2010/01/20 (Wed) ねこでもできるfMRI解析その6～解剖的にROIを限定編

前から接触の悪かった研究室のハロゲンヒーターがどうも永遠の沈黙に入ったっぽい。
研究室きっての希代のさむがりなわたしは、これから来る厳寒の2月をどう乗り越えたらいいのか。

日本にいてこれだけさむがりなので、もっと北にある欧米諸国の冬なんぞを経験したらしんでしまうのではないか。
ちょっとした懸念である。

要約：研究室にこたつ配備すればいいのに
（まさにねこあたま）

とりあえずしばらくはMRI部屋に入ることもないのでカイロを解禁しとくか。


さてかんじんの解析ですが。
ROIがうまいこと収束してないかんじがあるので、他の研究ではどんなんなのかちょっとおさらいしてみた。
ちなみにMNIで。

Epstein & Higgins 2007
L PPA -19 -37 -8
R PPA 20 -36 -6
L retrosplenial -10 -59 8
R retrosplenial 13 -54 9

Hayes et al. 2009
R hippocampus 37 -26 -11
L hippocampus -30 -19 -11

L Parahippocampal/retrosplenial -11 -38 11
R Fusiform 45 -30 -19

とかちまちま情報収集しようかと思ったけどめんどくさくなったのでWFU_PickAtlasを導入することにする。
とりあえずFFAが見たいなら解剖的に特定したマスクかけてROI出せばいいやろー。

ということで、解剖的にROI決めてくれるWFU_PickAtlasの使い方はじまりはじまり。

まずインストール。
http://www.fmri.wfubmc.edu/cms/software#PickAtlas
より。
引用についての言及アリ。めんどい。
最初にメールアドレスとlast name記入させられる。
そしたらメールでダウンロードサイトの案内くる。
フルネームや所属の記入が必要。めんどい。
そして1回でダウンロードできるのは１つのツールのみ。めんどい。まあ他使う予定ないからいいけどさ。
fmri.wfubmc.edu/downloads/WFU_PickAtlas_User_Manual.pdf
でまあ解凍。
ついでにマニュアルみたらpdf。
フリーツールのくせにめんどい。

でまあ前回とおなじくファイル→パス設定でパスをとおしとく。
wfu_pickatlasって打ち込めばはじまりはじまり。

そしたら左側にHUMAN ATLASってゆーうすぴんくいボックス、右側にWORKING REGION1ってゆーうすきいろいボックスが出てくる。
ぴんくいほうには
TD brodman areas+
TD Lobes
TD Hemispheres
TD Labels
TD Type
aal
Shapes
という項目がずらっとならんでます。

TD brodman areas+をWクリックしたら、ブロードマンエリアをおすきなように選べるっぽいです。
TD LabelsをWクリックしたら、名称で選べるっぽいです。

今回はFFAやりたいからFusiform Gyrus選ぶねー。
Wクリックしたらきいろいほうに選択されます。
ほいたらまんなかののうみそ図に、選んだ領域が赤くぬりつぶされます。
ちなみにFusiform Gyrusだとデフォルトでは表示されなくて、なんでかなーと思ったらのうみそ図の横のスクロールバーでz座標変えれて、下のほう見ないとFusiformわかんなかったからでした。
左・右・両側もここで選べます。
ここでSAVE MASKを選択すると、今選んでるマスクが保存されます。
てきとーに名前保存。

きいろいとこにマスクしたい領域が入ってる状態で、SPMのResultボタンでROI分析する。
いきなりMarsBarはうまくいきませんでした。ので最初はSPMでコントラストとるのがいいっぽい。

ここでなぜかボタンに中途半端に日本語が導入された。
なんで？
まあ問題ないからいいけどさ。
Doneが「終了」て言われたらちょっと違和感ある。

mask with other contrast(s)の次にROI analysisって項目ができてるから「はい」、ROI analysis fromって項目でSaved FileかPickatlas GUIを選ぶんだけどせっかくSaveしたからFileで。
さっきのファイル選択してあとはちゃちゃっと。

これでFusiform限定ROIできあがりー。
あとは読み込むROIをこいつにしてMarsBarかけてやればいいわけですね。

こいつをつかうと検定する領域の数がぐっと減るんでデータは楽です。
まあそのぶんこまかい解析にはむいてないし、そもそもせっかく機能的ROIローカライザーはしらせてんのに解剖側からトップダウンにそれを限定することにも批判あるだろう。
まあFFAとPPAみたいにある程度有名どころならばありっちゃありか。
ただPPAに関してはまだまだ議論も尽くされてない感ありありだからなあ。

とりあえずのデモをさっくりやるぶんにはいいか。
もしくは解剖的に決めたROIだけやりたいときにはこれすごい便利やと思う。

あとはもうMarsBarでてきとーな数値拾うののどれが「適当」なのかをもちょっと考えて、手順をさっくり組むかー。
・・・あれそゆ意味ではそろそろ原理的な話に鼻をつっこまねばならん気がしてきた。
まあいいや。それはまたそのうち。