2011/01/12 (Wed) Rでｔ検定は遠回りしなくていいとおもう

昔のデータを掘り返してて、その当時Rでｔ検定するやりかたがわからんくて、ネットで検索したら上位に出る某先生のコードを使ってたこと思い出した。
んが、Rの勉強会のノート読み返したら、ちゃんと関数あるんだよねー。
それぞれ変数つくって（仮にxとyとする）データいれて、

x <- (データ１, データ２, ...)  #こうやってデータいれるのがきほんのかたち
y <- (データ１, データ２, ...)
t.test(x, y)

ってすればいいだけ。
まあもちろん自分でちゃんと関数作るほうが勉強になるわけですけど。

対応のある場合は

t.test(x, y, paired =T)

ってすればいいだけ。

差分の検定がしたかったら（例えばチャンスレベルが0.25で、有意にチャンスレベルよりもパフォーマンスが高いかを見たいとか）、差分をしまう変数をつくって（例えばdとする）

d <- x - 0.25
t.test(d)

でいい。


いちいち自前で関数作るのは統計の勉強にはいいけど、忙しいときにはプリセットの関数つかいたいよねー。
だからこれでいいと思う。
少なくともエクセルのｔ検定よかだいぶまし。

なんだRそこまで怖くないかも。

2011/01/11 (Tue) FFAのふしぎ。

FFAのはたらきはたいてい顔知覚に関して語られるのだけども、顔記憶のほーはどないやったかなーまとめ。
まあ知覚のほうでも議論はまだ収斂してないのですけども。
わたしの関心がどっちかってーと知覚よりも記憶よりなので。

とりあえずvikingさんとこで解説されてたの貼る。
viking-neurosci.sakura.ne.jp/blog-wp/
すごいざっくりした言い方をしてしまうと、この論文では「顔が記憶されてたら、最初みたときと何回も見たときでFFAの活動パターンが似る」ということか。
乱暴に言うと「記憶されてる＝FFAの活動パターンがおなじ」という考え方。

じゃあ今までの研究ではどのように言われていたのか？
とりあえずそれっぽいの拾ってみる。

例１）Prince, Nancy & Cabeza, 2009 Neuropsychologia
Encoding and retrieving faces and places: Distinguishing process and stimulus-specific differences in brain activity　
顔画像のエピソード記憶
右FFA活動は符号化時も検索時もおぼえてた試行＞わすれた試行
左FFAでは符号化のときだけおぼえてた試行＞わすれた試行
ちなみに風景画像のエピソード記憶もやってて
左PPAは符号化時も検索時も覚えてた試行＞わすれた試行
右PPAは符号化時のみおぼえてた試行＞わすれた試行
刺激の種類によらずおぼえてた試行＞わすれた試行となるのは海馬らへんとか前頭のほうとか。

例２）Druzgal & D'Esposito, 2003　JCN
Dissecting Contributions of Prefrontal Cortex and Fusiform Face Area to Face Working Memory
顔画像の遅延見本あわせ
符号化時と再認時＋５～６秒のところにFFAのBOLD信号ピークがくる（だってBOLD信号だし）
課題負荷が高いほどFFAの活動も高い

例３）Bunzeck, Schütze & Düzel 2006 Neuropsychologia
Category-specific organization of prefrontal response-facilitation during priming
顔画像・風景画像繰り返し提示
FFAの活動は同じ顔画像が出る＜新しい画像が出る
んでそれがInferior frontal gyrus（BA44）やMiddle frontal gyrus（BA8）と相関あるとか。


てけとーに３つ出したけどだいたいこのパタンに落ち着くんじゃなかろか。
つまり
１）長期記憶課題で覚えてる試行のFFA活動高い
２）短期記憶課題で覚えてる試行のFFA活動高い
３）同じものが知覚されるとFFA活動下がる（これを利用したのがadaptation）

問題は２）と３）の違いだけど（「同じものが知覚される」といっても経時的に提示するわけだからこれも短期記憶といえる）、これに言及してるよーな論文ってあるかなあ。
あんましないよーな気もする。

ざっと論文見た所感では、２）と３）の違いは遅延というか保持期間にあるような気がする。
２）は数秒～十数秒オーダーの遅延で、３）は数百ミリ～数秒オーダーの遅延ではないかと。
３）をばっさり「感覚記憶」としてしまえば話は早いと思うが、それにしてはちょと遅延期間長いような。そもそも感覚記憶をBOLD信号で見ようと思ったら手法を工夫しないとだめなんじゃないか。まあadaptationがその工夫のひとつなんだろけど。
何秒遅延したら２）になるのか、その境目はよくわからない。
すんげーいっぱい実験したらつかめてくるんだろうけど、労力のわりに実入りの少ない実験だしなあ。
もしくはFFA出してきてるMRI論文いっぱい集めて遅延期間についてメタアナリシスるか。

最初の「記憶されてるものは活動似てくる」というのと、１）・２）の「活動あがる」というのに対応があるのかどうかも謎。
むしろ、「活動似てくる」のは、単に%SCとかだけ見たら記憶した試行とそうでない試行に差がなさげに見えて、でもパターンで見ると違ってくるんだよ、っておはなしじゃないのか？
いやでも、パターンが似てて%SCとかに差が出るということもありうる。

と、ゆーことは、だ。
FFAで何が起こっているのかをきちんと考えるためには、「同じ顔が知覚（感覚記憶？）されると活動さがる」と「記憶した顔の再認で活動あがる」と「記憶された顔は活動パターン似てくる」とを包括的に説明できるりくつをこしらえなければならん。
これはFFAが顔記憶・顔知覚で（あるいは顔に限らないで）実際何をしているか、という問題に結びつく。はず。

あれこれけっこーまともに研究アイディアじゃね？
問題は何したらいいのかがわからんこととまだりくつがさっぱりこしらえられてないことか。
まあでもこんなことぐらい誰かがもうやってるよーな気もするけど。
実際のとこどうなんだろー。
ちょっとこれは未来の宿題。

2011/01/10 (Mon) はやめでみじかいろんぶん大集合。

年末にShort Report投稿しようず、という流れになった。
んが、うちのぼすから提案された雑誌が自分の好きなところではなかった（笑）のと、まあまだ粘る余地はあるだろうということでちょっとShort Reportある雑誌のIFとImmediacy Index比較してみるの巻。
IFとImmediacy IndexはWeb of Scienceの2009年データに基づいてるんだが、これってネット上にあげたらまずかったりするだろーかー。
やばそうなら即削除で。
あとこっちのぎょーかいにならって小数点以下第2位で。
それと、将来すげーすばらしいネタを得たけどちょー早く出したくなったときのために、あえてのHigh IFもつけとく。
そんな最初っからええとこ出せるようだったら苦労しないわー。
でも将来ええとこ狙いたいよねー。

雑誌名	IF	II	該当タイプ	語or文字数	めも
Neuron	13.26	2.92	Report	35,000文字以下	図は４以下
J Neurosci	7.18	1.07	Brief Communication	4,500語以下	図表は４以下
Neurppsychologia	4.35	0.63	Brief Communications	3500語以下（アブスト・引用・図説明込み）	図表は４以下、引用は30以下
Learning & Memory	4.08	0.77	Brief Communications	2500語以下（アブスト・引用・図説明含まず）	アブストは100語以下、図は３以下
Cortex	4.06	1.56	Letters	1000語以下	図表１つ、引用15以下、アブストなし
Hippocampus	3.91	0.91	Rapid Communications	本文1200語以下　図説明いれて2000語以下（引用含まず）	引用30以下、最初にアブスト兼ねたイントロ200語以下で
Behav Brain Res	3.22	0.68	Short communications	不明	セクション分けしない
Neurosci Lett	1.93	0.32	Research Papers	5000語以下	図表は3以下
Neuroreport	1.81	0.38	Research Papers	19,500文字以下（スペース含む、図説明含む）	引用は25以下

と、ざっとこんなかんじ。
ちょっとかんちがいしてるとこもあるかもしらんし、他にもみじかくてはやいろんぶんに対応している論文誌はあるかもしれない。
ので、これは新たな情報を得次第追記しようと思う。

某ちょーゆーめいな雑誌２つを省いたのはわざとです。
あれは・・・まあ、別物ですし。

2011/01/07 (Fri) エクセルでできる異なるサンプルの相関の差の検定のしかた、の巻。

年明け早々人生後ろ向き週間で申し訳ない限りですが、それでも最低限の仕事ラインはあるので最低限の仕事しかしない自分マジ最低。
という自虐はおいといて、年明け早々の仕事で、相関の差の検定をせねばならんかったのですが、以前つかったRソースコードは、同じサンプルからとったデータの相関の差を検定するものだったので、異なるサンプルからとったデータの相関についてのものじゃなかった。
てけとーにぐぐったら、式がぱぱっと出たしそんなに複雑な話じゃなかったので、めんどくさくなってエクセルでてけとーに計算した。
あとあと使いまわせるようにRコードにおとしたらいいんだろうけど、今コード書く気力がないのでそういうのは未来の自分か他人にぶんなげる。

まあそのへんの事情はどうでもいいですね。
とりあえずエクセルでやった手順。
ちなみに参考にしたのはここwww.koka.ac.jp/morigiwa/sjs/correlation_difference.htm

１）＝CORRELで相関出す
（差を検定したい２つの相関を、相関A、相関Bと呼ぶことにする）
２）出してきた相関をフィッシャーのZ変換
＝LN((1+相関の値)/(1-相関の値))/2
でいいはず。
３）標準正規分布を仮定した検定式にあてはめる
＝(相関AのZ変換した値-相関BのZ変換した値)/SQRT((1/(相関Aのサンプルサイズ-3))+(1/(相関Bのサンプルサイズ-3)))
４）ｐ値計算
＝1-NORMSDIST(ABS(さっきの式の値)
（これは片側検定なので、ふつーの両側検定にしたい場合は2倍するヨロシ）

だいたいこんなかんじ。
あってるかどうかそんなに自信ない（まあでも自分ではだいじょーぶじゃね？くらいには思ってるが）ので、検索とかでたどり着いたひとがいても使用は自己責任でおねげえいたしますだ。


しかし、この程度しかできん自分が「統計に詳しい」と言われてしまうあたり本当にこの環境は「文系」なんだなあ。
もっと工学的数学がさくさくつかえるひとになりてえなあ。

2010/12/18 (Sat) クリスマスと英文用めも

ややもっさりした内容。


今日から海の向こうはクリスマス休暇らしいよ。
ということはあれもこれもそれも向こうではストップしてるってーわけだ。
その間に煮詰めねばならぬものをふつふつと炊いていこう。
データを眺め文献を眺め、むうむう唸りながら街を歩こう。
なんでかしらんが、これだ！と思うアイディアは机の前にはなかなか出てきてくれない。
ぼんやりと電車に揺られているとき、へくへく道を歩いているとき、わしゃわしゃ頭を洗っているときなんぞに、こっちの都合おかまいなしに「やあ」とやってきやがる。
空気読めよアイディア。
あ、やっぱ読まなくていいから早めにこっち来てくださいアイディア。

せっかくクリスマスシーズンなのだし、てけとーに文献あさったら、へくへくクリスマスの街を歩こう。
クリスマスの飾りは好きだ。
キリスト教徒でもないのに。
ああでも、幼稚園のとき英語を習いにいってたフィンランド人のおうちを思い出すのかな。
英語とキリスト教をセットで教わってたなあ。
キリスト教説話カードだけは異様に楽しみだった。
クリスマスパーティーのときは説話カードがパワーアップしてたよーな記憶がうっすら。
虚偽記憶かもしれん。
まあそれはともかく、わたしにとってクリスマスというのは、幼少期の記憶の何かと結びついているのだよ。

宗教といえば、英語圏では「無宗教」ではすわりが悪いので、わたし自身はShintoist（？）ということにしようと思ってる。
仏教よりマイナーだろうけども、お寺ではなく神社の境内で遊んで育ったクチなので、ほとけさまよりかみさまに親しみがあるんだよなあ。
結局文化って自分の育った環境へのノスタルジーなんだよな。


本題はそっちじゃなくて。
クリスマス休暇に入ったので、論文用のめもをなくさないように（というよりもなくしても困らないように）こっちに書いておこうと思っていたのであった。
今回の単語の扱い。
実際に文法的にどのくらい正しいのかはわからん。今回の校正あんまあてにならんかんじだったし。
とりあえず自分の中で統一しとこう。

・retrieval：ofついて修飾なければtheなし、あればtheあり
・performance：theなし、ただし条件で限定する場合はtheあり
・binding：theなし
・disturbance, facilitation：theなし
・phase：at
・task：on
・condition：under

たぶん抽象的な心的現象って不可算扱いになってる？
わからん。

前置詞については、わたしはinを過信しすぎる傾向があるので（個人的に）注意。
なんでもかでも「範囲」で捉えてくれるわけじゃない。
まあ保証はできないけど。

このへんについてはクリスマス休暇あけてからまた考えることもあるだろう。
たぶん。