忍者ブログ

めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

2017/10    09≪ 1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  ≫11
さて。
MRI解析でコントラストを出したよーってのが「ねこでもできるfMRI解析その10」だったわけですが。

コントラスト出したら、出てきた部位が解剖学的になんて呼ばれるところかってのが気になりますよね!
ちうかそれわからんと論文になりませんよね!
でもこれいちいち解剖の本くびっぴきなるんめんどくさいなあ…

ということで、SPM上で使えるツールを教えてもらいました。
…ROIのときにもそれ使えば楽だったんじゃね?というツッコミは今更なので却下。

ツールのなまえは、Anatomical Automatic Labeling、略してAALだそーな。
さーやってみよー。

というわけで、まず↓からダウンロードします。
www.cyceron.fr/web/aal__anatomical_automatic_labeling.html
SPMのバージョンごとに(99・2・5・8に対応)圧縮ファイルがおいてあるようなので、自分の使うものにあってるのをダウンロード。
わたしは5なのでそいつを。

ダウンロードして解凍してでてきたフォルダを、MATLABのプログラムファイルはいってるとことかに置く。
んでもってファイル→パス設定でさっきのaalというフォルダを設定してやる。
それができたら、aalとうちこむ。

すると
「Local Maxima Labeling」
「Extended Local Maxima Labeling」
「Cluster Labeling」
「Quit」
とゆー4つのぼたんがならんだ画面が出てきます。

「Local Maxima Labeling」だと、Local Maximaがどーゆー部位かおしえてくれるわけですな。
ぽちっと押してみると、コントラストだしたSPM.matを選ばされます。
それ選んで、いつものよーにマスクするかとか閾値どうするかとかをてけてけ決めます。
そのあと、Select an labelised atlasというウィンドウが出るので、aalフォルダのなかに入っているROI_MNI_V4.niiというのを選べばできる、はず。

んが、なぜか「ファイル C:\Program が見つかりません: ファイル、またはディレクトリは存在しません」というエラーをはいて止まる。
aalのウィンドウ自体は開けてるんだしパスも通ってるはずなんだけど。
何がひっかかっているのか不明。
バージョンもあってるし。
置く場所がわるいのかと思っていろいろ場所かえてパス通しなおしてもおなじエラーはきよる。
パス名の中にスペースはいってたらまずいとかか?
いやそもそもそれだったらパス通すのも無理くないか?

謎。
まったくもって謎。
しいて言うなら、「SPM2のバージョンではUNIXでしか動作保証しないよ」って書いてあるからそもそもウィンドウズ向けじゃないとか?
いやでもわたしにこれ教えてくれたひとはウィンドウズ上でさくさく使ってたぞ。
いったい何が違うんだ。

解決方法もぐぐった程度では見つからないし元サイトでもFAQとかないっぽいので、とりあえず今日はあきらむ。
なんか解決策が見つかったらうpります。

この記事にコメントする
              
お名前
タイトル
メールアドレス
URL
カラー
絵文字 Vodafone絵文字 i-mode絵文字 Ezweb絵文字
コメント
非公開 管理人のみ閲覧できます
パスワード   
* コメントの編集にはパスワードが必要です
この記事にトラックバックする
トラックバックURL:
カレンダー
09 2017/10 11
S M T W T F S
1 2 3 4 5 6 7
8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27 28
29 30 31
カテゴリ説明
もっさり:日々の雑感をもっさり。
がっつり:論文や研究関連をがっつり。
びっくり:科学ニュースでびっくり。
まったり:空想科学などでまったり。
ばっかり:デザイン系自己満足ばっかり。
ほっこり:お茶を嗜んでほっこり。
最新コメント
※SPAMが多いのでhttpを含むコメントと英語のみのコメントを禁止しました※
[05/07 ぱるぱる]
[05/06 ぱるぱる]
[05/06 ぱるぱる]
[08/29 初見名無し]
[06/25 あ]
最新トラックバック
プロフィール
HN:
az
性別:
非公開
自己紹介:
興味のあるトピックス
 分野は視覚認知。視知覚にがて。
 あと記憶全般。
 カテゴリ (semanticsか?) とかも。
 最近デコーディングが気になる。
 でも基本なんでもこい。
 好奇心は悪食。

好きな作家(敬称略)
 川上弘美
 小林秀雄
 津原泰水
 森茉莉
 レイ・ブラッドベリ
 イタロ・カルヴィーノ
 グレッグ・イーガン
 シオドア・スタージョン
バーコード
ブログ内検索
カウンター
フリーエリア
PR
<< Back  | HOME |   Next >>
Copyright ©  -- めもめも ...〆(。_。) --  All Rights Reserved
Designed by CriCri / Material by もずねこ
忍者ブログ  / Powered by [PR]