2010/01/21 (Thu) ねこでもできるfMRI解析その７～バッチつくってみる編

ハロゲンさん復活した。
神はわれら（主にわたしと向かいの席の先輩）を見捨てていなかったのだ･･･！！！

ということでいきのびてます。
そいえば前研究室の人々とごはん食べてるときに「こたつ導入しませんか」って発言したのにあっさり一蹴された。
早く発明家のひとが移動式こたつを開発したらいいと思います。

さて今日は↓を参考にバッチ処理に挑戦してみるかな。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/batch.html
とりあえず前処理だけでもバッチ化できたらあとがすごい楽。

ただ、MarsBarのほうはバッチ化すげーめんどくさそう。
marsbar.sourceforge.net/faq.html#how-do-i-run-a-marsbar-analysis-in-batch-mode
まだいろいろ試してみたいからこっちのバッチは後回しでいいか。
先送りばっかだなあ。

まーとりあえずのできるとこまでバッチ処理してみます。

というわけで前処理＆ROIバッチ。
１）SPM GraphicsのタスクバーのTASKS→Batchを選択
２）左にSPM JobsってのがでてくるのでNew "Spatial"、"New Stats"を選んどく
３）Spatial選んだらNew "Realign"、New "Coreg"、New "Normalise"、New "Smooth"を登録
４）StatsではNew "fMRI model specification"、New "Model estimation"、New "Contrast manager"を登録

これでだいたいの流れはできた。
あとは各自の設定をつめる。
もしくは

１）各処理のRunおすまえの状態をSaveで保存する
２）SPM GraphicsのタスクバーのTASKS→Batchを選択
３）作った.matをぜんぶLoadする
４）微調整

まあ正直こっちのが楽です。
気をつけなあかんのは、Loadのとき実際に行う処理の順番どおりに読み込まなあかんのと、バッチとして微調整するときに、「処理したあとのデータ」を設定するようにしとくこと。
たとえばNormaiseするデータはCoregisterのとこからOutputしたやつ、とかにする。

利点として、複数の処理をまとめてやってくれるから、その間は別の作業ができる。
そのぶんの欠点として、PCから離れてしまうと中間の処理をチェックできない。
まあチェックがいるような状態なら、裏で走らせつつ監視しとくぐらいのがいいかも。

なんだかんだ言ってめんどくさいことに変わりはない。
あーデータ量多いと大変なー。