2010/09/16 (Thu) ミーハーに有名人の話を聞く。

なんかRizzolattiが来て講演したという聞き書き。
「おさるさん学会」なるものでの講演。
そいや「NeuroFly」という学会も偶然みかけたなあ。
研究してる動物で学会を組織するってのが心理屋さんにはちょっと新鮮に思えた。
NeuroFlyのほーはNeuroってつくからちょっとは理解できるかと思ったけどハエって遺伝子いじくったり伝達物質いじくったりなのでさっぱり理解できなかった。
おさるさんのほーは多様すぎてひとから話を聞くだけでもわりといっぱいいっぱい。
いかんな視野が狭い。

「ヒト」学会というのは組織できるのだろーか？
と、ふと思ったけど、心理だけでもわりとまとめきれてないので多分「ヒト」学会なんて組織したらきっと和訳ちゃになってしまうのであろー。
ヒトって領域はでかいなあ。
いやヒト以外の動物もおもしろくてでかいんだろーけど、ヒトってほら調べやすいから。

Rizzolattiは髪型的には御茶ノ水博士というかザビエルでした。
あとイタリア訛りで一気にまくしたてるから英語苦手人には難易度高い。
さらに、スライドの進行と話の進行がずれること多し。頼むから対応させてしゃべってくださいっておもった。
なので理解できた話だけつまみ書き。
正確さは保証できないのでそこを了承できないかたはスルーでお願いします。

2010/07/30 (Fri) ヒストグラまない、ヒストグラみて、ヒストグラむとき、ヒストグラめば、ヒストグラめ

エクセル上で度数分布作ってって言われたのでそのやり方を調べたら存外めんどくさかった件。
ちなみにOffice 2003での話ね。
だって2007インタフェースめんどくさいんだもの。
あと新しく購入するおかねないんだもの。

それはともかく度数分布。
これを見ながらやったんだけど、
office.microsoft.com/ja-jp/excel-help/HA001110948.aspx
出てくる「分析ツール」とかいうのは確か標準インストールに入ってないので、OfficeのインストールCDいれた状態で、「ツール」→「アドイン」→「参照」でインストールCDから“分析ツール”なるものをインストールしておこう。
そしたらツールんとこから「分析ツール」が使えるようになってます。

用意するもの
・分析ツール
・頻度を見たいデータ
・どれだけ刻みでみたいか数値にして列にしとく（必ず昇順）

何刻みか、というのは必ずしも等間隔でなくてもよいらしい。
でも昇順じゃないとだめらしい。
たとえば、０から２刻みで１０までの場合、０、２、４、６、８、１０（最高値はなくてもいいかも？）ってな巣列をつくってどっかに貼っておく。

そこで、「分析ツール」をぽっちりやると、データ分析ウィンドウが開くので、「ヒストグラム」を選択してOKだす。
ヒストグラムウィンドウで、「入力範囲」に頻度調べたいデータ、「データ区間」に何刻みか出力を選択し、出力先をてきとーな場所選択して、OKしたら頻度表とヒストグラム図がでてくるよー。
デフォルトだと図がしぬほど見づらいので適宜調整しよう。

あとちょくちょく「参照が正しくありません」というエラーをはくけど仕様です。
ちゃんとヒストグラム出ます。
・・・いやまじで。
support.microsoft.com/kb/418359/ja
・・・なおせよ。問題として認識してんなら。

注意点としては、刻み数列のとこですが、たとえば０、２、４、６、８、１０ってな数列しとくと、「０以下」「２以下」「４以下」「６以下」「８以下」「１０以下」「それより上」という階級わけをするみたいだってーこと。
「以下」で分類するのね。「以上」じゃなく。
そこをちゃんとチェックしておかないとあとでいろいろ詰む。
要注意。


めんどくさ。

2010/07/25 (Sun) ねこにできなかったfMRI解析～逆襲のAAL編

かねてより逆襲を宣言しておりましたAALで。
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/231/
に書きましたように、なんかラベルを参照するファイルが読み込めないエラーで使えなかったのですが。

AALを教えてくれたひとに解決方法を聞いたら、あっさり解決しやがりました。
…なんと、ドライブ直下に参照フォルダを置かないと認識しないとか。
なんでー！！？？？

そのへんの機微はよくわかりませんが、とりあえずパスを通したフォルダを移動させるとめんどいので、コピーしたフォルダをCドライブ直下に置いて、参照するときだけそこを使うようにしました。
そしたらSPM上でさくさくラベリングしやがんのー。

SPMの画面上で、ざっと座標とかラベルとかが表示されるので、SPMのResultsを見ながら考えたりはできませぬ。
別にメモをとるなどして対処しよう。
AALも、名前のついてる部位で一番近いやつは何ミリ離れてるかを出してくれるよー。
ただちょっとラベルの省略形にクセがあるので、ちょっと解読が必要そう。
TarailachClientとAAL併用して、どっちもおなじラベル貼ってたらそのラベルはそれなり確からしいんじゃないかと。
ラベリングにゆれがあった場合…どっちをとるかはまあケースバイケースで。
んでもって、論文はどっちに基づいて書くかもケースバイケースで。


今んとこ、あんまし重要視してない条件のコントラストで、該当部位がない（のうみその外側ですよって言われる）クラスタがあるんですけど、こーゆーのってどう扱ったらいいのんかいねー。
これもちょっと誰かに聞いてみよう。

2010/07/23 (Fri) ねこにできないｆMRI解析～さくさくラベリングに失敗するはなし

さて。
MRI解析でコントラストを出したよーってのが「ねこでもできるfMRI解析その１０」だったわけですが。

コントラスト出したら、出てきた部位が解剖学的になんて呼ばれるところかってのが気になりますよね！
ちうかそれわからんと論文になりませんよね！
でもこれいちいち解剖の本くびっぴきなるんめんどくさいなあ…

ということで、SPM上で使えるツールを教えてもらいました。
…ROIのときにもそれ使えば楽だったんじゃね？というツッコミは今更なので却下。

ツールのなまえは、Anatomical Automatic Labeling、略してAALだそーな。
さーやってみよー。

というわけで、まず↓からダウンロードします。
www.cyceron.fr/web/aal__anatomical_automatic_labeling.html
SPMのバージョンごとに（99・2・5・8に対応）圧縮ファイルがおいてあるようなので、自分の使うものにあってるのをダウンロード。
わたしは5なのでそいつを。

ダウンロードして解凍してでてきたフォルダを、MATLABのプログラムファイルはいってるとことかに置く。
んでもってファイル→パス設定でさっきのaalというフォルダを設定してやる。
それができたら、aalとうちこむ。

すると
「Local Maxima Labeling」
「Extended Local Maxima Labeling」
「Cluster Labeling」
「Quit」
とゆー４つのぼたんがならんだ画面が出てきます。

「Local Maxima Labeling」だと、Local Maximaがどーゆー部位かおしえてくれるわけですな。
ぽちっと押してみると、コントラストだしたSPM.matを選ばされます。
それ選んで、いつものよーにマスクするかとか閾値どうするかとかをてけてけ決めます。
そのあと、Select an labelised atlasというウィンドウが出るので、aalフォルダのなかに入っているROI_MNI_V4.niiというのを選べばできる、はず。

んが、なぜか「ファイル C:\Program が見つかりません: ファイル、またはディレクトリは存在しません」というエラーをはいて止まる。
aalのウィンドウ自体は開けてるんだしパスも通ってるはずなんだけど。
何がひっかかっているのか不明。
バージョンもあってるし。
置く場所がわるいのかと思っていろいろ場所かえてパス通しなおしてもおなじエラーはきよる。
パス名の中にスペースはいってたらまずいとかか？
いやそもそもそれだったらパス通すのも無理くないか？

謎。
まったくもって謎。
しいて言うなら、「SPM2のバージョンではUNIXでしか動作保証しないよ」って書いてあるからそもそもウィンドウズ向けじゃないとか？
いやでもわたしにこれ教えてくれたひとはウィンドウズ上でさくさく使ってたぞ。
いったい何が違うんだ。

解決方法もぐぐった程度では見つからないし元サイトでもFAQとかないっぽいので、とりあえず今日はあきらむ。
なんか解決策が見つかったらうｐります。

2010/07/22 (Thu) ねこでもできるfMRI解析その１０の追記

集団解析のやりかたは、こないだ（azcog.blog.shinobi.jp/Entry/228/）のやりかたであってたみたい。

ただちょっとよくわからんことがある。
被験者間でセッション数が違う場合regressorを修正せなあかんのかもしれん？
wiki.livedoor.jp/weidows95/d/%c8%ef%b8%b3%bc%d4%b4%d6%a4%c7%a5%bb%a5%c3%a5%b7%a5%e7%a5%f3%bf%f4%a4%ac%b0%e3%a4%a6%be%ec%b9%e7%a4%ce%a5%b0%a5%eb%a1%bc%a5%d7%b2%f2%c0%cf
元の話を読んでもいまいちよくわからん。
www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa.exe

とりあえず解析に詳しい先輩に聞いてみたら、私の場合、含むtrialの数は違ってもセッション数は変わらないからこれにはあてはまらないんじゃないの？みたいなことを言われた。
それであってるのかどうかわからないがとりあえずよしとしてみる。
もしだめそうだったら、これみてやりなおそう。