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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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ハロゲンさん復活した。
神はわれら(主にわたしと向かいの席の先輩)を見捨てていなかったのだ・・・!!!

ということでいきのびてます。
そいえば前研究室の人々とごはん食べてるときに「こたつ導入しませんか」って発言したのにあっさり一蹴された。
早く発明家のひとが移動式こたつを開発したらいいと思います。

さて今日は↓を参考にバッチ処理に挑戦してみるかな。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/batch.html
とりあえず前処理だけでもバッチ化できたらあとがすごい楽。

ただ、MarsBarのほうはバッチ化すげーめんどくさそう。
marsbar.sourceforge.net/faq.html#how-do-i-run-a-marsbar-analysis-in-batch-mode
まだいろいろ試してみたいからこっちのバッチは後回しでいいか。
先送りばっかだなあ。

まーとりあえずのできるとこまでバッチ処理してみます。


というわけで前処理&ROIバッチ。
1)SPM GraphicsのタスクバーのTASKS→Batchを選択
2)左にSPM JobsってのがでてくるのでNew "Spatial"、"New Stats"を選んどく
3)Spatial選んだらNew "Realign"、New "Coreg"、New "Normalise"、New "Smooth"を登録
4)StatsではNew "fMRI model specification"、New "Model estimation"、New "Contrast manager"を登録

これでだいたいの流れはできた。
あとは各自の設定をつめる。
もしくは

1)各処理のRunおすまえの状態をSaveで保存する
2)
SPM GraphicsのタスクバーのTASKS→Batchを選択
3)作った.matをぜんぶLoadする
4)微調整

まあ正直こっちのが楽です。
気をつけなあかんのは、Loadのとき実際に行う処理の順番どおりに読み込まなあかんのと、バッチとして微調整するときに、「処理したあとのデータ」を設定するようにしとくこと。
たとえばNormaiseするデータはCoregisterのとこからOutputしたやつ、とかにする。

利点として、複数の処理をまとめてやってくれるから、その間は別の作業ができる。
そのぶんの欠点として、PCから離れてしまうと中間の処理をチェックできない。
まあチェックがいるような状態なら、裏で走らせつつ監視しとくぐらいのがいいかも。

なんだかんだ言ってめんどくさいことに変わりはない。
あーデータ量多いと大変なー。

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