2010/01/23 (Sat) とりあえずの座標おまとめセット

先行研究との対応だいじってことで、今さっと手に入るだけのFFAもしくは顔関連の紡錘回とPPAもしくは風景関連の海馬傍回＋αの座標をざっとさらえてみました。
本当はもっと莫大な数の論文があるんだろーけど自分がフォローしてない論文を大量に仕入れて、となるとしんどいんで既読（タイトルやアブストさっと眺めただけのぶんも含む）論文に絞って。
まあある程度の数あればアタリはつけられるだろー。

あと今つかってるのがSPMなんでぜんぶMNIに変換します。
ふつーはタライラッハに揃えるんだろーけど。
そして変換後の座標は小数点以下四捨五入。
なので若干不正確かもしれませんが、「だいたいのアタリをつける」が主目的なのでそこらへんは気にしない。

2010/01/22 (Fri) ねこでもできるfMRI解析その８～穴よけ小技編

またハロゲンが沈黙した。
何ハロゲンさんわたしのこと嫌いなのですか？
今週寒気がぬるんで油断してるとこにまた寒さが襲ってくるというのに。
ひどい。
世が世なら粉砕バットでせっかんものですよ。


まーそんな環境で機能的ROIについてちまちまやってるわけですが。

こないだぐだぐだ騒いでいた「ひとによって側頭のだいじなとこの信号おちてる事件」をスルーして進めるわけにはいかないよ、と。
そんなツッコミをうけて先輩に教えてもらったTipsをめもっとく。

Resultsからコントラストだしてきた後、その結果をテンプレート脳にのっけるだけじゃなくって個人の構造画像にものっけれるよ、という話がありまして。
まあ↓に書いてあるんですけど。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/overlay.html
要するに、コントラスト出したあとにOverlays...ってとこ選んで、sectionsを選んだら画像選ぶボックスが出てくるからのっけたい画像を選んだらよいのです。
ただし、コントラスト出したときってたいていもうNormaliseしてるから、構造画像なら先に構造画像だけをNormaliseしたものを用意しとくこと。
素の構造画像の上に上書きしないようNormalise Estimate&Writeを選ぶが吉。

これをやるときに、コントラストの有意水準を1.00にするんですよ。
ほいたら、撮像できたすべてのボクセルが光ってる状態になる。
それに構造画像を重ね合わせて、光ってるとこが見たい領域をカバーしてたのなら、ROIに有意な結果が出ないのは「そーゆー結果（ROIはそんなに活動してない）だから」ってことになる。
でも光ってるとこが関心のある領域をカバーできてないのならば、それは撮像に問題があって（こないだの「みみぶくろがある」とかの場合ですね）データが取れてないってことだから、その実験参加者さんのデータは論文にのっけられないかもしれない。
なんか補正かけたらなんとかなる場合もあるらしいけど、その補正がうまく望む方向にかかってくれる保証はない。
とりあえず、このまんま統計にかけていいものかどうか調べるのに使える方法。

なるほど有意水準というものを逆手にとった便利な手だ。
こーゆーのをすぱっと思いつくのってすごいなー。

（ちなみにわたしは、どろくさ～く、ふつーの出てきたコントラストをNormaliseした機能画像にのっけて、くろい部分に光るボクセルがのっかるかどうか見てました。もっちゃり発想。）

まあ関心領域を考えるためにも、やっぱ先行研究から代表的FFA・PPAの座標は必要っぽい。
解剖的に決めて楽をしようというわけにはいかなかった。
めんどくさいがちまちまやるしかないのう。

2010/01/21 (Thu) ねこでもできるfMRI解析その７～バッチつくってみる編

ハロゲンさん復活した。
神はわれら（主にわたしと向かいの席の先輩）を見捨てていなかったのだ･･･！！！

ということでいきのびてます。
そいえば前研究室の人々とごはん食べてるときに「こたつ導入しませんか」って発言したのにあっさり一蹴された。
早く発明家のひとが移動式こたつを開発したらいいと思います。

さて今日は↓を参考にバッチ処理に挑戦してみるかな。
www.geocities.jp/fmri_lab_1968/spm5_use/batch.html
とりあえず前処理だけでもバッチ化できたらあとがすごい楽。

ただ、MarsBarのほうはバッチ化すげーめんどくさそう。
marsbar.sourceforge.net/faq.html#how-do-i-run-a-marsbar-analysis-in-batch-mode
まだいろいろ試してみたいからこっちのバッチは後回しでいいか。
先送りばっかだなあ。

まーとりあえずのできるとこまでバッチ処理してみます。

2010/01/20 (Wed) ねこでもできるfMRI解析その6～解剖的にROIを限定編

前から接触の悪かった研究室のハロゲンヒーターがどうも永遠の沈黙に入ったっぽい。
研究室きっての希代のさむがりなわたしは、これから来る厳寒の2月をどう乗り越えたらいいのか。

日本にいてこれだけさむがりなので、もっと北にある欧米諸国の冬なんぞを経験したらしんでしまうのではないか。
ちょっとした懸念である。

要約：研究室にこたつ配備すればいいのに
（まさにねこあたま）

とりあえずしばらくはMRI部屋に入ることもないのでカイロを解禁しとくか。


さてかんじんの解析ですが。
ROIがうまいこと収束してないかんじがあるので、他の研究ではどんなんなのかちょっとおさらいしてみた。
ちなみにMNIで。

Epstein & Higgins 2007
L PPA -19 -37 -8
R PPA 20 -36 -6
L retrosplenial -10 -59 8
R retrosplenial 13 -54 9

Hayes et al. 2009
R hippocampus 37 -26 -11
L hippocampus -30 -19 -11

L Parahippocampal/retrosplenial -11 -38 11
R Fusiform 45 -30 -19

とかちまちま情報収集しようかと思ったけどめんどくさくなったのでWFU_PickAtlasを導入することにする。
とりあえずFFAが見たいなら解剖的に特定したマスクかけてROI出せばいいやろー。

ということで、解剖的にROI決めてくれるWFU_PickAtlasの使い方はじまりはじまり。

2010/01/19 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その5～ROI analysis編

どうでもいいけど統計的検定の「書き方」について検索してこのめもぶろぐにいらっさるお方がこの1、2ヶ月でちょこちょこいる。
ぶっちゃけ今の時期に「書き方」程度のことを検索してるってのはよっぽど追い詰められてると思うよ！
うちでは卒論発表会は来週だよ！
ネットで検索するのもいいけどちゃんと論文読みなさいよ。日本語でいいから。
もしくは素直に先輩方に聞きなさいって。
まあここに書いたところでそんな統計難民たちが読むとも思えないけれど。

もっと統計についていろいろ書いたほうが「人気ブログ」とやらになるのかなあ、と思ったけどそもそも人気ブログをめざしてないからどうでもいいことに気づいた。
ということでいつもどおり勝手にだらだらめも書きです。


さてさて。
今日はMarsBarをつかうよー。
MarsBarというのは、ROI解析をするのにべんりなツールだよー。

油断してるとすぐへんなミスしたりしてエラーはくからだんだんSPMめんどくさくなってきたよー。
でもMRIってそもそもがしちめんどくさいからしょうがないよー。

本実験のほうはevent-relatedだから、durationを0にして、各条件のオンセットをめんどくさくなりながら書き出して、前回までの処理を施しておいたよー。
いよいよこれにROIをあてはめたりしていくよー。