2010/02/09 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その９～ゆきだるまクラスター対策編

ほっほい。
個人ROI解析もだいぶたけなわ。
習っている先輩にリテイクされる回数もそこそこたけなわ。
そろそろ次の段階にいきたいです。
「解析ひといきついたら紅茶買いに行く」っていうのは解析終了しないフラグだったのかもしれん。うかつだった。

・・・まあ今試行錯誤しとくのもあとあとのためだよね・・・

というわけで今回は、ROI解析してたらクラスターがひとかたまりじゃなかったーっていうときのおはなし。

機能的にROIを決めたら、そのかたまりがきれいなかたちをしているとは限らないわけです。
きれいな円じゃないのはしょうがないけれど、まるいのが２つくっついたようなかたち（∞みたいな、といえばいいのか？）、ゆきだるまをころがしたようなかたちのクラスターも中にはあります。
それって２つの違うクラスターがくっついて１こに認識されちゃってるのではなかろーか？なんとか分離できないものか？と先輩に質問したところ、MarsBaRによる解決策を授けていただきました。

わたしは勝手に上記のようなクラスターを「ゆきだるまクラスター」と呼ぶことにしたので、題して「ゆきだるまクラスター退治法」はじまりはじまり。

と、いうわけで、ちゃきちゃきゆきだるまを退治してしまいましょう。

まず、ゆきだるまクラスターのうち、自分のみたいほうの塊の中心はどこか見極める。
これはSPMのほうのResultsで、ROIだして、overlay→sectionで構造画像重ねて、どっちのゆきだるまがどこ中心でどれくらいの幅なのか見極めるしかない（と、思う。もっとスマートな方法もありそう）。
とりあえず上のしろいほーの図で右クリックしたときにでるgoto nearest suprathreshold voxelとかgoto nearest local maximaをうまいこと利用するとなんかあたりがつく。

そいでもって、中心の座標とかだいたいの幅とかめもっといたら、今度はそいつをROIとして書き出す。
手順としては

１）MarsBaR起動。
２）ROI definitionからBuild選ぶ。
３）Box(centre, width)選んでみる
４）中心となる座標入力（MNIで）
５）そこから幅入力。xyzそれぞれに指定。
６）全部デフォルトでぽちぽちっとな。

または、

３）Box(ranges XYZ)選ぶ
４）X座標最小値・最大値いれる
５）Y座標最小値・最大値いれる
６）Z座標最小値・最大値いれる
７）全部デフォルトでぽちりぽちり

３）Sphere選ぶ
４）中心座標入力
５）半径にゅうりょく
６）デフォルトで（ｒｙ

デフォルトで・・・って言ってるとこはたいがいROIの名前とかなんでお好みで。
とりあえず後からわかるようにつけような。
>自分

これで自分が調べたいほうのかたまりを選ぶためのROIができる。
どの方法がいいのかは悩みどころ。
あとでROIの中心の座標とか結果にするんなら中心を設定するBox(centre, width)かSphereのがいいのかも。
論文ではSphereばっか見かける気がする。

これとゆきだるまクラスターを重ね合わせることで、よぶんな領域をおとしたROIにすることができる。

１）ROI definitionからTransform選ぶ。
２）そのうちのCombine選ぶ。
３）複数ROIファイル選ぶ（元のクラスターのROIとさっき作った自分が見たいROI)。
３）Functions to combine ROIで、共通部分（いわゆる論理積、AND）が欲しいなら「r1 & r2」
合計部分（いわゆる論理和、OR)が欲しいなら「r1 | r2」を記入
４）てきとーな名前をつけとく

こうしてできたROIでResultsやればいいのですね。
ResultsのやりかたはMarsBaRのとこ参照で。


と、こうしてみると最初不安に思ってたよりも機能的ROIって収斂していくなあ。
だからこそ引用されまくってるし方法としてメジャーなのだろうけど。
うっかり局在論信者になりそうな気分もわからんでもない。
いやまあここからが大議論なのは承知の上で。






以下勝手な感想。

今気づいたんだけど、こうやって研究めもを恥ずかしげも無く人目に晒すことで、恥は晒すもののvikingさんのようなプロが颯爽と登場してくださったり他研究室のノウハウをこっそり垂れ込んでもらったりして、自分の研究室におるだけではわからない知識がちょこっとずつたまるんじゃなかろうか。
すげえ。ウェブすげえ。
と無駄に感動する情報弱者。

わたしは既存コミュニティに新参するのが苦手なので、徒弟制度的なコミュニティに属しておとなしく知識吸収に努める、とかようやらんのですよ。
いやまあ象牙の塔にいる以上は多少はやってるんやろーけど。
でもおおらかなぼすの下じゃないと多分やってけない。
思ったことはすぐに口に顔に出してしまうし気分にむらはあるし興味のないことを何年もじっくりやるとか苦痛でしかないし。
自分の興味ある分野の研究をしながら強化学習で研究に伴うスキルを獲得しようとするから多分すげー無駄が多い。
あとコミュニティ内に秘められた謎の技術にはなかなか迫れない。

某研究者が半笑いで嘆いていたのだけども、「MRI研究の方法はMRIギルドに入らないと習得できないようなものだものね」と。
どこか既存コミュニティに潜り込まなければ、そもそもMRI研究に新参者が着手することは不可能なのだ。
（まあ装置の問題やら技術の問題やらあるけども）
ところがネットだと、そのコミュニティの壁ってのがけっこうかんたんに緩む。
わたしは自分が在籍する研究室に無関連のひとに自分の醜態を晒し、見かねた別コミュニティの先達が助け舟を出してくださる。
こうやってうまれた集合知があれば、「MRIギルド」に深入りしなくてもMRI研究に着手することも可能になるんじゃないだろーか。
・・・いや装置とかの問題があるから無理か。
それでも、多少の人脈さえできれば、ギルド徒弟制度のもとで修行を積まなくても、異分野提携研究ぐらいはできるようになるんじゃないだろーか。
いや飛躍しすぎか。

そもそも、MRI研究がおてがるになればなるほど、似非科学的な山師の跋扈も簡単になるわけで。
んでも、山師的物言いを疑問に思ったひと（特に教育分野は医学知識しっかりある人が多いわけではないだろうから振り回されそう。現に振り回されてるのか？）が、山師言説を検証したいとか検証した結果を見たいとか思ったときに、まず徒弟制度のギルドに入るところからねってなったらたぶん挫折する。
ギルドはいらなくても検証程度はできますよ、ってなったら山師に遊ばれてる分野（・・・やっぱ教育か？あとは行動療法的なとこ？）からの猛反論で山師ども退散、とかなりませんかね。
反論できるくらいMRI分野について知識があれば最初から山師にひっかからないか。

あー。
錯綜してきよった。

要約。
自分用のめもをネット上に置くことで、「恥晒すけどネット環境あるとこならどこでもめもが見れる」という当初考えていたメリット以上のものが得られる可能性がある。
ひとつは、リアルでは得られない他コミュニティからの知識。
あと可能性として、わたしに匹敵するくらいどしろーとの誰かが、何らかのきっかけでMRI分野に参入したいとなったとき、めんどくさいことすっとばして知識だけ得られるかも。
あくまで可能性。
・・・ぜんぜん体系だってないから役に立たない可能性のほうが高くね？というツッコミはいまさらなのでのみこむ。

あ、当初の目的のひとつだった「非研究者のともだちに自分の研究および研究生活をわかりやすく紹介」がどっかいってしまってるなコレ。
そのへんうまいこと論理和とっていくしかないか。