めもめも ...〆(。_。)
認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。
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にちようびだし学内は受験生がうろうろしてるしで今日は解析をさぼった。
さぼってる場合じゃないのは重々承知の上ですけどね。
まあ行動のほうの分析を先にやらねばならんのでそこらへんで勘弁してほしいところ（誰にだ）。
ところでふと気になったことがあったので調べてみたら泥沼にわからなかった。
MRIに入ってもらうとき、金属を含むものをよけるのはもはや常識ですよね。
んでも、その「よけるもの」の基準がなんかまちまちなんですよねー。
某所ではジーンズのファスナー程度ならOKだけど別の某所ではアウト、とか。
コンタクトレンズに関してはおふれがまわってきたのでたぶんどこでもアウトなんですが、昔はカラーコンタクトだけがアウトでふつーのコンタクトはOKだったんですよねー。
基準もいろいろ変わってくるわけです。
で、その基準が変わる根拠になるのが、「アメリカで事故の例があったから」という話。
じゃあソースはあるのか、とちょっくら検索してみたら、聞いたような話にはなかなかたどり着けない。
MRIで事故っていうと、たいがい車椅子やらボンベやらがどかーんとMRI装置の磁石に吸い寄せられてしまう話がでてくる。
インパクトも危険性も半端ないもんねえ。
こんなサイトもあったりするし。
simplyphysics.com/flying_objects.html
不謹慎ながら馬に吹いた。
どういう状況でMRIの部屋に馬をつれてくるのか…
ざっくり調べた中で事故報告っぽいものをあげていくと、
www.fda.gov/MedicalDevices/Safety/MedSunMedicalProductSafetyNetwork/ucm127686.htm
でMRIの報告例を検索してくとそこそこの数がでた。
ここで出てくるのはやけど程度の例がほとんど。
装置の壁をさわってやけどする話多いのね。
あとニコチンパッチもやけどするっぽい。
あと↓の報告を読むと、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Jun6%282%29/Pages/56.aspx
危険を報告されている
ちうかつめきりとかはさみとかナイフとかそもそも検査室に持ち込むなよっていう。
指輪はケアレスミスだと思う。
サンドバッグとかそもそもそんなもので実験するなよってつっこみたい。
おなじとこがだしてる報告もいっこあって、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Mar6%281%29/Pages/20.aspx
Orbit metalってのがよくわからんけどコンタクトに該当するのだろうか？？？
金属含むセーターってのはわたしたちも気をつけなあかんですね。
ラメ入りの服ってまだまだ流行ってるものな。
タトゥーについても言及されとりますな。
タトゥーに関しては、日本語で検索かけたときにもちらちらヒットして、
（detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1326369418とか）
実際にやってみたってひとのブログも見かけたり。
gustoko.exblog.jp/11401933/
ただまあ使うインクにもよるそうな。
そのへんは詳しくないのとfMRI実験する程度ではタトゥーいれてるひとにあわないので、特に詳細を調べるつもりはなし。
んでさっきのペンシルベニアのとこに、MRI事前チェックリストがあったのでそれも貼っておく。
www.patientsafetyauthority.org/EducationalTools/PatientSafetyTools/mr/Pages/screening_form.aspx
…あれヅラもだめなのか…
でも検査前にいきなりヅラとられたら不謹慎にも吹いてしまいかねない・・・
いやいかんいかんよそういうネタは。
日本のチェックリストといろいろちがうなあ。
しかしわたしの疑問は解決せず。
ちょっと女性のおはなしになるので、そーゆーのききたくないひとは続きをひらかないでね。
さぼってる場合じゃないのは重々承知の上ですけどね。
まあ行動のほうの分析を先にやらねばならんのでそこらへんで勘弁してほしいところ（誰にだ）。
ところでふと気になったことがあったので調べてみたら泥沼にわからなかった。
MRIに入ってもらうとき、金属を含むものをよけるのはもはや常識ですよね。
んでも、その「よけるもの」の基準がなんかまちまちなんですよねー。
某所ではジーンズのファスナー程度ならOKだけど別の某所ではアウト、とか。
コンタクトレンズに関してはおふれがまわってきたのでたぶんどこでもアウトなんですが、昔はカラーコンタクトだけがアウトでふつーのコンタクトはOKだったんですよねー。
基準もいろいろ変わってくるわけです。
で、その基準が変わる根拠になるのが、「アメリカで事故の例があったから」という話。
じゃあソースはあるのか、とちょっくら検索してみたら、聞いたような話にはなかなかたどり着けない。
MRIで事故っていうと、たいがい車椅子やらボンベやらがどかーんとMRI装置の磁石に吸い寄せられてしまう話がでてくる。
インパクトも危険性も半端ないもんねえ。
こんなサイトもあったりするし。
simplyphysics.com/flying_objects.html
不謹慎ながら馬に吹いた。
どういう状況でMRIの部屋に馬をつれてくるのか…
ざっくり調べた中で事故報告っぽいものをあげていくと、
www.fda.gov/MedicalDevices/Safety/MedSunMedicalProductSafetyNetwork/ucm127686.htm
でMRIの報告例を検索してくとそこそこの数がでた。
ここで出てくるのはやけど程度の例がほとんど。
装置の壁をさわってやけどする話多いのね。
あとニコチンパッチもやけどするっぽい。
あと↓の報告を読むと、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Jun6%282%29/Pages/56.aspx
危険を報告されている
ちうかつめきりとかはさみとかナイフとかそもそも検査室に持ち込むなよっていう。
指輪はケアレスミスだと思う。
サンドバッグとかそもそもそんなもので実験するなよってつっこみたい。
おなじとこがだしてる報告もいっこあって、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Mar6%281%29/Pages/20.aspx
Orbit metalってのがよくわからんけどコンタクトに該当するのだろうか？？？
金属含むセーターってのはわたしたちも気をつけなあかんですね。
ラメ入りの服ってまだまだ流行ってるものな。
タトゥーについても言及されとりますな。
タトゥーに関しては、日本語で検索かけたときにもちらちらヒットして、
（detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1326369418とか）
実際にやってみたってひとのブログも見かけたり。
gustoko.exblog.jp/11401933/
ただまあ使うインクにもよるそうな。
そのへんは詳しくないのとfMRI実験する程度ではタトゥーいれてるひとにあわないので、特に詳細を調べるつもりはなし。
んでさっきのペンシルベニアのとこに、MRI事前チェックリストがあったのでそれも貼っておく。
www.patientsafetyauthority.org/EducationalTools/PatientSafetyTools/mr/Pages/screening_form.aspx
…あれヅラもだめなのか…
でも検査前にいきなりヅラとられたら不謹慎にも吹いてしまいかねない・・・
いやいかんいかんよそういうネタは。
日本のチェックリストといろいろちがうなあ。
しかしわたしの疑問は解決せず。
ちょっと女性のおはなしになるので、そーゆーのききたくないひとは続きをひらかないでね。
だんだん「ねこでもできる」部分に不安が募ってきた。
一回でもエラーはいたらマニュアルどおりにすすまへんやんけ（あたりまえ）。
まあ実際に解析するわたしがねこあたまなので、わたしがみごと解析ロードを完走できたら看板に偽りなし、となるであろ。
…完走できなかったら……どうなるんでしょうね………
いやいや。
がんばればなんとかなるはずだ。
とりあえず今回は、SPMで解析するにあたって必要そうなものを列挙しとく。
列挙するだけで使うのはあとまわし。
まあちゃんと使ったらつかいかたと使用感でも書きます。
・MarsBaR
marsbar.sourceforge.net/
ROI解析に便利などうぐ。
薦められたけどまだ見てない。
・WFU_PickAtlas
www.fmri.wfubmc.edu/cms/software#PickAtlas
タライラッハかMNIでマスクかけたりブロードマンエリアにわけたりできるらしい。
まああとでみる。
SPMはMNIベースだから、MNI→タライラッハの変換が必要だよー、と言われて、上のツールでさくさくやってもいいのだけど、いちおうどんな式かと見てみたら意外とあっさり。
imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/MniTalairach
これによると、
（タライラッハのX座標) = 0.88*（MNIのX座標）- 0.8
（タライラッハのY座標) = 0.97* （MNIのY座標）- 3.32
（タライラッハのZ座標) = 0.05*（MNIのY座標） + 0.88* （MNIのZ座標）- 0.44
らしい。
こんなんだったら変換プログラムわたしでも組めそうな気がするが。
でも今悠長にプログラミング勉強してる暇ないしなあ。
今の実験がひとだんらくしたらいろいろやってみるのもありかもしれない。
一回でもエラーはいたらマニュアルどおりにすすまへんやんけ（あたりまえ）。
まあ実際に解析するわたしがねこあたまなので、わたしがみごと解析ロードを完走できたら看板に偽りなし、となるであろ。
…完走できなかったら……どうなるんでしょうね………
いやいや。
がんばればなんとかなるはずだ。
とりあえず今回は、SPMで解析するにあたって必要そうなものを列挙しとく。
列挙するだけで使うのはあとまわし。
まあちゃんと使ったらつかいかたと使用感でも書きます。
・MarsBaR
marsbar.sourceforge.net/
ROI解析に便利などうぐ。
薦められたけどまだ見てない。
・WFU_PickAtlas
www.fmri.wfubmc.edu/cms/software#PickAtlas
タライラッハかMNIでマスクかけたりブロードマンエリアにわけたりできるらしい。
まああとでみる。
SPMはMNIベースだから、MNI→タライラッハの変換が必要だよー、と言われて、上のツールでさくさくやってもいいのだけど、いちおうどんな式かと見てみたら意外とあっさり。
imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/MniTalairach
これによると、
（タライラッハのX座標) = 0.88*（MNIのX座標）- 0.8
（タライラッハのY座標) = 0.97* （MNIのY座標）- 3.32
（タライラッハのZ座標) = 0.05*（MNIのY座標） + 0.88* （MNIのZ座標）- 0.44
らしい。
こんなんだったら変換プログラムわたしでも組めそうな気がするが。
でも今悠長にプログラミング勉強してる暇ないしなあ。
今の実験がひとだんらくしたらいろいろやってみるのもありかもしれない。
あー。
画像調整の話追記。
そもそも個人の機能的ローカライザーはしらせてんのにNormaliseかけたら意味ないんじゃないの？とつっこまれた。
…よくよく考えてみたらまったくその通りだー。
うぼあー。
多少ネタバレ（？）すると、今回のわたしの実験は、機能的ローカライザーをはしらせて、その部位がとある課題中にどんなふーに活動するのかなーってかんじのデザインなので、古典的なコントラスト検出用の解析手順したらおかしいわけですわ。
はじめて使うからってうっかりなんでもかんでもふむふむしてる場合とちゃうわー。
いくらねこのひたい程度のあたまとはいえもうちょっと考えて解析せなあきませんね。
…と思ってたんですがSPM5でなぜかNomaliseとばして解析するとエラーはきよる。
なんかorientationがどうとかいうエラー。
Nomalise段階でやってるresliceかなにかが影響してるのか？と思ったけどCoregisterのResliceかましても同じエラーを吐く。
謎。
どうしたらいいんだ。
あとSmoothingてきとーすぎた。
基本はボクセルの2倍だそうです。
なんでもかんでもデフォルトでやるのは手順を覚えるにはいいけど、ちゃんと結果が欲しいときにはかえって遠回りになるなあ。
まあそのへんの反省もこめつつねこ解析（略しすぎ）その３いっくよー。
今日はとうとう、解析っぽいことをしてみるの巻き。
…ただの自分の解析日記じゃないかこれ！
……まあそうやって手順を覚えるのだからいっかー。
画像調整の話追記。
そもそも個人の機能的ローカライザーはしらせてんのにNormaliseかけたら意味ないんじゃないの？とつっこまれた。
…よくよく考えてみたらまったくその通りだー。
うぼあー。
多少ネタバレ（？）すると、今回のわたしの実験は、機能的ローカライザーをはしらせて、その部位がとある課題中にどんなふーに活動するのかなーってかんじのデザインなので、古典的なコントラスト検出用の解析手順したらおかしいわけですわ。
はじめて使うからってうっかりなんでもかんでもふむふむしてる場合とちゃうわー。
いくらねこのひたい程度のあたまとはいえもうちょっと考えて解析せなあきませんね。
…と思ってたんですがSPM5でなぜかNomaliseとばして解析するとエラーはきよる。
なんかorientationがどうとかいうエラー。
Nomalise段階でやってるresliceかなにかが影響してるのか？と思ったけどCoregisterのResliceかましても同じエラーを吐く。
謎。
どうしたらいいんだ。
あとSmoothingてきとーすぎた。
基本はボクセルの2倍だそうです。
なんでもかんでもデフォルトでやるのは手順を覚えるにはいいけど、ちゃんと結果が欲しいときにはかえって遠回りになるなあ。
まあそのへんの反省もこめつつねこ解析（略しすぎ）その３いっくよー。
今日はとうとう、解析っぽいことをしてみるの巻き。
…ただの自分の解析日記じゃないかこれ！
……まあそうやって手順を覚えるのだからいっかー。
うちの研究室Presentation使ってるんですが、PresentationのサイトってFirefox未対応なんですな。
IEじゃないとおとせないー。
うっかり考えすぎてへんに時間くった。
今度からはちゃんとIE Tabをつかおう！
まあそんなこんなで今日は画像の調整についてだよー。
とりあえず今の段階でやったことしか話しないよー。
ほんきでねこでもできる気がしてきた。
ではあほづらさげてぽちぽちっとやっちゃいましょうか。
IEじゃないとおとせないー。
うっかり考えすぎてへんに時間くった。
今度からはちゃんとIE Tabをつかおう！
まあそんなこんなで今日は画像の調整についてだよー。
とりあえず今の段階でやったことしか話しないよー。
ほんきでねこでもできる気がしてきた。
ではあほづらさげてぽちぽちっとやっちゃいましょうか。
は…
はじまった…
てゆかMRIを強化学習で突破ってある意味恵まれた環境だよな…
前回全身火達磨人体自然発火しそうなはずかしいミスを連発してぐっだぐだになっていましたが、ひっしのぱっちで対処して今回どうにかなった。
ふつーに実験できた。
そこでよろこんでたら「そこでよろこぶのはまだ気が早い」とつっこまれた。
MRI実験なんだから結果が出てナンボですよねー。
まあスタート地点に立てたんだからいいじゃないですかー。
思えばここまでほんとうに長かった。
研究室の環境もあってSPM5で解析することになりました。
ですがあまりの疲労困憊度にとりあえず画像の変換しただけで先週はおひらきに。
今週からはがつがつ解析まわしながら実験がりがりやっちゃうZE！
んで、わたしみたいな無知どしろーとがいきなり解析をするわけですから、ひとにいろいろ教えてもらってよちよち進めるしかないわけですよ。
これは、このよちよち学習を記録しておけば、MRI初心者のひとが勉強するときのとっかかりになるのでは…！？
と思いついた所存。
前はSPMの勉強会サイトとか読んで原理からみっちりやろうと思ってましたが、今そんな余裕ねえ！
というわけでどじっこあほのこでもできるfMRI解析シリーズを勝手に始めてみよう！
とりあえずボタンがぽちぽち押せたらなんとかなるのでねこの手でもおっけー！
というわけでタイトル「ねこでもできるfMRI解析＠SPM5」のはじまりはじまり～。
はじまった…
てゆかMRIを強化学習で突破ってある意味恵まれた環境だよな…
前回全身火達磨人体自然発火しそうなはずかしいミスを連発してぐっだぐだになっていましたが、ひっしのぱっちで対処して今回どうにかなった。
ふつーに実験できた。
そこでよろこんでたら「そこでよろこぶのはまだ気が早い」とつっこまれた。
MRI実験なんだから結果が出てナンボですよねー。
まあスタート地点に立てたんだからいいじゃないですかー。
思えばここまでほんとうに長かった。
研究室の環境もあってSPM5で解析することになりました。
ですがあまりの疲労困憊度にとりあえず画像の変換しただけで先週はおひらきに。
今週からはがつがつ解析まわしながら実験がりがりやっちゃうZE！
んで、わたしみたいな無知どしろーとがいきなり解析をするわけですから、ひとにいろいろ教えてもらってよちよち進めるしかないわけですよ。
これは、このよちよち学習を記録しておけば、MRI初心者のひとが勉強するときのとっかかりになるのでは…！？
と思いついた所存。
前はSPMの勉強会サイトとか読んで原理からみっちりやろうと思ってましたが、今そんな余裕ねえ！
というわけでどじっこあほのこでもできるfMRI解析シリーズを勝手に始めてみよう！
とりあえずボタンがぽちぽち押せたらなんとかなるのでねこの手でもおっけー！
というわけでタイトル「ねこでもできるfMRI解析＠SPM5」のはじまりはじまり～。
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カテゴリ説明
がっつり：論文や研究関連をがっつり。
びっくり：科学ニュースでびっくり。
まったり：空想科学などでまったり。
ばっかり：デザイン系自己満足ばっかり。
ほっこり：お茶を嗜んでほっこり。
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分野は視覚認知。視知覚にがて。
あと記憶全般。
カテゴリ (semanticsか?) とかも。
最近デコーディングが気になる。
でも基本なんでもこい。
好奇心は悪食。
好きな作家（敬称略）
川上弘美
小林秀雄
津原泰水
森茉莉
レイ・ブラッドベリ
イタロ・カルヴィーノ
グレッグ・イーガン
シオドア・スタージョン
分野は視覚認知。視知覚にがて。
あと記憶全般。
カテゴリ (semanticsか?) とかも。
最近デコーディングが気になる。
でも基本なんでもこい。
好奇心は悪食。
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