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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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相変わらずのぐっだぐだっぷりですがじわじわのんびりやっていきます。
てゆかSF分が足りない。あとしゅーくりーむ分も足りない。
欠乏症に苦しむと大変なのではやめになんとかしないと。

今日SF話してもよかったんですが、きになるめもを放置してたというか書き散らした紙めもが出てきたのでそれをうpる話。
けっこーだいじな話であるはずなのに、紙めもに言語的記述が残されていないゆえにぐだぐだっぷりがひどいです。
あまりにも「これはだいじなことを聞いた」という概念的記憶に収斂しすぎているので、後日確認をとったほうがいいかもしれない。

何の話かってーと、fMRIで機能的ROIを設定するときに(まあ機能的ROIに限らずコントラストとるときはそうだろうけど)、ボクセルがびみょーにばらばらなことがある。
まあ「ばらばら=ちがう部位」ならいいんだけど、溝がちょっと広かったり狭かったりとかだったら問題かもしれない。
ようはこういうこと。
voxelproblem_1.GIF
ちなみに画像はさっき紙メモ見ながらペイント&1分で描いたぐだぐだ絵。
もうちょっとなんとかなるんじゃないのかというツッコミ却下。
それでも視覚画像処理屋さんかというツッコミも却下。
実験するときはもちょっとまじめにやりますよなんぼなんでも。

まあネタはともかく。
きいろいところが皮質で、赤いところが活性化してる部分で、しかくがボクセルの枠(この絵だと2Dだけど)だと思って見てください。
中学生の頃いた塾の先生は、超絶な「画伯」で、意味のわからん楕円を描いては「はいこれが四国です。四国だと思ってみてください。なんでもそうだと思えばそう見えるものです」という無茶振りをやっていたなあ。
まあそういうスタンスでお願いします。

んで、左側だと溝が深くて狭くて、両岸の回が1このボクセルに入ってる。
じゃあこれは溝の活動は拾えないわけか?
あと2つの回が入ってるから、隣接する回の活動を切り分けられなかったりする?
でもレチノトピーみたいなんじゃなければまるめこんでも問題ない???

右側だと溝が広くて、溝にあたるボクセル部分に活動が入ってない。
あーこれ絵まちがってんのかな。
溝が活動しててもボクセルに入ってこないとかそんな話だったのかな。

・・・思った以上にぐだぐだしてまいりました。
とりあえず、何がどうだったか忘れたけど、左側の場合と右側の場合は別もんなのに、ボクセルとしてはどっちも活動する1このボクセルってみなせてしまうから気をつけろって話だったはず。
見分け方とか溝の分どうするのかとかの話を聞いたはずなんだがめもってないので空白。
なんてひどいめもだ。

そのうちもっかい話聞いてこの話改めて書き直す。
だがぐだぐだ絵を改める気はあまりない。

そんなに
voxel大きく取ってるんですか?

gyri/sulciの間隔はだいたい10mmぐらいなので、3×3×3mmぐらいなら異なるgyriを真っ二つに割ってしまうことはそんなに多くないと思うんですが・・・。

後は、そういう微妙な位置のvoxelはROI analysisからは外してしまうことですね。笑
by viking URL 2010/05/12(Wed)00:21:34 編集
Re:そんなに
どうもおひさしぶりです。御ツッコミありがとうございます。

ボクセルは「ふつう」のサイズなので、言われてみれば関係ないんじゃないかって気がしてきました。
(スムージングかけるとちょっとは影響が出るのかも、と思いましたがでも関係ないような気もします)
でもこの話をしてたひとはレチノトピーとかこまかいことをしているので、おおざっぱなわたしがあぶなっかしく見えたのかもしれません。いやまあ実際あぶなっかしいんですけど。
それ以前になんでこんな話だったのかを思い出すか確認しないといけませんよね・・・適当すぎてすみません。
正式な名称は忘れましたが、溝をふくらまして明るい灰色と濃い灰色のまだらでつるっとした脳の画像を作る方法のときに気をつけなければならないポイントがあるとかそんな話だったような気もします。
書いてて自分で恥ずかしくなるくらいのうろおぼえっぷりです。

わかってないことに手を出すと痛い目見るかわかってないアウトプットが得られるだけなので、へんなことは考えずに、「ふつう」のボクセルをひろっていきます。

今週いっぱいは時期的に「アレ」なんですが、ぼちぼち落ち着いてまたMRI関連のおしごとに戻れる予定なので、またちんぷんかんぷんなことを書いてしまうかもしれません。よろしければまたご指導ごツッコミをお願いしたいと思います。
2010/05/13 06:46
inflated cortexですね
「溝を膨らまして・・・」はinflated cortex imageのことですね。BrainVoyagerやFreeSurferではお馴染みのアレです。確かにあれを使う場合は、sulcusをまたいで2つのgyri間に賦活が分散してしまったりするので、今回ご指摘の点は注意が必要です。

もっとも、そういうのが嫌な場合はinflationなんかせずに普通に3Dレンダリングして、3Dイメージで表示すれば当然つながった賦活として見えます。

基本的に、この手の問題はfMRIをやっている限り逃れられません。なぜかというと、BOLD信号に強い影響を与える太い血管は大抵sulcusの奥を走っているからです。ですから、fMRIで捉えられる賦活は通常はsulcusを中心とした分布をするもので、それがたまたま2つのgyriに分かれて割れて見えるというケースの方が大半だと思います。

retinotopyをやる場合は、基本的にはvoxel sizeを小さくするべきでしょうね。いくらタイムスケールの遅い課題をやっても大丈夫な状況ですから、できる限りTRを長くしてスライス数を確保する余裕を作るべきだと思います。
by viking URL 2010/05/13(Thu)10:33:27 編集
Re:inflated cortexですね
そうそれです!さすが本業の方はわたしのぐだぐだ説明でも一発であててしまわれるのですね!ほんと毎回ぐだぐだですみません。

結局わたしの今回の場合はあてはまらないので、そういう場合もあるよということを頭の隅にとどめておくだけになりそうです。
自分の今してることだけで既にいっぱいいっぱいなlow capacityっこですので・・・。

どうでもいいんですが、そのinflationした図ってなんか普通の3D脳の図よりもきもちわるく感じてしまいます。
いや失礼な話なんですけど。
なんかあの濃淡の模様がworm系のむしっぽいような。
むしろ解剖写真のほうがまだきもちわるくないわー。とか勝手に失礼なこと思ってました。
できればむしっぽい画像に囲まれないで研究を続けたいものです。

とはいえ零細ひよっこなので次またMRIできる機会がくるかわかんないんですけど。
2010/05/13 11:40
むしっぽい
ということは、その虫っぽい(僕には全体としてヒキガエルに見えますが)inflated cortexのfigureだらけの論文を何本か書いている僕はazさんの敵ですね。笑

あの図示方法の良いところは、普通の3Dレンダリング表示と違ってきちんとsulcusの中の賦活が見えるところですね。やってみるとわかりますが、3D脳に直接賦活をオーバーレイしてやるとsulcusの一番奥の方にある賦活は隠れて見えなくなってしまいます。

先のコメントにも書いた通り、血管の影響もあるのでsulcusの一番奥に賦活が現れることは珍しくありません。そういう意味ではinflationは便利な可視化手法だと思います。
by viking URL 2010/05/13(Thu)23:13:57 編集
Re:むしっぽい
なるほど、「ひきがえる」に見ようとすればきもちわるくない!・・・かもしれません。かえるは苦手ではないので。
これは認知的な「かまえ」のスイッチングが要求されるわけですね!
・・・うぅ。


確かに重要な手法であることはわかりますが・・・なんであんな見た目になってしまったのでしょうか。
かといってつるっつるのテクスチャに蛍光色で画像出されても困りますね。
むしっぽさにめげず勉強していきます。





しぬほどどうでもいい話ですが、inflationがむしっぽく見える理由が思い当たりました。
『ぼくは王さま』という児童文学シリーズに出てくる「マツンボ」っていうむしの挿絵に似てるんですわこれ!!!
「マツンボ」は話自体もかるいトラウマものでしたし、これはきもちわるがってもしかたない道理です。
さらに脱線するなれば、「くじらのたまご」とか言い出すあたり『ぼくは王さま』って結構SFだ!!!と思い当たったり。
どうもSF者のなんでもSFにカテゴライズしたがる病気を発症したもようです。

・・・まじめな話からいきなり趣味の話にとんでしまって申し訳ありませんでした。
2010/05/18 04:28
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