2010/02/20 (Sat) 身の始末を徐々にはじめよう

今回がっつり研究タグかもっさり垂れ流すタグかでちょっと迷ったけど、一応研究上必要なことなのでがっつりで。

今までわりとすきほうだいフリーダムにやってきたんですが、ぼちぼちそうもいかないおとしごろ。
とりあえず今まで積んできた紙媒体のものを少しずつpdf化していきたいと思います。
なるべく身軽になっておいたほうがあとあと楽だし。

論文みっちり読むときは、どうしても紙に印刷して読みたいんですが、pdfにしとけばまた印刷しなおすこともできるであろ。
反対に、学部んときの電子ジャーナルがあまり揃ってない環境でせっせとコピーした文献とか研究会めもとかは紙しかないからその紙が紛失したらもう読めない。
文献は多少はなんとかなるんだろーけど、古い年代のだとそもそも電子ジャーナルになってないのもある。
そしてそんな古い文献１こ２このために遠くの図書館いくのとかしぬほどめんどくさい。
というわけでなるべくpdf化しよう、と思いました、まる。

pdfを扱うにあたって
homepage3.nifty.com/e-papy/p3.html
ここのpdfを分割したり統合したり回転したりするソフトがちょうべんりなので貼っておく。
あほのこなので向きを間違えてスキャナにかけることもありんす。
あ、分割してから統合するパタンだと、フォント埋め込みとかの事情でファイルサイズでかくなるよってどっかで読んだ。そこだけ注意。

ぶっちゃけ使い方としては、ダウンロード→解凍→実行ファイルを実行、というパタンなのでわざわざ書くまでもなし。
無料でこんな簡単にさくさくpdfいじれるとかべんりで助かる。

・・・一番の問題は、スキャンする時間だなあ・・・

2010/02/10 (Wed) のうみそをだらだら見るはなし

実験参加者さんで、「自分の脳が見たいです」というひとがいるんですけど、と先輩に相談したら、「MRIcroというのがあるよー」と聞いたので自分で試してみる。
てゆかMRIcroってなんて読むんだろ。
むりくろ？
なわけないか。
えむあーるあいくろ、が順当なとこか。

これのインストーラとDICOM変換済みの画像を渡せばいいよーっていわれた。
MacならDICOMとOsiriXで、っていわれたけどわたしの手元に自由にしていいMacないからMacユーザー放置。
多分あとで長年まかーな友人からブーイングくるかもしれんけど放置。
だって検証できんもんはしょーがない。

とりあえず
sahswww.med.osaka-u.ac.jp/~med-anal/download/mricro.html
からマニュアル日本語訳をおとしてくる。

ぬーん手取り足取り揚げ足取り教えてくれるわけではないのか。
体当たり的にやってみるか。

というわけで
www.cabiatl.com/mricro/
を見る。
あれMac対応してるように書いてある気がするが。
まあMac手元にないから検証しない。

「みるやつ」ってことはたぶんMedical Imagingの項にあるMRIcron NIfTI viewerってやつがそれっぽいな。
むりくろからむりくろんに進化しとる。
そこからInstallationってとこにいく。
なんかイントロとかライセンスとかいろいろあるけど華麗に読み流して（こら）、Windows installerにねこまっしぐら。
ZIPがくるんでてきとーに保存＆解凍。
インストーラ入ってるから起動してぽちぽちっとインストール。
このへんはそこらのフリーソフトと大差ないですね（当たり前だけど）。

さて実際に起動してみる。
なんかもう既にふろくの画像が読み込まれてて、なんかやたらめったらくっきりなのうみそが表示されてる。
File→Openですきな画像ってゆかまあここは順当にてきとーなひとの構造画像でも選んでみる。
おおぬるぬる見れる。
青十字を動かすことでスライスかえれる。
表示されるXYZ座標はマニュアルによるとMNIらしい。
File→Save as bitmapで.bmpとして画像保存もできるっぽい。
あとOverlayとかいろいろ機能あるっぽい。
まーでも実験参加者さんに聞かれるのはとりあえずここまでだろー。
これはまたステキ結果が出てステキ図が必要になるときにでも見てみよう。
SPMやBrainVoyagerでなんとかなることのが多いかもしれんけど。


あと
wiki.livedoor.jp/weidows95/d/MRIcro%A4%CE%BE%AE%B5%BB
も参考になるかもしれんので貼っておく。



ああいかん。
紅茶欠乏症でだらだら作業はできてもぴりっと論文が書けない！
これはいかん。

2010/02/09 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その９～ゆきだるまクラスター対策編

ほっほい。
個人ROI解析もだいぶたけなわ。
習っている先輩にリテイクされる回数もそこそこたけなわ。
そろそろ次の段階にいきたいです。
「解析ひといきついたら紅茶買いに行く」っていうのは解析終了しないフラグだったのかもしれん。うかつだった。

・・・まあ今試行錯誤しとくのもあとあとのためだよね・・・

というわけで今回は、ROI解析してたらクラスターがひとかたまりじゃなかったーっていうときのおはなし。

機能的にROIを決めたら、そのかたまりがきれいなかたちをしているとは限らないわけです。
きれいな円じゃないのはしょうがないけれど、まるいのが２つくっついたようなかたち（∞みたいな、といえばいいのか？）、ゆきだるまをころがしたようなかたちのクラスターも中にはあります。
それって２つの違うクラスターがくっついて１こに認識されちゃってるのではなかろーか？なんとか分離できないものか？と先輩に質問したところ、MarsBaRによる解決策を授けていただきました。

わたしは勝手に上記のようなクラスターを「ゆきだるまクラスター」と呼ぶことにしたので、題して「ゆきだるまクラスター退治法」はじまりはじまり。

2010/02/08 (Mon) ねこあたま溝ラベリング修行中

ROIの選定について、先輩に「ウェブに頼りすぎてはいけませんよ」とつっこまれる。
タライラッハ本が行方不明なのがわるいんだー、と駄々をこねたら、代わりの書籍を紹介された。
なんで物品購入締め切った後にそういうこと教えてくれるんですか…
「バイトしなさい」っていわれた。
しょんぼり。

つーか今バイトする暇なんかあるか。


そんなことぼやいてもしかたがないので、本は図書館から借りてきました。
某部局の図書館、開館３分前だと気づかず電気ついてるしドア開いてるからふつーに入ってしまったら司書っぽいひとに怒られた。
それはこっちが悪いからしかたないけど、謝ったら、
「もういいですよ、勝手に本探しててください」
とか言われてイラッと来た。
しかも他部局だからかしつこく身元確認された。
怒ってたとしても、ものの言いようとかあるよなー。
ちうか２、３分くらいいいじゃんよー。
それが嫌なら開館までドア閉めてればいいのにね。
某部局なんかそこまでこまいこと言わないし違う部局のわたしを気遣って司書さんがいっしょに本探したりしてくれたのに。

本は悪くないのに、本を渡すひとにあまりよいイメージもたないと、本までなんだかしょんぼりに思えてしまうぜ。


しょんぼりしてても物事は好転しないので、今は借りた本で溝とか回とか弁別できるように目下修行中。
借りたのは、
『脳MRI 1.正常解剖』という本と
www.amazon.co.jp/%E8%84%B3MRI-1-%E6%AD%A3%E5%B8%B8%E8%A7%A3%E5%89%96-%E9%AB%98%E6%A9%8B-%E6%98%AD%E5%96%9C/dp/4879622907
『ヒトの脳:神経解剖学・組織学アトラス』という本。
www.amazon.co.jp/%E3%83%92%E3%83%88%E3%81%AE%E8%84%B3-%E7%A5%9E%E7%B5%8C%E8%A7%A3%E5%89%96%E5%AD%A6%E3%83%BB%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%AD%A6%E3%82%A2%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%B9-%E5%B9%B3%E7%94%B0-%E5%B9%B8%E7%94%B7/dp/4830600292

上のは、正常脳のMRI画像がいっぱい載ってて、主な溝や回の同定のアドバイスとかも書いてある。
あと解剖学の基礎知識に相当することものってる。
欠点をあげるとすると、
・どういう画像なのかはたいていことばで説明されている（どこをどうきった断面なのか、どの部分をズームインしてるのか）ので、慣れないとぴんと来ない＆全脳での位置づけが把握しづらい
・わたしのよーな視覚認知領域のひとがよろこぶ側頭領域に関する記述＆画像はじつはあんまりない
というところか。

下のは、解剖標本の写真がこれでもかーと載っている。
MRIの画像もちょこっとあるけど、そのほとんどは同じページにのってる解剖標本は、どこらへんをどうスライスしたものかを示すためのものっぽい。
なので、どの溝・回が全脳のなかでどこらへんなのか、どこで切ったらどの溝・回がどう見えるのかが直感的にわかりやすい。
欠点としては
・解剖だから殆ど高齢者の死後のもの（病変があるものも多い）で、わたしが見るMRI画像よりもちょっとボリュームダウンなかんじ（とくに脳室の面積が全然違う）
・溝・回がはっきりしてるのはよいけど、MRIのもやっとした画像との対応にちょっと自信がない
というところ。

どちらにしても、スライス画像をたくさん見せられるわけだから、空間認知がとくいじゃないと、どことどこがつながってどういう形を成すのかちょっとぴんとこなかったりする。
まあカテゴリ学習なんだから、何度も画像見ればなんとなくわかってくるだろー。

とりあえず、解剖の本の中で紡錘回がどれなのかはだいたい１発で当てられるようになってきた。
あとはそれをMRI画像においてもできるよう修行あるのみ。
本を返すまでにがっつりあたまのなかにたたきこんでしまうか、どこかに丁稚奉公に出かけておこづかいを稼いで本を買うかちょっと悩みどころ。
紅茶を買いに行く暇もなかなかとれんというのに。


がっつりめの内容を書くはずが愚痴ばっかになってしまった。反省。
まあそこらへんも含めての研究生活だということで。

2010/02/02 (Tue) タライラッハ本のかわり＆ちょっとうさんくさいネタ

タライラッハ座標と解剖学的部位の対応をみようと思って研究室にあったはずのタライラッハ本を見ようとしたら見つからない。
誰かが使ってもとの場所に戻さなかったのか。

じゃあどうしよう、ってなったときのウェブ上タライラッハツール。
Talairach Atlas
www.neurovia.umn.edu/webservice/tal_atlas.html
ですわ。

タライラッハかMNIの座標打ち込んだら、相当する部位名称を教えてくれる。
ただしラテン語。
web.sc.itc.keio.ac.jp/~funatoka/cerebrum/cerebrum.html
とかを参考にしながら部位を確認すべし。

一応学部のときはラテン語も勉強してたから注意しとくと、基本的にラテン語は名詞・形容詞の順なことが多い。
（ほんとうは、そもそもラテン語に正しい語順というものはない。格変化だけで語順が含む意味を伝えられるから。だからラテン語の詩は韻律最優先ですげー音楽的）
あと男性名詞-usの複数形は-iね。
形容詞の語尾変化は…
……ああもう教科書出さないと全部忘れた。
今度確認しとこう。

以下、すげーうさんくさい愚痴。