2010/01/13 (Wed) ねこでもできるfMRI解析その２～画像前処理編

うちの研究室Presentation使ってるんですが、PresentationのサイトってFirefox未対応なんですな。
IEじゃないとおとせないー。
うっかり考えすぎてへんに時間くった。
今度からはちゃんとIE Tabをつかおう！

まあそんなこんなで今日は画像の調整についてだよー。
とりあえず今の段階でやったことしか話しないよー。
ほんきでねこでもできる気がしてきた。

ではあほづらさげてぽちぽちっとやっちゃいましょうか。

まずはリアラインというやつをやるよー。
リアラインというのは、機能画像どうしでの位置あわせのことらしい。
MRI装置の中で課題やってるとき、どうしてもびみょーに頭が動くことがある。
ずれたまんまじゃ解析できないから、それをすりあわせる作業をしてくれるわけだ。
すりあわせのりくつとかはスルー！だってねこだから！
詳しい解説が聞きたいひとは
http://www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/realign.html
を読むよろし。
…てゆか、ここでだいたいの流れを把握した上で、↑で詳細を確認するぐらいしかここの使い道はない。
…いいんだ、自分の復習用めもだもの。

そして手順。

１）Realignというボタンが左上角にあるからそこをぽちっ。
２）右にNew "Realign Estimate"とかがでてくるからそれ選ぶ
３）左に+Realign: Estimateってのがでてくるから+のとこ展開。
４）Realign Estimateって書いてあるとこの次にDataって項目があるからそこを選ぶ

あ、なんか決まってないことがある項目には<-Xって表示がでるらしいよー。
だから基本<-Xがついてる項目だけみていけばいいよー。

５）Dataの+を展開→Sessionを選ぶ
６）右にSpecify Filesって出るからそれを選ぶ
７）右クリックSelect Allでどーん！
８）さいごに右下方のRunをぽちっ。

少々時間がかかるのでしばらくお待ちを。
処理が終わればグラフがひょっこりでてきます。
あたまがどれくらいうごいてたかを示すグラフです。
ここであたまうごきまくってたら、残念ながらその実験参加者さんのデータはつかえない可能性が高いです。
「うごきまくる」の定義は何ミリメートルなんでしょうね。
近いうちに調べます。


つぎにやるのはコレジスタ。
こいつは、機能画像（実際に調べたい実験で撮像したやつ）と構造画像（のうみそのつくりをじっくり丹念に撮像したやつ）のすりあわせ担当。
構造画像についてはT1とT2があるよーな話を聞いたけど今回T2やらなかったので省略。
余裕ができたらそのうち調べます。

とりあえず手順。

１）Realignの下のCoregisterを選択
２）左Coregを選択
３）右New "Coreg: Estimate"を選択
４）左Coreg: Estimateを展開
５）Reference Imageをクリック

このReference Imageというのは、機能画像のあわせる画像らしい。
たいていは機能画像の一番目だそうな。

６）右のSpecify Filesクリックして、機能画像の最初の.imgを選択してどーん！
７）Source Imageをクリック

こっちは構造画像。

８）Specify Filesで構造画像の.imgを選択どーん。
９）あとはてきとーにRunをぽちり。

で終わったらもややんとした画像（機能画像）といかにものうみそーな画像（構造画像）がならんだ図が出てきます。
青いクロスがもややん画像とのうみそーな画像とでおなじ位置を示してるっぽいことを確認しておこう。


さておつぎはノーマライズ、まあようするに標準化。
あたまのかたちが千差万別であることからも推して知るべし、のうみそのかたちも千差万別。
だから集団解析に向けて、「標準脳」テンプレートに個々ののうみそをあてはめてやろう、という手続きなのです。

というわけで手順。

１）CoregisterのとなりのNormaliseをぽちり。

どうでもいいですがSPM開発元がUCLなんで綴りとかイギリス英語なんですね。

２）でてくるNewは３種類ですがそのうちのEstimate & Writeを選ぶ
３）+Dataを展開→+Subjectを展開
４）Source Imageに構造画像の.imgを選択
５）Images to Writeに機能画像ぜんぶ
６）Estimation Optionsを展開
７）Template Imageを選択
８）右にSpecify Files出るからSPM5のプログラムフォルダ→templatesフォルダ→T1.niiを選択
９）ちゃちゃっとRun

終わるとしろっぽいもっやもやの画像とのうみそちっく画像とがある図が出てきます。
Coregisterのときと同様に青クロスちょろっと動かして対応を確認しておくとよいよー。
あとこの処理終わると、ファイルのあたまにwがついたやつが作成されます。
次からはwのついてるやつを使います。

んで画像調整最後のスムージング。
ボクセルでぼこぼこな画像をなめらかーにする。
まあフィルタをかけるわけですけど。
ねこなんで解説含め↓に譲る。
http://www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/smooth.html
とはいえ視知覚でもおなじみのフィルタ処理の話なんで、ねこをやめてヒトあたまで考える余裕があるときにこのへん勉強しなおすのは重要かもしれない。

それはともかく手順。

１）左上端にあるSmoothをぽちりん
２）Images to Smoothをクリック
３）Specify Filesでさっきの（wがつくファイル）を選ぶ。
手作業だとしんどいからFiltってかいてあるとこにwいれてSelect Allがよし
４）FWHMでフィルタかける幅の設定ができる。でも今回はデフォルト8mm立方。
実際の値は先行研究参照してねー。
５）Runをぽっちりやっちゃってねー

これでまたファイルのあたまにsがつく。
この時点でファイルのあたまはswってなってるはず。
とりあえず今回の画像調整はこんなもん。

こんなかんじで次回ざっくり解析やっていきます。

…今日見たかんじでは、FFAがuncorrectedじゃないと出ないよーな…不安だ…
解析のほうはまだやりかたもよくわかってないんでまた後日。





いきぬきざつだん。
某所から↓をたどり読みして、「"脳科学"って言ってるやつは神経科学というより心理学」みたいな発言があることに絶望する。
b.hatena.ne.jp/entry/www.asahi.com/science/update/0108/TKY201001080349.html
どんだけ心理学信用されてへんねん。
やはりてきとーな“心理テスト”の流行のせいで「心理学」を占いの一種だと思い込んでいるひとは少なからずいる。
“心理テスト”をこの世から一掃する手段があればいいのに。
まあそんなことができないのだから、せめてまともな心理学アナウンスとかやれたらいいのにね。
なんでchange blindnessが「アハ体験（しかも誤用）」やねんとか小一時間問い詰めたいわ。

元ネタのほうの神経科学会コメントが「今更」なのはやっぱしXX先生がXXXで十分なお金を得てもうXXX方面は潮時だからだろうなあという邪推。
（伏字の中身は邪推しないでね）
だってX年前には既に「おかねめあて」なことは非公式に言ってたし。
（これがpersonal communicationの恐ろしさというやつか…）

問題は、その内容がどれくらいグレーかってことなんだろうなあ。
XXXの影響で安易に「脳」ということばを妄信する流れができたのは確かだけども、そもそも対象となってる内容なんて本来ならば心理学のしごと。
つーかXXXじゃなくても高齢者の訓練に関して心理学ならいくつか論文あったような？
（要出典。でも高齢者の研究ってハイリスク：時間と人件費がめためたかかって＆ローリターン：すげえ論文誌にのるような結果はなかなかでないから少ないのは確か）

まああれですわ。
なんかへんなブームとやらでみんな脳脳言ってるけど、本来ならばヒト認知はワレワレ心理学者の得意分野。
文系だからって理系な神経科学のひとたちにすりよるばっかではいかん。
神経科学でもときどき行動実験ぐだぐだな研究もあるし、そこまでいかずとももちょい行動実験のレベルで詰められるやろーって研究もある。
そこらへんを心理学者どもが「ははあー理系さまの言うことはもっともです」とスルーしまくってるのがいかんのではないか。
XXXのグレーな部分に関しても、例えばストループ課題なんかをよく使う研究者にツッコミいれさせて、より妥当なラインにもっていくことはできたはず。
（納期の問題ならば、次々バージョンアップしていくとかで対応できなかったものか）
まあ「こっち側」はよくわかってもいないMRIとか「使わせてもらってる」からどうしても遠慮はするけどさ。
んでもヒト行動実験がいちばんうまいのは心理学者のはず。
（場合によっちゃ医学系に負けるかもしれないけど）
“脳科学”が神経科学を悪用する（もしくは看板だけ盗んで使う）のを防ぐには、ヒト認知研究プロのツッコミが一番よく効くのではないのかね。
「○○という物質を使うと△△という物質が増える」みたいな言説にはつっこめないにしても。
「○○という認知機能に関わる／機能を改善する」って話ならそりゃーもうつっこみ放題。
あーでも全体としては他所様理系様のやることに口出しすんじゃないよーって空気なんかもしれんなあ。
閉鎖的なのはよくないねー。

まっとうでい続けるのって、ひょっとしてすごく難しい？
んでもわたしはついこないだ「理想主義すぎる」と同期に言われたばかりなのだけど。