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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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Kanwisher et al. 1997やEpstein & Kanwisher 1998の論文に出てくるような、ROI(FFAとかPPAとかの)の被験者ごとのスライス図ってどうやって作るんだろー。
と試行錯誤してそれっぽい方法がわかったよーなわからんよーな気がするのでめもっとく。

ステップ1.図にのっけたいROIを画像化するよ!
1)MarsBaR起動
2)ROI definition→Export→imageを選択
3)当該ROIの.matファイル選ぶ(1こだけ)
4)Space for ROI imageとか聞かれるけどBase space for ROIsでいんじゃね
5)画像ファイルをおくディレクトリ選ばされるからてきとーにどーん。
6)ファイル名指定。まあよしなに
7)気づけばなんとなく.niiができてます。

ステップ2.MATLAB上で構造画像の上にROI図をのっけするよ!

wiki.livedoor.jp/weidows95/d/SPM5%a4%c7%a4%ce%b7%eb%b2%cc%c9%bd%bc%a8%a4%a2%a4%ec%a4%b3%a4%ec
を参考に。

1)MATLABのコマンドウィンドウに slover('basic_ui') って入力
2)どのファイル読むの?というウィンドウが出るので、図を作りたい被験者のノーマライズした構造画像と、図にだしたいROIのファイルを選択する
3)それぞれについて、「これどういう画像?」っていちいち聞いてくるので、構造画像には“Structure”、ROI画像には“Blob”と答えてあげよう
4)“Blob”についてスケール範囲?を聞くらしいがデフォルトでおk
5)Image Orientationとかいう欄で表示したいスライス面をaxialかcoronalかsagittalか選ぶ。
axial=transverse=横断面な、z軸を刻んでいくかんじ。めだまの断面とか出てぎゃってなるほう。
coronal=冠状断面、y軸を刻んでいくかんじ。前からスライスしていくので耳とかみえちゃうことも。
sagittal=矢状断面、x軸を刻んでいくかんじ。左右分割されちゃう。横顔とかみえる。
6)Slices to displayっていうとこで、3つの数字を入力せなあかんのですが、
出発点となる座標(MNIで):スライスする分厚さ:終点となる座標
という構成になってるっぽい。


んでいろいろがんばってみたんですが、どうもこの方法では複数のポジティブROIを表示することが無理っぽい?
コマンドウィンドウみてたらなんか一回描いた図リフレッシュしてしまうみたいだし。
ああもう。

しょうがないので、2こいちになったROIを作成して両側FFAとか両側PPAとか作ることにした。
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/144/
で紹介した、MasBaRのROI definitionのTransformでCombine選んで論理和(r1 | r2)したらいいわけだ。
これを図にするROIとして上の手続きを踏めばいいわけね。

…しかし改めて図にするとあれこのROIちょっとどうなん?みたいなのが見えてくるなあ…
ちょっと修正作業に追われそう。



どうでもいい疑問。
axialとtransverseとどっちがメジャーな言い方?
おしえてぐぐるせんせーい。
ということで検索結果↓
transverse section の検索結果 約 2,510,000 件
axial section の検索結果 約 7,980,000 件
というわけでaxialの勝ちー。

本来ならPubMedでやるべき。
ということでざっぱに検索。
transverse section は2440件
axial sectionは1396件
というわけでこっちではtransverseの勝ちー。
・・・あれー?

まあどっちでもいいんだろう。
自分の周辺の先生らがどっちつかってるのかこっそり聞いてそれにあわせよう。

うーむ
これだと、実はBrainVoyager使った方が圧倒的に簡単かもしれませんね。笑
といってもSPM + MasBaRでおやりになると決められた後のことですので、外野がとやかく言うことでもないかと思います。頑張ってください。

ところで、断面の呼称ですが。Siemensのコンソールだとaxialと書いてありますが、BrainVoyagerで見るとtransverseと書いてあります。これは迷うところですが、結局僕は論文では統一してtransverseと表記しております。ただし、どちらで書いても査読者やら編集者やらに怒られることは絶対にないと思って大丈夫です。お好みの方を使えばよろしいかと思います。
by viking URL 2010/02/26(Fri)23:29:21 編集
Re:うーむ
コメントありがとうございます。

>これだと、実はBrainVoyager使った方が圧倒的に簡単かもしれませんね。笑
・・・いや、ほかにもっとかんたんな方法あるのかもしれませんが、何せネットが頼りの手探り状態ですので・・・
あああ。BrainVoyagerのキー見つからないので、今はキー探索に時間を割くよりちまちま作業をがんばります。

・・・次があったらBrainVoyagerやってみたいです。
でも予算的に「次」があるか不明というせつなさ。
まあこのギョーカイでぺーぺーだとしかたないですね。

>ところで、断面の呼称ですが。Siemensのコンソールだとaxialと書いてありますが、BrainVoyagerで見るとtransverseと書いてあります。これは迷うところですが、結局僕は論文では統一してtransverseと表記しております。ただし、どちらで書いても査読者やら編集者やらに怒られることは絶対にないと思って大丈夫です。お好みの方を使えばよろしいかと思います。
なるほど!

じつは、アドレナリンとエピネフリンみたいに、学閥による好みがあるんじゃないかと穿っていたりしたんですが。
この論文誌に書くときはこっちの名称・・・なんてのがなさそうなら、特に気にすることもないですね。

このてきとーぶろぐもだんだん本当に研究用めもになってきてうれしい限りです。
2010/02/27 07:29
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