2010/05/31 (Mon) あほのこ用備忘録、MarsBaRと視角と相関

ちょっとあほすぎてはずかしいけど、いかにもあほのこらしい（しかし自分にとっては重要な）めも。

・Marsbarで、同じROIを違うデザインに適用したいときは、Set designしてすぐにEstimate Resultsしたらよし。
いちいちROIを設定しなおすとかあほのこか。
同じデザインでROI変えるのも同様。ただし毎回Estimateを忘れるな。
あほのこか。ええあほのこです。

・エクセルでの視角の計算方法間違ってた。
あほのこか。いやマジであほのこです。
原因は、ATANがラジアンなことに気づいてなかったことにあり。
文系あほのこって悲しい。
ちなみに式は

＝2*(DEGREES(ATAN(刺激の長さ/(視距離*2))))

これから毎回ここをコピペするといいよ自分。


・Rでピアソン積率相関

x <- c(Data1, Data2, ...., DataN)
y <- c(Data1, Data2, ...., DataN)
 cor.test(x, y, method="pearson")

データの間に ,いれるのを忘れないこと。
エクセルファイルを読み込むのもいいけど、Rのコマンド画面でミスると詰むので、メモ帳かなんかでタブを ,に置換してついでにコマンドも書いておくとよし。
何年か前にやった相関の差の検定も書いておくとなおよろしいのはわかっているが、データの海に潜る気力がない。

Rで場合別ANOVAをやろうやろうと思ってもう２年くらい過ぎた。
まあ代わりのソフトウェアがあるとどうしても先延ばしになるよねー。

そしてたぶん解析が泥沼。
やりたいことと自分の理解力のバランスの悪さに半ば絶望し、半ばわくわくする。
やりたいこととやるべきことがありすぎるのに、なんでこんな要領わるいあほのこなんだ自分。
まあ今更飛躍的にあほのこが治る見込みもないので、とりあえず手つけられるところからやっていくしかないけどな。

2010/05/21 (Fri) 「心理学 レポートの書き方」でぐぐる前に担当者の話をよく聞け。

さあかぐわしくもめんどくさい季節到来だぜ！
心理学を学ぼうという大学生たちがみっちりレポートにしごかれる時期だぜ！

・・・レポートの〆切前に慌てている貴君らに、「ここがオトされどころだ！」というポイントを紹介してあげよう！
だからせめてぐぐれ！
てゆか検索かける前に君ら担当者の話ちゃんと聞こうな、な？
「こことここは必ずレポートに書いてください」って担当者は必ず言ってるだろ？
そこを落とす＝減点、なんだよ。
レポートに世にも珍しい奇説書いてくれなんて思ってないよ担当者は。
いやちょっとは思ってるけど。ちょっとは。
でもそれ以前に、レポートの形式にのっとったレポートをきちんと書いてくれることを期待しているんだよ。
スポーツだってそうだろう。ルールがあるだろう。エースはルールの上で輝くもんだろう。
サッカーにおいて、手を使ってハットトリック決めても誰もほめてくれないだろ。
そういうもんなんだ。だからちゃんとレポート形式守ろうな。

というわけで、レポートを書く上での注意まとめをここに貼ることにした。
もし迷える子羊がぐぐる先生のお導きでここに辿りついて、子羊の迷いが晴れたり、採点者の憂鬱が少しでも晴れたらいいなあ、と思って。
（ちなみにローカルルール含むので、そこらは適宜じぶんとこで修正するんだよ子羊たち。）
作成前の注意点として読んでくれてもいいし、提出前の最終チェックにしてくれてもよいと思う。
・・・それできみのレポートの点数はアップし、採点者の胃も痛まなくて済む。すばらしい話じゃないか。
そして以下がチェックポイントまとめ。

＊    「目的」「方法」「結果」「考察」の項目は必ず書くこと。
＊　　口語・方言を文中で使わないこと。
＊    表紙を必ずつけること。
＊    研究の背景や目的を書くときは、講義のレジュメの丸写しではなく、自分の調べたことや考えたことを交えて自分の文章で書くこと。
＊    文献の文章を「書き写す」ことは「引用」です。引用文献を明らかにしないとそれは「盗作」です。引用文献を引用しない書き写しについては大幅に減点します（わたしのローカルルール。でも研究者ってたいがいそんなもんかと）
＊    ウェブサイトの無断コピー＆ペーストは、レポートそのものが0点になる可能性がある（ローカルルールですが、快く思わない先生のが多数派のようです）。
＊    先行研究を引用するときは必ず引用文献とする。
＊    孫引き（引用文献が引用している文献を引用すること）はなるべくしない（手に入れることが不可能な文献である場合は仕方ないが、孫引きであることを明記すること）。元の文献を引用しないと、「文献引用ミス」とみなす（わたしのローカルルール。気にしないひともいる。ただし論文では許されないことだってのわかっといてね）。
＊    仮説を立てるときは、どのような結果が出たらその仮説が支持されるのか考えよう。
＊    「方法」の項目は「実験参加者」「実験材料（または器具）」「手続き」の項目をすべて含むこと。
＊    「実験参加者(participants)」か「被験者(subjects)」のどちらかに表記を統一すること。英語圏ではsubjectsは差別的表現だとして使用が控えられているが、日本語の「被験者」にそのニュアンスはないとして「被験者」を使用する日本人研究者もいる。
＊    「実験材料（器具）」の項目も文章で記述すること。
＊    「手続き」は、実際に行った作業を詳細に記述すること（レジュメの記述では不十分な場合もあるので、レジュメの丸写しで安心していてはいけない）。
＊    「結果」は図表だけにせず、どのような結果が得られたのか文章で書くこと。
＊    図表には図表番号をつけること。本文中で言及するときは図表番号を明記すること。図の場合は図の下に、表の場合は表の上にそれぞれ図表番号をつけること。
＊    グラフを描くときは、ｘ軸、ｙ軸ともにラベル（数値である場合は単位も）を書くこと
＊    同じデータを、図と表にしないこと。図か表のどちらかだけで十分である。また、データを本文にすべて記述しないこと。
＊    統計的検定をかけていない結果についてむやみに「有意である」「有意でない」を論じないこと（有意であることが言いたければ、統計的検定で有意差を確認すること）。
＊    考察では、論拠（実験結果や先行研究からわかること）のある議論を行うこと
＊    引用文献の形式は「日本心理学会　執筆・投稿の手びき」を参考にすることwww.psych.or.jp/publication/inst.html

わかったかな？
たくさん項目があるけれど、どれもレポートを書いていく上では避けられない（場合が多い）よ。
じゃあ、来週もがんばってなるべくよいレポートを書こうね。

2010/05/13 (Thu) ろんぶんをさくさく整理するはなし。

Mendeleyという文献管理ツールが便利らしいので試してみる。

なんか無料版だとオンラインで同期できる容量が少ないとかいう話だけど、とりあえずためこんだ論文が整理できるならそれだけでじゅーぶんうれしいので（論文外付けにいれてるから持ち運べるのでネットなくても読める）、無料版を試してみることにした。
www.mendeley.com/
ここにいって、姓名とメールアドレスを登録してみる。
んでメールがくるのまつ。

ほいたらダウンロードサイトが貼ってあるメールがくるのでほいほい開く。
パスワードを設定せなあかんらしいのでてきとーなパスワードを作る。
あとなんか専門とか聞かれる。
きどってNeuroscienceと答えようかと思ったけどそれらしい選択肢がなかったのでわたしはおとなしくPsychologyにしました。
神経科学の論文も出せてないのに気取ろうとすんな自分。
現在の身分も聞かれます。
ちょっとびみょいとこがあるのですがてきとーに答えます。いわゆる「だいたいあってる」ってやつです。
あと性別も聞かれますが、「言いたくない」という選択肢におおうと感心。

んでぽちっとなー。とうろーく。
そしたらなんやよくわからんサイトになり、実行ファイルがダウンロードされます。
なんかサイト的にはコミュニティ的な何かっぽい。
PsychologyのひとたちはNeuroImageをよく読んでいますよー、なんて話も出てるっぽいので気になるんですが読んでる場合じゃないっぽいです。
まあNeuroImageたしかによく読むけどね。
でも好みでいえばわたくしめはCerebral CortexやJCNのがすきです。
     
まあそんなくだをまいているうちに実行ファイル実行して、おきまりのパタンでインストールします。
インストール完了してMendeleyを起動すると、「プラグインとかいれようぜ」とのたもうてきます。
とりあえずなんでも使ってみたいんでいわれるがままにプラグインをぷちり。
WebImporterとかいうのはもっかいサイトに戻ってインストールせねばならんようです。
ああめどいな。

しかも
www.mendeley.com/import/
見てたら、てきとーに赤いとこ押したら怒られて、よく読んだらこの赤いバーをブックマークまでどらぁぐあんどどろっぷせなあかんらしいですよ。
なにそのめんどい方法。

でもとりあえずこれでインストールは完了。
さていじってみるか。

とりあえず、あんまし興味の度合いは高くないけどそれなりにチェックしときたい某ジャンルの論文をてきとーに数十個選んで、Mendeleyにつっこんでみる。
（ぬるっとどらぐあんどどろぷ）

・・・おお、勝手に著者やタイトルや雑誌名をひろってくれる！
・・・・・・まあ中には拾いきれてないものとかひろう場所がおかしいのもありますけど。
これってば便利？
・・・いや、このままだとせっかくのカテゴリわけが意味なくね？
というわけでみぎよこっちょのTagsというとこをつかってみよう。
ファイルを選択した上でTagに名前つけてみる。
そしたら、ひだりよこっちょのFilter by AuthorsってなってるとこひっぱったらFilter by Tagsってのがあって、それを選ぶと自分のつけたTagでふるいにかけられるようだ。
・・・・・・ををををををこれEndNoteとかよりべんりじゃね？
しかも無料だしさ。
（ぶっちゃけネット上で同期させるメリットは今のわたしにはない）
（しかしネット上で同期させる分のおかねっていったいどんくらいなんだろう）

あとTagsは「;」でつなげれば複数つけること可能。
増やしていくと混乱しそうだけど、とりあえずAll DocumentsのAdded（追加された日時）のとこをクリックしたら入れた順に並んでくれるから、いま入れたやつはこれとこれな・・・という選択ができる。
それでTagを作っていく。
ちなみに複数選択はCtrl押しながらだった。
アドビ製品だと複数選択はShift押しながらになる謎は未だに解けない。
ちょっとびっくりしたので、息抜きがてら文献整理に励んでみるかな。

ちょっと検索を試してみよう。
をを、タイトルだけじゃなくてKeywordsも検索対象になるのか。
左側のpdfマークをクリックすると、ソフト内でクリックしたpdfが開く。
むう。
なんと検索対象はアブストだけに留まらず、全文に及ぶらしい。
すげえええええ。
んでそっちのpdfビューワーは、なんか線ひいたりとかできる。
もうすきほうだいだよ！


まあ予測されてた欠点。
「画像」として読み込まれてるpdf（すげー古い時代の、紙媒体コピーして電子ファイル化したやつ）は読み込めない。
とりあえずタイトルだけでも直したいわーってときには、右側のタブのDocument Detailsを選んでいじる。

そこのタブで引用文献も見れるので、pdf読みながら引用文献確認するときにいちいち引用文献のとこまでさがらなくていいよー。
とりあえず今はがしがしつっこんでぺたぺたタブ貼ってよろこんでる段階。
ネットで同期するメリットがない今では、無料版だけつかっててもけっこうべんりかもしれない。
まあ他の使い方はおいおいみていく。
今は何よりもタブ大量に処して使い勝手よくすることが最優先だな。

2010/05/10 (Mon) ぼくせるとびちり注意。

相変わらずのぐっだぐだっぷりですがじわじわのんびりやっていきます。
てゆかSF分が足りない。あとしゅーくりーむ分も足りない。
欠乏症に苦しむと大変なのではやめになんとかしないと。

今日SF話してもよかったんですが、きになるめもを放置してたというか書き散らした紙めもが出てきたのでそれをうｐる話。
けっこーだいじな話であるはずなのに、紙めもに言語的記述が残されていないゆえにぐだぐだっぷりがひどいです。
あまりにも「これはだいじなことを聞いた」という概念的記憶に収斂しすぎているので、後日確認をとったほうがいいかもしれない。

何の話かってーと、fMRIで機能的ROIを設定するときに（まあ機能的ROIに限らずコントラストとるときはそうだろうけど）、ボクセルがびみょーにばらばらなことがある。
まあ「ばらばら＝ちがう部位」ならいいんだけど、溝がちょっと広かったり狭かったりとかだったら問題かもしれない。
ようはこういうこと。

ちなみに画像はさっき紙メモ見ながらペイント＆１分で描いたぐだぐだ絵。
もうちょっとなんとかなるんじゃないのかというツッコミ却下。
それでも視覚画像処理屋さんかというツッコミも却下。
実験するときはもちょっとまじめにやりますよなんぼなんでも。

まあネタはともかく。
きいろいところが皮質で、赤いところが活性化してる部分で、しかくがボクセルの枠（この絵だと2Dだけど）だと思って見てください。
中学生の頃いた塾の先生は、超絶な「画伯」で、意味のわからん楕円を描いては「はいこれが四国です。四国だと思ってみてください。なんでもそうだと思えばそう見えるものです」という無茶振りをやっていたなあ。
まあそういうスタンスでお願いします。

んで、左側だと溝が深くて狭くて、両岸の回が１このボクセルに入ってる。
じゃあこれは溝の活動は拾えないわけか？
あと２つの回が入ってるから、隣接する回の活動を切り分けられなかったりする？
でもレチノトピーみたいなんじゃなければまるめこんでも問題ない？？？

右側だと溝が広くて、溝にあたるボクセル部分に活動が入ってない。
あーこれ絵まちがってんのかな。
溝が活動しててもボクセルに入ってこないとかそんな話だったのかな。

・・・思った以上にぐだぐだしてまいりました。
とりあえず、何がどうだったか忘れたけど、左側の場合と右側の場合は別もんなのに、ボクセルとしてはどっちも活動する１このボクセルってみなせてしまうから気をつけろって話だったはず。
見分け方とか溝の分どうするのかとかの話を聞いたはずなんだがめもってないので空白。
なんてひどいめもだ。

そのうちもっかい話聞いてこの話改めて書き直す。
だがぐだぐだ絵を改める気はあまりない。

2010/04/27 (Tue) いまさら神経生理学の基礎をめもってみる

地味～に、祭に乗り遅れてしまったので脳トレネタ追加するのを放棄。
とはいえ追加できるネタなんて「じゃあ何を訓練して、何の課題で調べればよかったのか？」ぐらいしかない。
でもそれってあらましはもう言っちゃったしな。あとは文献探すかー、ぐらいだし。
そして文献探すのって気が乗らないとけっこーめんどい。
ということで祭気分が乗れば文献など追加します。祭が一過性だったらそれはまあそんときで。
他にべんきょうせなあかんこといっぱいあるしなあ。


きょうは生理学の基礎を新入生向けにあら～くざざっと解説する講義をちょもっと傍聴できて、しかもなんか理解した気分になれたのでそれをめもっとく。
学部んときに生理学の講義いちおうとったはずだし、神経科学の入門書もいくつか読んで、基本は知ってるつもりだったけどわかってないことをようやくわかった気がする。
「え、今更！？」と思われる向きもあるかもしれないが、きほんのおさらいはだいじだし、「わかってるつもりでわかってなかった」ことなんであえて恥をぶちまける。
まあ所詮めも書きだしぃー。

でも基礎すぎて恥ずかしいので続きんとこに隠す。