2011/10/28 (Fri) 謎の広告

なんでかしらんけど、「オプトジェネティクス実験（脳の神経活動を光で誘発・抑制）」なるもの用の機器の広告メールが日本語で来た。大学名・氏名つきで。
ガチ神経生理学じゃないですかー。
なんでよ。
英語なら「ああPubMedから流れてきたのね」でわかる。PubMedは生理学も心理学もいろんなジャンルごっちゃだし（だからこそ便利なんだけど）。
日本語だとわたしは心理学関連しか痕跡ないはずなんだけどな・・・
まあおもしろいからいいや。

謎スパムといえば、１～２ヶ月ほど前におもしろいのがきてたな。
「おまえら神経科学者・心理学者どもは俺の脳に電波をとばす研究してるだろう」みたいなやつ。これは英語だったのでたぶんPubMedかなにか論文アーカイブで来たのだと思う。
あれもなぜかBccじゃなくてToできてた。しかもあて先に同期まじってた。
いったいわれわれ研究者（タマゴ含む）の個人情報保護ってどうなっとるんですかね。
おもしろいからいいけど。
あれか、国民の血税をつかって研究させてもらってる身分だから、半ば「公人」みたいなものなのか。
そう考えると世の中公人ばかりだな。
もっと出世すると、おもしろスパムがさらに増えるのだろか。
今んとこ出世するあてはぜんぜんないけど、期待しておこう。

2011/10/24 (Mon) Python迷走した

わりと地獄の日々だった。
迷走の記録を残しておく。

つかいたいプログラムでは、Linux環境でしかつかえないものが必要になるときいたので、Cygwinを入れてみることにした。
・・・これが迷走のはじまりだった。

Cygwinのインストールのときに参考にしたのは
http://bell.sd.tmu.ac.jp/~baba/class/index.php?menu=cygwin

ええ、最初「Skip」のどこをクリックするのかわからんくて無駄にsetup.exeを起動しまくってましたよ・・・
わたしのよーなおまぬけさんが他にいるとは思いませんが念のための図。


このときついでにCygwin用Pythonをダウンロードできます。
インストールするものを選ぶ画面でpythonを検索すると必要なものがパッケージで入っているのでそれごとインストールすればよろしい。

あとgccというやつが必要になるのでそれもいれておく。
上で言われていた、
    * Devel(Developmentの略)カテゴリの Make, GCC/G++ パッケージ
    * Graphicsカテゴリの OpenGL パッケージ
はいれといたほうがいいっぽい。
OpenGLってMATLABでも出てきたね。
研究にはやくにたつものなんですね。

それと、fftw3とかいうやつも。

このあと、Cygwinのパスを環境変数んとこにいれておかんとあとあとたいへん。
環境変数の設定は
http://www.kkaneko.com/rinkou/cygwin/cygwinxdevel.html
のとこを参考にした。

んでCygwin上でパッケージをいろいろせねばならんので、Cygwinのカレントディレクトリを変更せねばならん。チェンジディレクトリはcdなんだけど、Cygwin上のルートディレクトリがCドライブのCygwinのとこなので、そこ基準に移動することになる。
なので、たとえばc直下に移動する場合は

$ cd /cygdrive/c/

となる。

Cygwinのとこにあるやつ（たとえばusrなど）なら、

$ cd /usr

でよい。
なのでパッケージとかはCygwin内においとくほうが移動が楽ね。


で、最初にいれるべきパッケージ。
GSLという略称の、なんか計算とかべんりなやつ、その名もGNU Scientific Library。
http://www.gnu.org/s/gsl/
日本語の解説サイトが親切なので、そっちをみながらダウンロード。
http://na-inet.jp/na/gsl.html
Linuxじゃないけど、tarファイルをおとしてきてCygwin上で

$ ./configure; make; su;

を書いたらむにゅむにゅなるのでしばらく待ち。
そのあとで

$ make install

したらおｋ。

さらに、必要そうなもの。
ATLASとLAPACKというものがいるそうなので、↓のとおりにしてみる。
http://www.kkaneko.com/rinkou/cygwin/atlas.html
自分のPCのスペック情報が必要になるので各自ぐぐること。
わたしゃ自分のPCのしょんぼりさ具合にちょっとわびしくなったけど。
だってこれが整うまで何日かかったことか・・・

そしていよいよ、研究用に必要なNumpyとScipyというのをいれる。
これも計算用パッケージ。ただしGSLとATLASとLAPACK（後ろ２つは別のでも代用できるらしい）が入っていることが前提、っぽい。
ほかにもnoseというのが入ってないとあとでエラーはかれるので、いれておいたほうがいいかも。
ここでnose手に入れろとはNumpyじきじきのご指名。
http://readthedocs.org/docs/nose/en/latest/
公式（http://www.scipy.org/）ではWindows用のインストールファイルに誘導されてしまうが、それではCygwin上で使えないので、解凍して中身をいじれるやつを探してくる必要がある。
Numpyはhttps://github.com/numpy/numpy/
Scipyはhttps://github.com/scipy/scipy
でそれぞれおとせるのでこいつを持ってくる。
んで、開いたフォルダをCygwinから参照しやすいてけとーな場所に放り込み、Cygwinでそこの場所にcdしてから

$ python setup.py build
$ python setup.py install

してやるとだいたいインストールできる。

の、はずが、エラーはきまくってぜんぜんうまくいかない。
Numpyはむりくりなんとかなったけど、Scipyはもうわけがわからん。


というわけで他のサイトに頼ることにした。
http://cens.ioc.ee/~pearu/scipy/BUILD_WIN32.html
ここの方法では、MinGWというソフトウェアにのっかってScipyをダウンロードするようす。
なんかダウンロードしたものの対応付けをしてくれるmsysとかいうPythonのファイルがあるのが便利そうではある。
英語がある程度読めるひとはこのページを読むだけでよいと思うが、英語がだるくてしかたがない場合を想定して、ある程度日本語で手順書いておく。

Cygwinをインストール
↓
MinGWをインストール
（引用元ページでは別途MSYSをインストールするように言われているが、現在のMinGWではMSYSも選択すれば同時にインストールできるようになっている）
↓
元ページにあるPythonスクリプト、msys.pyをダウンロード
↓
ワードパッドか何かでmsys.pyを開いてMSYSのある場所指定とPythonのバージョン記述とを自分のに合わせて書き直す。他にも自分のと合わない記述がないか確認して保存
↓
$ msys.py python -i
↓
>>> import sys; sys.exit()
↓
元ページではNumericをインストールするように指示してあるが、今回はNumpyを使いたいのでスキップ
↓
F2PYをインストール。わたしが取った方法は、Tarファイルをダウンロード→解凍→中身フォルダをCygwinフォルダ内につっこむ→cd　そのフォルダ
↓
$ python setup.py install
$ msys.py python setup.py install
↓
BLASのLibraryをつくる。LAPACKをおとしてきたときのBLASフォルダ→SRCフォルダに移動
↓
MinGWでライブラリを作る。
msys.py g77 -O2 -fno-second-underscore -c *.f
msys.py ar r libfblas.a *.o
msys.py ranlib libfblas.a
export BLAS=~/src/blas/libfblas.a
んでlapackについても同様。
まあぶっちゃけライブラリは試行錯誤の段階で既にあるんだけどね。
↓
ATLASをインストール。
悪夢再びはいやなのでとばした。
まあ、tarおとす→解凍→
$ make xconfig
$ ./xconfig -t c:/cygwin`pwd`
→Makeファイルいじる→
→$ make install
なかんじらしいので、ATLASをここでいれるひとはがんばれ。
↓
ATLASをここでいれた場合はLapackライブラリをもっかいつくる
$ cd ~/src/ATLAS/lib/WinNT_P4SSE2
$ cp liblapack.a liblapack_orig.a # make a backup
$ mkdir tmp; cd tmp
$ ar x ../liblapack.a
$ cp ~/src/LAPACK/lapack_MINGW.a ../liblapack.a
$ ar r ../liblapack.a *.o
$ cd ..; rm -rf tmp
↓
いよいよScipyに。

んで肝心のScipyなんだけど、CVSというのをつかってファイルをおとしてくるらしい。
CVSはなんかネットのやつ（なんてひどい説明だ）。
http://www.trust-service.co.jp/it/nomihodai/cygwin_cvs/cygwin_cvs.shtml
http://www.eclipsewiki.net/eclipse/index.php?Cygwin%A4%C7CVS%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A1%BC%A4%F2%CE%A9%A4%C6%A4%EB
このへんをみながらCVSというやつをつくる。
まあこれ作らなくても、前におとしてきたやつがあるからいいや。

でもこの方法でもぐだぐだぐだぐだエラーはく。
あたまぱーん。
無理。

ぶっちゃけ、Windows上のCygwinのPythonにScipyを仕込むことは「Painful」だと言ってるひともいるし、「Windowsはパッケージ以外無理じゃね」と言うひともいる。
がっつりまとめて有料でお買い上げも可能みたい（http://www.enthought.com/products/epd.php）だがこちとらNo money & No futureなわけで。
はい詰んだ詰んだ。

というわけでこの方法は詰んだ。
やっぱ慣れない言語にいきなり手出してひとさまのプログラムいじろうとか無謀ですわ。
別の方法を模索する。

2011/10/19 (Wed) あほねこがPythonさわってみた

つづいた。
というわけで、実際にPythonをいじってみよう。

と、スタートメニューからPython選んだらなんかいろいろあって早くもどうしたらいいのかわからんくなる。
●IDLE (Python GUI)
●Module Docs
●Python (command line)
●Python Manuals
●Unintall Python
とこれだけあるのだよ。
どうしろっつの。

まあマニュアルとアンインストールは違うということがわかる。
モジュールも、VBのモジュールと似たようなものなら最初に使うものじゃない。

ということは、GUIかcommand lineのどっちか。
コマンドラインを立ち上げるとこんなん。


GUIはこんなん。


違いがわからん・・・。
実はどっちもPythonつかえるらしい。
Pythonは宣言なしで変数がつかえるタイプらしい。
まず定番をちいとしてみた。
どっちも、コピー&ペーストはできないっぽいな。
後ろ戻りのもできない。なんかやっててRに近い印象。

コマンドラインではこんなかんじ。


GUIではこんなかんじ。


おお。GUIでは関数っぽいやつはオレンジ、文字列は緑、出力は青というふうに色がつくっぽいぞ！

ぐぐってみたら、どうもGUIのほーはいろいろアシスト機能がついているようす。
http://www.mapee.jp/python/idleide.html
ということは、初心者文系なあほねこは当然GUIをつかったほうがいいですな。
うむそうしよう。

いろいろ試すのに参考になったのはここ
http://www16.plala.or.jp/hiyokogumi/8/801.html
整数と小数つかいわけられるというのはなかなか便利だな。

で、プログラミングなんだから、てけとーなスクリプトを書いておいてそれを読み込むということも当然できる、というか実際に使うとなればそれがメインの使い方になるわけだが。

てけとーなテキストエディタでてけとーに記述して、「.py」という拡張子つけて保存したらはいPythonスクリプトのできあがり。


読み込むのは、import文というやつをつかうそうな。
http://d.hatena.ne.jp/kakurasan/20090306/p1
だから、

import ファイル名（拡張子はいらない）

でスクリプトを読み込んで実行してくれるわけだ。
ふむふむなるほど。

とりあえず前回設定したパスというのがちゃんとできとるか確認する方法があるらしいのでまずそれをしてみる。

import sys

と書いておけばデフォルトのもろもろがつかえるようになるらしいのでまずそれを書く。
そして

print sys.path

と書けば、現在通ってるパスが確認できるそうな。

ふむ。よいようだ。


演算については、前回2.5をおすすめしていたサイト（http://php6.jp/python/2011/03/07/16_secrets_of_python/）がざくっとまとめてくれているのでそれを見ておけばだいたい大丈夫。
だいたいは。

で、肝心の公開されてるツールは、まずおとしてきた.pyファイルをパスのとおってるところに置いておいて、GUIならFile→Openでそやつを開けばコードはざざざっと見ることができます。

ふむ。なんかこれ、計算用のパッケージをおとしてこないとあかんみたい。
・・・んんん？これWindowsでうごくのか？？
・・・・・・というわけで、さらにPython導入は迷走を極めるようす。
うあー。

というわけで、まだまだ迷走がつづくようです。
なんかもう何が目的だったのかわからんくなってきた・・・

2011/10/17 (Mon) おやつ比較とめも

おやつにも罠がしかけられている。気をつけろ。

自分で作ったおやつ↓

ラズベリーの甘酸っぱさがかりっと焼いたワッフルのアクセントになってなかなかよし。
クリームチーズで合わせるのがポイント。

買ってきたおやつ↓

見た目どおりの、ぶさいくな味。
・・・つらい。

教訓：どれだけ血迷ってもおなかがすいても、ジンジャーブレッドは買うな。


あと論文めも。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21862676

2011/10/14 (Fri) ろんぶんめもとかその他

ここんとこは文献渉猟の旅。
ちょっとスランプ起こしてる間にチェックすべき文献がのっさりたまってしまったので。
とりあえず後で（環境変わってから）チェックしたいやつをめもっておく。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21609355
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21734108

それと、SFネタとして気になったものをば。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21653869
これ絶対、『くらやみの速さはどれくらい』（参照：http://azcog.blog.shinobi.jp/Entry/56/）が元ネタだよね！と思うんだがどうだろう。
原題は"The speed of dark"だから違うのかもしれない。でも本文のルウの主張を考えたら別におかしくないはずだ。
でも論文読んでもそれっぽい話にふれてないしな・・・

『くらやみの速さはどれくらい』はわりと良質な神経科学SFだと思うので、神経科学論文のもじりネタになってもいいと思うんだけどなー。
あんまし楽しいもじりネタって最近みないような気がするな。気のせいかリファレンスワーク不足か。
でもみんなハムレットは大好きだよね。To be or not to beは。
To be～のもじりで一番好きなのは、Change Blindness論文の"To see or not to see"なんですが古いですかそうですか。
いつか自分でもそういう「くすぐり」のあるタイトルの論文を書きたいなあ。


そういえば、ちょっと油断してる間にデコーディング系の研究はあっさり「ふつー」の手法になってしまいましたね。
そんなにIF高くない論文誌でもさっくりデコーディングの話載ってるしなあ。
その「次」はどうなるんだろ？
デコーディングが商品化？

前も見たけど、これは「デコーディングを商品化」の流れであってるのだろうか。
http://nekomemo22.blog99.fc2.com/blog-entry-5458.html
なんにせよ、これはclassificationそのものが間違っているという悪例。
あれだよ。仮説が間違ってたらデコーディングがうまくいっても解釈がだめになるという例。
そういう意味では、デコーディング研究/商品化の難しさを端的に表していると言える。

結論：本物には勝てない
ちなみにわたしは部位で言うなら額派です。