフォルトで
１４）extend threshold →0でおｋ

でコントラストが作れます。
ここで、con_0001.hdrとかcon_0001.imgとかspmT_0001.hdrとかspmT_0001.imgとかそーゆー名前のファイルが形成されます。
んで、注意するポイント。
「作った順番に番号ふられるから、複数コントラスト作るときは必ず同じ順番で作ること」
たとえば、A-BというコントラストとC-Dというコントラストが見たいなら、最初はA-Bを作る、次にC-Dを作る、というふうにして順番かえないこと。
さもないと自分があとで困る。
とりあえず、「どの番号がどのコントラストなのか」をしっかり把握＆管理しておくこと。
自分どんだけあほやねん。


さて、コントラストができたところで、集団解析につっこむぞー。

１）ぼたんいっぱいウィンドウの、左がわにある2nd-levelってとこをぽちり
２）選択画面出てくるので、Scansを選択してコントラスト画像を選ぶ。con_0001.imgとかそういうやつ。
３）人数分選ぶ。
４）Directoryのとこで、結果を保存するフォルダを選ぶ。
５）バッチ作るひとはここで保存する。つくんない場合はそのままRunで。

ほいたらしばらくしたら、しろいハコのよーな行列ができる。
とーふみたいだなーとかあほなこと考えたりもする。

そんなかんじで（どんなだ）、ちゃちゃっとボタンのウィンドウでEstimate選んでさっきできたSPM.matをえらんでRunしとく。

んでResultsですが。
さっきのSPM.matを選んでごー。
たぶんもーコントラストは込みになってるはずなので、コントラスト聞かれても１って言っとけばいいのではないかと。
上のコントラスト作るときとおんなじよーなかんじでマスクとかROIとか流して有意水準選ぶ。
んでさくっとそれっぽい画像は出る。
あーこっから先どうしたらいいんやっけ。座標から部位を特定しとけばいいんかな。

とりあえず今回はそんなかんじで。
明日これであってるのか誰かに聞いてみる。
なんという自分だけ用めも。
まあ今更ですけど。