2010/01/10 (Sun) ねこでもできるfMRI解析＠SPM5 その１

は…

はじまった…

てゆかMRIを強化学習で突破ってある意味恵まれた環境だよな…

前回全身火達磨人体自然発火しそうなはずかしいミスを連発してぐっだぐだになっていましたが、ひっしのぱっちで対処して今回どうにかなった。
ふつーに実験できた。
そこでよろこんでたら「そこでよろこぶのはまだ気が早い」とつっこまれた。
MRI実験なんだから結果が出てナンボですよねー。
まあスタート地点に立てたんだからいいじゃないですかー。
思えばここまでほんとうに長かった。

研究室の環境もあってSPM5で解析することになりました。
ですがあまりの疲労困憊度にとりあえず画像の変換しただけで先週はおひらきに。
今週からはがつがつ解析まわしながら実験がりがりやっちゃうZE！

んで、わたしみたいな無知どしろーとがいきなり解析をするわけですから、ひとにいろいろ教えてもらってよちよち進めるしかないわけですよ。
これは、このよちよち学習を記録しておけば、MRI初心者のひとが勉強するときのとっかかりになるのでは…！？
と思いついた所存。

前はSPMの勉強会サイトとか読んで原理からみっちりやろうと思ってましたが、今そんな余裕ねえ！
というわけでどじっこあほのこでもできるfMRI解析シリーズを勝手に始めてみよう！
とりあえずボタンがぽちぽち押せたらなんとかなるのでねこの手でもおっけー！

というわけでタイトル「ねこでもできるfMRI解析＠SPM5」のはじまりはじまり～。

本来ならばここで、
「MRIとはどういう動作原理のものか」
「何を測定しているのか」
「SPMってどうなの？」
「SPM5って2やら99とどうちがうの？」
みたいな話が入るのでしょうが、はいぜんぶスルー！
そういうのはあとまわし！
まあそのうちきがむいたらやります。

あくまで解析するための手順を述べていく。
だって自分のためのめもだもの！

ということで。

最初にすべきはMATLABインストール。
これはインストールCDでちゃちゃっと。
次にSPMをダウンロード。
www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/
ここからお好きなバージョンを。

んで、MATLABにSPMをいれてやらねばならん。
MATLABを起動したら、ファイル→パスの設定→SPMのフォルダを選択→OKという流れをこなしておかねばならぬ。

そしてSPMのつかいかた。

１）MATLABを起動します。
２）なんか文字が入力できる画面がでてきます。
３）spmって打ち込みます。
４）そしたらSPMはじまったっぽい。
５）PETとかM/EEGとか書いてあるボタンあるけど迷わずfMRIをぽちり。

なにこれ！なにこのてきとーな説明！
でも実際そんなかんじなんだからまーいっかー。

んで、MRI装置からもらってくるデータは、DICOMフォーマットという形式なのですよ。
Digital Imaging and COmmunication in Medicineの略らしいですよ。
拡張子.dcmですよ。
このままではなんともならんので、解析できる形式に変換するのです。
その形式をNiftiフォーマットと呼ぶんだそうです。
で、それは拡張子が.imgというものと.hdrというものがセットで現れる場合と、.niiってのだけで出てくる場合があるそーな。
.imgはデータ本体で、.hdrは画像情報に位置情報を足したものだそうです。
.niiは両方入ってるんだってー。
この２つの違いはよくわからんけどスルー。
また時間できて気が向いたら調べよう。
今回は.imgと.hdrがでてくる方法でやりましたー。

んで変換のしかた。
１）「DICOM import」ってかいてあるボタンをクリック。
２）ファイルを選択するウィンドウが出てくる。
ドライブとかフォルダとか選ぶ。
ちなみに前のフォルダとかに戻るのは「…」って書いてあるとこだったように思う（既にうろ覚え）
３）どうせファイルは大量にあるので、ファイル選ぶとこで右クリック
「Select All」ってのが出るからそれを選ぶ
４）「Done」ってかいてあるボタンをクリック
５）そしたら変換後のファイル保存する場所をきめるウィンドウ出てくるからよしなに
だいたいそんなかんじ。
なんか他にも聞かれてた気がするがそのとき眠気絶頂すぎて記憶にない。
今度解析するときにもっかい確認しとく。
（なんてひどい内容だ…）

どうでもいいことなんだけど、大量にある構造画像の.dcmを変換したら.imgと.hdrがたった１こずつになるんだね！
ドシロートはそんなことにもびっくりしたよ！
まあ「はじめてのどきどき」ははじめてやるときにしか味わえないから今はこのあほみたいなどきどきを愉しむことにするよ！

で、解析できる形式にしたら、その次は画像の調整だ！
…って思ったけども、なんだかいろいろ記憶から抜け落ちてるので次回にまわそう。
いろいろあとまわしだなーおい。
まあとりあえず始まりましたってことでいっかー。
どうせまだ本式に解析できるほどデータないしねー。
ちょぼちょぼやってこー。

てゆーか、このあほのこの説明をだらだら読むより、↓のサイトを熟読したほうが役に立つことに気がついた。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/spm5_use.html
…まああれだ、ここではねこ並みのちっさいのうみそでも理解できるようにさらにかみくだいて説明していると思えばいいんじゃないかな！

…ほんとにねこでもMRI解析できそうな気がしてきたぜ！
そうかねこを解析班に加えれば人件費も安くつくし疲れてきたらおなかやせなかやみみのあいだをもふもふして癒されればいいし……なんて画期的なアイディア！
でもそうしたらますますポスドクの雇用は狭まる…はっ！！
いっそもうポスドクがねこになればいいんじゃね！！？
そしたら研究ができなくても疲れたOLさんか誰かが飼ってくれるよ！
もしくはちいさなおこさまがいる家庭に飼われて、いのちのたいせつさを教えるんだ…！
これこそほんとうの「ライフサイエンス」…！
こんなかたちでポスドク問題が解決できるとは…！

……はい悪ノリしすぎましたごめんなさい。
ああもうほんとにねこになれたらいいのにね。
あほなこと言ってないでさくさく仕事しろよ自分。