2010/12/17 (Fri) 続・ねこあたまの知ったかMRI結果表示＠SPM

そういえば街中はクリスマスってるのに自分は何もしていないことに気づいた。
ので、テンプレだけちょっとクリスマスってみた。
どうでもいいけどここのブログ、キャッシュクリアせんとテンプレの変更反映されないのな。
そんなまめちしきよりも、もっと役立つまめちしきを手に入れよう！
というわけで、知ったかMRI結果表示あどばんすと。

前回↓
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/156/
個人脳にROIのっけしてた。

今回したいこと：標準脳にコントラストの結果のっけしたい。
コントラストとるのはうちの研究室のみんなやってるから、単純に研究室のひとに聞いた。

SPMでResultsやって、コントラスト出す
↓
overlaysからsections選ぶ
↓
SPMダウンロードしたとこのフォルダの中に、canonicalというフォルダがあって、その中のsingle_subj_T1.niiを選ぶ

そしたら標準脳にコントラストのっけしたやつが出てくる。
３方向の断面で示されます。
しかし十字がじゃまだなあ。

もしくは、
コントラスト出す
↓
overlaysでrender選ぶ
↓
SPMダウンロードしたとこのフォルダの中のrendフォルダから、render_single_subj.matとか選ぶ
↓
StyleとかBrighten blobsとかWhich colors?とかてきとーにする

と、3D脳にコントラストのっけしたやつが出てくる。
初期のMRI論文にのってたよーな図。
最近こういう図見なくなったような気がするけどなんでだろー。
中（内側）見れないからかな？

とりあえず、ファイル→別名で保存にして、拡張子を.epsとか.aiとかにしとけばあとで図をイラレでいじれる。
じゃまな十字はイラレ上で消した。


もちょっとなんかうまいことやりたいので、MRIcroNでやってみよー。
しかしやりかたがよくわからんな。
あってるかどうかわからんけど今のやりかためもっとく。

まずMRIcroNのFile→Openからさっきのcanonicalフォルダの中のsingle_subj_T1.niiを選ぶ
↓
Draw→Open VOIでファイルひらく画面になる
↓
NIfTI/Analyze Header (拡張子が.hdrか.niiのやつ)を選んでcon_001.hdr選ぶ
↓
するとそれっぽいのが出る
↓
チェック模様のボタンをクリックすると十字消える
↓
絵として保存したいときはSave as bitmapでてきとーな名前つけて保存する

んが、これ合ってるのかどうかわからん。
SPM上で見たやつよりなんか統計値がゆるいのか？
SPMで見たコントラストの部位は含まれてると思うがそこで出なかった部位も赤くなっとる。
これにさらにMaskとかかけなあかんのかな？

てきとーにぐぐってもMRIcroNでコントラストのっけする方法が出てこない。
てゆーかOverlayでいけるかと思ったんだがそれだとなんか真っ赤になる。
なんかよくわからん・・・

とりあえず、画像はSPMのほうで間に合わせるしかないかー。
なんというぐだぐだっぷり・・・

2010/12/08 (Wed) 完全にかっこいいカバーレター

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　　　　＜○√
　　　　　∥　
　　　　 くく
しまった！ここは糞めもだ！
オレが止めているうちにhttp://azcog.blog.shinobi.jp/Entry/502/へ逃げろ！
早く！早く！オレに構わず逃げろ！

ということで、「カバーレター」で検索してここに来たひとは、改定版（新しいめも）のご利用をお勧めします。
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿

以前カメラかばんについて検索していたときに、「完全にかっこいいカメラバッグ」という言い回しを見かけて、なんとなくそのフレーズが気に入っている。
どんな点から考えても「完全にかっこいい」、まさに完璧なかばんはないものか、と「カメラバッグ沼」の底で考えているひとたちがいるわけですよ。
まあそんなものがありえるわけはないのだけども、それでも「完全にかっこいい」かばんを求めてしまうのですね。
「現実に存在するはずもない完璧な理想のもの」を意味するという文脈で「完全にかっこいい」とつけると、なんかちょっとにやにやした気分になる。

んで、論文投稿する際に作るカバーレターを書いてたんだけど、「完全にかっこいい」カバーレターを求める気持ちがふつふつと湧いてきた。
でもそんなこと言ってたらいつまでたっても投稿できないので、さっき終わらせた。
とはいえ、これをたたき台にして次の論文を投稿するときに改善を加えていけば、「完全にかっこいい」カバーレターに近づくんじゃなかろーか。
え？前回のカバーレター？
あれはくろやぎさんが食べたよ。


と、いうわけで、カバーレターテンプレを作ろうとしたんだけど、よく考えたらAPAマニュアル写してる部分とかあるんだよなー。
そこを書いちゃうとまずい気がするので、だいたいの流れをテンプレにしよう。

そもそもAPAマニュアルのカバーレター例が「完全にかっこいい」ものなら苦労しなくてすんだのに。
カバーレターとか見たことも食べたこともなかった前回とか本当に苦労した、というか前回はそもそもカバーレターの存在すら知らなかったから途中で大慌てした。
APAのを元に、
www.thinkscience.co.jp/pdf/Ten_tips_for_writing_an_effective_cover_letter_Japanese.pdf
なんかを参考にして（↑pdf注意）、心理学論文における「完全にかっこいい」カバーレターをめざす。

2010/11/23 (Tue) 最近の解析ってどーなん？のはなし。

いつまでもべそべそしているのはめんどくさい＆１回べそべそしたら割とそれで気が済むので、どうしたらいいか考えた。
生身の人を頼れないなら文献を頼ればいいジャマイカ。
ということで、自分が読むよーな神経科学メジャー雑誌のCurrent issueから５本まで遡ったうちのMRI研究がどういう解析で載ってるのか数えてみた。
数えるっていうかだらっと書き出してみた。
長くなったのでしまう。

2010/11/19 (Fri) あほねこがMRI原理を勉強するようです～その３ BOLD信号って何じゃいなー

某所では某ファイヤーが例年通りのようですが、今更感＆やることいっぱいあるので華麗にスルー。

なんやかやといってちょっとひといきつけるので、基礎のおべんきょうをちょみっとすすめよう。
ここにきてようやく生物っぽい話、BOLD信号についてだぜー。

今回の話は、ひとからもらった資料やら
psychology.uwo.ca/fmri4newbies/Tutorials.html
の2Bやら
www.fil.ion.ucl.ac.uk/~mgray/
のBiological Basis of BOLDやらを参照しながらめもります。

長くなるのでしまいます。

2010/11/16 (Tue) バックアップはじめて・・・みた？

今更ながらちょっとバックアップものに手を出してみる。
とりあえずSugarSyncというやつに興味をひかれたのでそいつをおとしてきてみる。
いわゆる「オンラインストレージ」もの。
無料でも5GBまでつかえる。
有料だと30・60・100・250GBがあるようす。
誰かSugarSyncを紹介してるひとのとこからおとすと双方少しずつ容量が増えるらしい。
のでわたしも紹介リンクを貼っておこう。
もしSugarSyncつかってみよーと思うひとがいたらこちらからどぞー。
www.sugarsync.com/referral

ダウンロード方法はいたってシンプルだが、注意点っぽいことを挙げておく。
＊プロキシ自動検出にしておく
＊簡易セットアップでは「デスクトップ」「My Documents」「My Pictures」「My Musics」のフォルダが選べる（逆にいうとそれしか選べない）
＊詳細なセットアップを選択しておくと、他のフォルダを選べるからこっちのほうがいい
＊Cドライブからあまり下層に行かないところにバックアップ用のフォルダをつくっておくと便利

で、フォルダ選んだらじじじっとその中身をオンラインストレージにうｐしてバックアップとってくれるようだ。
オンラインストレージそのものをつかうのがはじめてなので、実験データとかうｐってだいじょうぶなのかちとわからん。
ので今回は実験データのフォルダは避けて、膨大にためこんだ論文のはいった文献フォルダつっこんでみた。
最初は時間かかるから待ってるのがめんどくさいが、ちゃくちゃくっとフォルダごとバックアップとれるのは便利でいいねー。
使い勝手自体はよさそう。

・・・今気づいたけど、文献に限定するならMendeleyの同期でいいじゃねーか。
いーみーねーえー。

書類なんぞのバックアップとか、時期を見て検討したいと思います。
いやまあ、わたしなんぞの研究関連のデータじたいは価値なんてどーってこたぁないんですが、ヒト相手に実験する以上、ヒトのデータが流出したらまずいものねー。
やはり古き佳き時代からのオフラインのバックアップが一番か？

まあ他人を巻き込まない書類のバックアップならありか？
ヒト対象の研究者ってバックアップどうしてるんでしょーね。
やっぱめんどくさがらずにオフラインが堅実かなあ。