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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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わりと地獄の日々だった。
迷走の記録を残しておく。

つかいたいプログラムでは、Linux環境でしかつかえないものが必要になるときいたので、Cygwinを入れてみることにした。
・・・これが迷走のはじまりだった。

Cygwinのインストールのときに参考にしたのは
http://bell.sd.tmu.ac.jp/~baba/class/index.php?menu=cygwin

ええ、最初「Skip」のどこをクリックするのかわからんくて無駄にsetup.exeを起動しまくってましたよ・・・
わたしのよーなおまぬけさんが他にいるとは思いませんが念のための図。
Cygwin_python1.PNG

このときついでにCygwin用Pythonをダウンロードできます。
インストールするものを選ぶ画面でpythonを検索すると必要なものがパッケージで入っているのでそれごとインストールすればよろしい。

あとgccというやつが必要になるのでそれもいれておく。
上で言われていた、
    * Devel(Developmentの略)カテゴリの Make, GCC/G++ パッケージ
    * Graphicsカテゴリの OpenGL パッケージ
はいれといたほうがいいっぽい。
OpenGLってMATLABでも出てきたね。
研究にはやくにたつものなんですね。

それと、fftw3とかいうやつも。

このあと、Cygwinのパスを環境変数んとこにいれておかんとあとあとたいへん。
環境変数の設定は
http://www.kkaneko.com/rinkou/cygwin/cygwinxdevel.html
のとこを参考にした。

んでCygwin上でパッケージをいろいろせねばならんので、Cygwinのカレントディレクトリを変更せねばならん。チェンジディレクトリはcdなんだけど、Cygwin上のルートディレクトリがCドライブのCygwinのとこなので、そこ基準に移動することになる。
なので、たとえばc直下に移動する場合は

$ cd /cygdrive/c/

となる。

Cygwinのとこにあるやつ(たとえばusrなど)なら、

$ cd /usr

でよい。
なのでパッケージとかはCygwin内においとくほうが移動が楽ね。


で、最初にいれるべきパッケージ。
GSLという略称の、なんか計算とかべんりなやつ、その名もGNU Scientific Library。
http://www.gnu.org/s/gsl/
日本語の解説サイトが親切なので、そっちをみながらダウンロード。
http://na-inet.jp/na/gsl.html
Linuxじゃないけど、tarファイルをおとしてきてCygwin上で

$ ./configure; make; su;

を書いたらむにゅむにゅなるのでしばらく待ち。
そのあとで

$ make install

したらおk。

さらに、必要そうなもの。
ATLASとLAPACKというものがいるそうなので、↓のとおりにしてみる。
http://www.kkaneko.com/rinkou/cygwin/atlas.html
自分のPCのスペック情報が必要になるので各自ぐぐること。
わたしゃ自分のPCのしょんぼりさ具合にちょっとわびしくなったけど。
だってこれが整うまで何日かかったことか・・・

そしていよいよ、研究用に必要なNumpyとScipyというのをいれる。
これも計算用パッケージ。ただしGSLとATLASとLAPACK(後ろ2つは別のでも代用できるらしい)が入っていることが前提、っぽい。
ほかにもnoseというのが入ってないとあとでエラーはかれるので、いれておいたほうがいいかも。
ここでnose手に入れろとはNumpyじきじきのご指名。
http://readthedocs.org/docs/nose/en/latest/
公式(http://www.scipy.org/)ではWindows用のインストールファイルに誘導されてしまうが、それではCygwin上で使えないので、解凍して中身をいじれるやつを探してくる必要がある。
Numpyはhttps://github.com/numpy/numpy/
Scipyはhttps://github.com/scipy/scipy
でそれぞれおとせるのでこいつを持ってくる。
んで、開いたフォルダをCygwinから参照しやすいてけとーな場所に放り込み、Cygwinでそこの場所にcdしてから

$ python setup.py build
$ python setup.py install

してやるとだいたいインストールできる。

の、はずが、エラーはきまくってぜんぜんうまくいかない。
Numpyはむりくりなんとかなったけど、Scipyはもうわけがわからん。


というわけで他のサイトに頼ることにした。
http://cens.ioc.ee/~pearu/scipy/BUILD_WIN32.html
ここの方法では、MinGWというソフトウェアにのっかってScipyをダウンロードするようす。
なんかダウンロードしたものの対応付けをしてくれるmsysとかいうPythonのファイルがあるのが便利そうではある。
英語がある程度読めるひとはこのページを読むだけでよいと思うが、英語がだるくてしかたがない場合を想定して、ある程度日本語で手順書いておく。

Cygwinをインストール

MinGWをインストール
(引用元ページでは別途MSYSをインストールするように言われているが、現在のMinGWではMSYSも選択すれば同時にインストールできるようになっている)

元ページにあるPythonスクリプト、msys.pyをダウンロード

ワードパッドか何かでmsys.pyを開いてMSYSのある場所指定とPythonのバージョン記述とを自分のに合わせて書き直す。他にも自分のと合わない記述がないか確認して保存

$ msys.py python -i

>>> import sys; sys.exit()

元ページではNumericをインストールするように指示してあるが、今回はNumpyを使いたいのでスキップ

F2PYをインストール。わたしが取った方法は、Tarファイルをダウンロード→解凍→中身フォルダをCygwinフォルダ内につっこむ→cd そのフォルダ

$ python setup.py install
$ msys.py python setup.py install

BLASのLibraryをつくる。LAPACKをおとしてきたときのBLASフォルダ→SRCフォルダに移動

MinGWでライブラリを作る。
msys.py g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f
msys.py ar r libfblas.a *.o
msys.py ranlib libfblas.a
export BLAS=~/src/blas/libfblas.a
んでlapackについても同様。
まあぶっちゃけライブラリは試行錯誤の段階で既にあるんだけどね。

ATLASをインストール。
悪夢再びはいやなのでとばした。
まあ、tarおとす→解凍→
$ make xconfig
$ ./xconfig -t c:/cygwin`pwd`
→Makeファイルいじる→
→$ make install
なかんじらしいので、ATLASをここでいれるひとはがんばれ。

ATLASをここでいれた場合はLapackライブラリをもっかいつくる
$ cd ~/src/ATLAS/lib/WinNT_P4SSE2
$ cp liblapack.a liblapack_orig.a # make a backup
$ mkdir tmp; cd tmp
$ ar x ../liblapack.a
$ cp ~/src/LAPACK/lapack_MINGW.a ../liblapack.a
$ ar r ../liblapack.a *.o
$ cd ..; rm -rf tmp

いよいよScipyに。

んで肝心のScipyなんだけど、CVSというのをつかってファイルをおとしてくるらしい。
CVSはなんかネットのやつ(なんてひどい説明だ)。
http://www.trust-service.co.jp/it/nomihodai/cygwin_cvs/cygwin_cvs.shtml
http://www.eclipsewiki.net/eclipse/index.php?Cygwin%A4%C7CVS%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A1%BC%A4%F2%CE%A9%A4%C6%A4%EB
このへんをみながらCVSというやつをつくる。
まあこれ作らなくても、前におとしてきたやつがあるからいいや。

でもこの方法でもぐだぐだぐだぐだエラーはく。
あたまぱーん。
無理。

ぶっちゃけ、Windows上のCygwinのPythonにScipyを仕込むことは「Painful」だと言ってるひともいるし、「Windowsはパッケージ以外無理じゃね」と言うひともいる。
がっつりまとめて有料でお買い上げも可能みたい(http://www.enthought.com/products/epd.php
)だがこちとらNo money & No futureなわけで。
はい詰んだ詰んだ。

というわけでこの方法は詰んだ。
やっぱ慣れない言語にいきなり手出してひとさまのプログラムいじろうとか無謀ですわ。
別の方法を模索する。

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