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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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ROIの選定について、先輩に「ウェブに頼りすぎてはいけませんよ」とつっこまれる。
タライラッハ本が行方不明なのがわるいんだー、と駄々をこねたら、代わりの書籍を紹介された。
なんで物品購入締め切った後にそういうこと教えてくれるんですか…
「バイトしなさい」っていわれた。
しょんぼり。

つーか今バイトする暇なんかあるか。


そんなことぼやいてもしかたがないので、本は図書館から借りてきました。
某部局の図書館、開館3分前だと気づかず電気ついてるしドア開いてるからふつーに入ってしまったら司書っぽいひとに怒られた。
それはこっちが悪いからしかたないけど、謝ったら、
「もういいですよ、勝手に本探しててください」
とか言われてイラッと来た。
しかも他部局だからかしつこく身元確認された。
怒ってたとしても、ものの言いようとかあるよなー。
ちうか2、3分くらいいいじゃんよー。
それが嫌なら開館までドア閉めてればいいのにね。
某部局なんかそこまでこまいこと言わないし違う部局のわたしを気遣って司書さんがいっしょに本探したりしてくれたのに。

本は悪くないのに、本を渡すひとにあまりよいイメージもたないと、本までなんだかしょんぼりに思えてしまうぜ。


しょんぼりしてても物事は好転しないので、今は借りた本で溝とか回とか弁別できるように目下修行中。
借りたのは、
『脳MRI 1.正常解剖』という本と
www.amazon.co.jp/%E8%84%B3MRI-1-%E6%AD%A3%E5%B8%B8%E8%A7%A3%E5%89%96-%E9%AB%98%E6%A9%8B-%E6%98%AD%E5%96%9C/dp/4879622907
『ヒトの脳:神経解剖学・組織学アトラス』という本。
www.amazon.co.jp/%E3%83%92%E3%83%88%E3%81%AE%E8%84%B3-%E7%A5%9E%E7%B5%8C%E8%A7%A3%E5%89%96%E5%AD%A6%E3%83%BB%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%AD%A6%E3%82%A2%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%B9-%E5%B9%B3%E7%94%B0-%E5%B9%B8%E7%94%B7/dp/4830600292

上のは、正常脳のMRI画像がいっぱい載ってて、主な溝や回の同定のアドバイスとかも書いてある。

あと解剖学の基礎知識に相当することものってる。
欠点をあげるとすると、
・どういう画像なのかはたいていことばで説明されている(どこをどうきった断面なのか、どの部分をズームインしてるのか)ので、慣れないとぴんと来ない&全脳での位置づけが把握しづらい
・わたしのよーな視覚認知領域のひとがよろこぶ側頭領域に関する記述&画像はじつはあんまりない
というところか。

下のは、解剖標本の写真がこれでもかーと載っている。
MRIの画像もちょこっとあるけど、そのほとんどは同じページにのってる解剖標本は、どこらへんをどうスライスしたものかを示すためのものっぽい。
なので、どの溝・回が全脳のなかでどこらへんなのか、どこで切ったらどの溝・回がどう見えるのかが直感的にわかりやすい。
欠点としては
・解剖だから殆ど高齢者の死後のもの(病変があるものも多い)で、わたしが見るMRI画像よりもちょっとボリュームダウンなかんじ(とくに脳室の面積が全然違う)
・溝・回がはっきりしてるのはよいけど、MRIのもやっとした画像との対応にちょっと自信がない
というところ。

どちらにしても、スライス画像をたくさん見せられるわけだから、空間認知がとくいじゃないと、どことどこがつながってどういう形を成すのかちょっとぴんとこなかったりする。
まあカテゴリ学習なんだから、何度も画像見ればなんとなくわかってくるだろー。

とりあえず、解剖の本の中で紡錘回がどれなのかはだいたい1発で当てられるようになってきた。
あとはそれをMRI画像においてもできるよう修行あるのみ。
本を返すまでにがっつりあたまのなかにたたきこんでしまうか、どこかに丁稚奉公に出かけておこづかいを稼いで本を買うかちょっと悩みどころ。
紅茶を買いに行く暇もなかなかとれんというのに。


がっつりめの内容を書くはずが愚痴ばっかになってしまった。反省。
まあそこらへんも含めての研究生活だということで。

Sulci / gyri
http://psychology.uwo.ca/fmri4newbies/Tutorials/9_Louvain_Cortical%20Sulci.ppt

を参照するのが一番手っ取り早いと思います。それでもダメな時は、僕はBrainVoyagerユーザなのでinflated cortexにsurface mapで出してチェックしております。ご参考になれば嬉しいです。
by viking URL 2010/02/08(Mon)23:14:39 編集
をををををををををを
思わず声に出してどよめいてしまいました。
ありがとうございます。
やはり側副溝がめじるしなんですね。
自分のカテゴリ学習のカテゴリ境界が間違った方向じゃなくてほっとしました。

実はBrainVoyagerは知人にも薦められたのですが…今BrainVoyagerを使っているひとがまわりにいないので、楽をしてSPMに流れているという怠惰な状態です。
自分のやりたい解析手法や置かれている環境にあわせてソフト使い分けられたりしたらかっこいいのにな…
理想は膨らむ一方です。
現実ぜんぜんおいつかないです。
by az 2010/02/08(Mon)23:47:21 編集
BrainVoyagerは買い
BrainVoyagerを薦められて、「買える」環境にあるのなら・・・買って絶対に損はしませんよ! ただ、今はBrainVoyager QXしか手に入らないので、coregisterなどで不便かもしれませんね(以前のBrainVoyager 2000では手動で全部好きなように設定できた)。それでも非常に有用なツールだと思います。Cortex inflationもクリック一発!ですし。同じ事はFreeSurferでもできますが、国内にいる日本人で使ってる人を知りません。国外に行けば3人だけ知っておりますが。笑
by viking URL 2010/02/09(Tue)00:30:00 編集
そんなべんりなのですか!
BrainVoyagerはもう異動した先輩方が使っていたので、探せばマニュアルくらいあるかもしれません。てゆかあったはず。背表紙を見たおぼえがうっすらと。
・・・
・・・ライセンスどうなってるんだろう???
BrainVoyagerがライセンス更新制でなければ使えるマシンが研究室のどこかにある・・・はず・・・です。
更新制だったらもう手遅れですね。
(そんなことも知らないのです。初学者ってあほだなあ、とつくづく)

ひとつ実験の山を越えたら、同じデータをつかって違うソフトで解析してみたいです。
(また願望タスクが増える)

・・・まあこの時期ではなんとも言えませんね。
いろんな意味で「春」を待つことにします。

そういえば、BrainVoyagerってVBベースなんですか。
はじめてさわったプログラミング言語がVBなもので、その点だけでもちょっと興味がひかれてしまいました。
だって;うざいのだもの・・・
打ち忘れてしまうのだもの・・・

FreeSurfer・・・BarとAminoffの論文でしか見たことないです。確かに少数派なんでしょうね。
初学者ゆえマニュアルのない世界にとびこむのはこわいですが、そういうこと言ってるからなかなか成長しないのやもしれません。
どんなソフトも言語も嗜むつよい雑食っ子にならねば。
by az 2010/02/09(Tue)01:25:14 編集
BrainVoyagerのライセンスなど
BVのライセンスは更新制では全くなくて、USBキー(USBメモリみたいなものにライセンス情報が入っていて、専用のドライバさえPC側にインストールしておけばBVの起動を許可してくれるもの)でのみ管理されているので、それが見つかればどのPCにBVをインストールしても使うことができます。そのUSBキーをお探し下さい。

それと、BVはVBベースです。やろうと思えばVBでスクリプト書いて、バッチ処理にすることもできます。VB側で呼び出して実行することもできるはずですし、BV側の専用ルーチンを使うこともできます。僕は逐一チェックしたい派なので、あまりやりませんが・・・。

ちなみに、BVであってもBVQXtoolsというBVwiki(ググれば見つかります)からリリースされているMatlab toolboxを使えば、Matlabにmat-file形式でデータをエクスポートして直接いじることもできます(もちろん後で再びBVにインポートもできる)。BV / Matlab両方でライセンスがある環境なら、試して損はないと思います。
by viking URL 2010/02/09(Tue)02:31:50 編集
もう一つ、BrainTutor
ひとつ忘れておりました。

BVのメーカー、BrainInnovation社からはBrainTutorというソフトも無料でリリースされています。
http://www.brainvoyager.com/BrainTutor.html
これもBVライセンスキー(上述のUSBキーです)があれば動きます。

で、このソフトは2D MR image or 3D inflated cortex surfaceのどちらであっても(どちらもtypical dataがソフト内に最初から入っています)、好きなところをクリックすればその位置がTalairach Atlas / Brodmann's Areaのどこに該当するかを教えてくれます。また、3D表示でわかりやすく図示もしてくれます。BVのライセンスキーを見つけたらぜひ同時にインストールしてみて下さい。
by viking URL 2010/02/09(Tue)02:51:46 編集
ありがとうございます!!!
いろいろご教示くださりありがとうございます。

BrainVoyagerはUSBキーで更新なしなのですね!年度変わりのおそうじのときにでも探してみます。

VBベースだと、わたしに限っていえばコマンドが直感的にわかりやすいのでどういう作業なのかイメージつかみやすくなって助かるんですよねー。
Cから入った先輩は真逆のこと言ってましたが。
やはりプログラミングも刷り込みなのか。

BVwikiはこれですね。
http://wiki.brainvoyager.com/

・・・おおうなんだかがんばったら使い分けとかできるんじゃなーい!?って調子乗った気分になりそうです。
ひゃっほう!ありがとうございます!!!

昔旧式VSG(マザーボード組み込み式。記録はフロッピーのみ)さわったときにVB←→C++を・・・とか企んでものの見事に玉砕したくせに懲りないものです。
まあMATLABやBrainVoyagerはVSGと違ってある日突然うんともすんとも言わなくなることもないでしょうし・・・
by az 2010/02/09(Tue)03:00:05 編集
VSG、懐かしいですね
旧式VSG(というか今は新式があるのですか?笑)は大学時代に使いましたね。全部plain Cで書きました。卒論から博論まで使ったので、6年間の付き合いでした。今でもたまに懐かしくなります。もし将来再びコテコテの視覚実験をやることがあったら、またしこしこコードを書いて使ってみたいですね。

ところで、BrainVoyagerは例外処理を全くコードに書いていないらしいので、ちょっとでも「例外」を入力すると突然落ちます。ご注意を。
by viking URL 2010/02/09(Tue)23:45:02 編集
新式VSG
実はあるんですよ、新式が。
わたしも実際に使ったことはないんですが。
http://www.crsltd.com/catalog/visual-stimulators/index.html

流石に旧式との対応があるのかどうかわかりませんが、少なくともフロッピーはいらないみたいですね(笑)。
MATLABのtoolboxとして使えるのなら、使い勝手はよいのかもしれません。

Cできると他への汎用性が違うよ、とさんざん言われているもののわたしは未だに;や}のミスをするCわからずやです。
きっとBrainVoyagerもおとしまくるにちがいないです・・・あなおそろしや。
by az 2010/02/11(Thu)19:32:08 編集
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