2010/01/19 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その5～ROI analysis編

どうでもいいけど統計的検定の「書き方」について検索してこのめもぶろぐにいらっさるお方がこの1、2ヶ月でちょこちょこいる。
ぶっちゃけ今の時期に「書き方」程度のことを検索してるってのはよっぽど追い詰められてると思うよ！
うちでは卒論発表会は来週だよ！
ネットで検索するのもいいけどちゃんと論文読みなさいよ。日本語でいいから。
もしくは素直に先輩方に聞きなさいって。
まあここに書いたところでそんな統計難民たちが読むとも思えないけれど。

もっと統計についていろいろ書いたほうが「人気ブログ」とやらになるのかなあ、と思ったけどそもそも人気ブログをめざしてないからどうでもいいことに気づいた。
ということでいつもどおり勝手にだらだらめも書きです。


さてさて。
今日はMarsBarをつかうよー。
MarsBarというのは、ROI解析をするのにべんりなツールだよー。

油断してるとすぐへんなミスしたりしてエラーはくからだんだんSPMめんどくさくなってきたよー。
でもMRIってそもそもがしちめんどくさいからしょうがないよー。

本実験のほうはevent-relatedだから、durationを0にして、各条件のオンセットをめんどくさくなりながら書き出して、前回までの処理を施しておいたよー。
いよいよこれにROIをあてはめたりしていくよー。

まずインストールするとこから。
sourceforge.net/projects/marsbar/files/
の下のmarsbarって書いてあるとこを展開してすきなバージョンをダウンロードする。
まちがってトップのみどりのダウンロードボタンを押すと、欲しくもないサンプルデータをくれます。
いやふつーサンプルよりさきにツールがいるだろがｊｋ。
どうしてこのトップなのか理解できない。

などと愚痴りつつおとしたやつを解凍して、フォルダをMATLABから参照しやすいとこにおきます。
そしたらMATLAB上でファイル→パス設定→フォルダを追加、でパスを作ってやります。
SPMをいれたときとおんなじですね。
ほいたらMATLABのコマンドのとこでmarsbarっていれたらMarsBarが始まってくれます。
つーかいきなり魚が出てきてびびります。
なんで魚。
（マニュアルを読んだら解説があるらしいとの情報を得ましたが、めんどいので放置。
どうせアンチョビがどうとかそんな話）

サンプルをダウンロードしてたらチュートリアルとかしてくれるらしいんですが、めんどくさいのでチュートリアルは放置します。
単に間違ってダウンロードしたことに逆切れして見たくないだけとも言います。

wiki.livedoor.jp/weidows95/d/ROI%B2%F2%C0%CF%A4%CB%A4%AA%A4%B1%A4%EBROI%A4%CE%C0%DF%C4%EA%A4%CE%BB%C5%CA%FD#
marsbar.sourceforge.net/tutorial/define.html
ここを参考にしつつさっそくROI設定しちゃいましょう。

１）まずローカライザのコントラストを読み込む。MarsBarの"ROI definition"から"Get SPM cluster(s)"を選ぶ
２）ローカライザしたときのSPM.matを選択
３）コントラスト選ぶ画面出てくるから、ROI決めるコントラスト出す（前回とおんなじかんじで）
４）そしたら左側のとこに"Write ROI"ってメニューができてるから選択→"Write one cluster"か"Write all clusters"かを選択。
なんか赤矢印でてるとこだけでよかったらone clusterのほうを選ぶらしい。
５）ROI image保存するフォルダを選ばされる
６）名前きめ
７）saveおす
８）ファイル名きめ

これでROIのファイルができた。

もしくは
１）"ROI definition" だして "Import ROI(s)" →"Import ROI(s) to" で "cluster image" を選択→ROIにしたい.imgを選択
２）名前を決めて、ROI書き出したいフォルダ選ぶ


さあこっからROIをあてはめて解析だー。

１）MarsBarの"Design"→"Set design from file" を選択→本実験の.matを選択
２）"Data"から"Extract ROI data (default) "選択→ROI書き出した.matを選択

ここでしばらく待つ。
ROI処理ができたら"Design"のとこの"View"でROIのよーすが見れたりする。

marsbar.sourceforge.net/tutorial/results.html

www.geocities.jp/qjskj428/marsbar.html
などを参考にさらにすすめていきます。

３）"Results" から "Estimate results"を選ぶ（またちょっとかかる）
４）"Results" から "Import contrasts" で見たいROIを選択
５）"Results" から "%signal change" を選択→イベント設定画面に
６）イベントの種類ごとにイベント設定（当該イベントを選択して名前つける）
７）Event durationを入力（block designなら1blockの長さ、event-relatedなら０）

と、ここでわたしは「あれ？なんにも起こらねえええええ」と詰まってしまったわけですよ…

まさかMATLABのコマンドとか出すほうに結果出てるとか思わないじゃん！
SPMならいっつもSPM用のウィンドウで出てたし！
ROI設定のときもそんなかんじでSPMウィンドウで出てたし！
ここでいきなりコマンドのほうとか罠すぎるわ！
便利なものを作ってくれたMarsBar作者はありがたいけどこのひと相当ひねくれてるんじゃね！？
（インストール画面のトップがツールじゃなくてサンプルだったことも加味して）
随分とひとの思い込みを逆手にとってしまうひとに見えるわ！
（自分が気づかなかっただけなのに逆切れ）

ということで、ふか～いため息とともにMATLABのWorkspaceをみると、なんか行列ができとる。
なんかpcって書いてあるやつ。
Array Editorのしたのほうにでてきたpcってのをクリックするとエクセルみたいな表が出てくる。
そいつがsignal changeの値なのでてきとうにエクセルにでもこぴぺしておく。

Workspaceのグラフ印をクリックしたら、グラフたしたりできる。
あとMarsBar画面のResultsのMarsBaR SPM graphってやつとか。
Contrast estimates and 90% C.I.というやつで１このROIでのコントラスト棒グラフできたり。
１このROIきめてEvent related responseを選んで、見たいほうの条件選べば、その条件での試行音セットからの信号変化図示してくれる。

時間にそってうにょうにょってのがみたいときは、Results→Plot Residual→Time courseで見れます。
まあそんなかんじで、いろんなROIであそんでみるわけですね。

これバッチ処理のやりかた勉強しないとめんどくさいことこのうえないな…
まあそのあたりはいずれ。