めもめも ...〆(。_。)
認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。
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どうでもいいけど統計的検定の「書き方」について検索してこのめもぶろぐにいらっさるお方がこの1、2ヶ月でちょこちょこいる。
ぶっちゃけ今の時期に「書き方」程度のことを検索してるってのはよっぽど追い詰められてると思うよ！
うちでは卒論発表会は来週だよ！
ネットで検索するのもいいけどちゃんと論文読みなさいよ。日本語でいいから。
もしくは素直に先輩方に聞きなさいって。
まあここに書いたところでそんな統計難民たちが読むとも思えないけれど。
もっと統計についていろいろ書いたほうが「人気ブログ」とやらになるのかなあ、と思ったけどそもそも人気ブログをめざしてないからどうでもいいことに気づいた。
ということでいつもどおり勝手にだらだらめも書きです。
さてさて。
今日はMarsBarをつかうよー。
MarsBarというのは、ROI解析をするのにべんりなツールだよー。
油断してるとすぐへんなミスしたりしてエラーはくからだんだんSPMめんどくさくなってきたよー。
でもMRIってそもそもがしちめんどくさいからしょうがないよー。
本実験のほうはevent-relatedだから、durationを0にして、各条件のオンセットをめんどくさくなりながら書き出して、前回までの処理を施しておいたよー。
いよいよこれにROIをあてはめたりしていくよー。
ぶっちゃけ今の時期に「書き方」程度のことを検索してるってのはよっぽど追い詰められてると思うよ！
うちでは卒論発表会は来週だよ！
ネットで検索するのもいいけどちゃんと論文読みなさいよ。日本語でいいから。
もしくは素直に先輩方に聞きなさいって。
まあここに書いたところでそんな統計難民たちが読むとも思えないけれど。
もっと統計についていろいろ書いたほうが「人気ブログ」とやらになるのかなあ、と思ったけどそもそも人気ブログをめざしてないからどうでもいいことに気づいた。
ということでいつもどおり勝手にだらだらめも書きです。
さてさて。
今日はMarsBarをつかうよー。
MarsBarというのは、ROI解析をするのにべんりなツールだよー。
油断してるとすぐへんなミスしたりしてエラーはくからだんだんSPMめんどくさくなってきたよー。
でもMRIってそもそもがしちめんどくさいからしょうがないよー。
本実験のほうはevent-relatedだから、durationを0にして、各条件のオンセットをめんどくさくなりながら書き出して、前回までの処理を施しておいたよー。
いよいよこれにROIをあてはめたりしていくよー。
リンクにはってるペンギンウェブカメラで、今は野生のペンギンのひなが見られるよ！
うっかりしてたらもうだいぶ大きくなってるよ！
それでも大人に比べると若干黒がうすい＆からだがちいさいのですぐにわかるよ！
コウテイペンギンのひなの愛らしさは異常。
あれは･･･うん、わざとやってるに違いない。
なんであんなうすいはいいろでもっふもっふしてるのか。狙いすぎ。かわいすぎ。
一方オオサマペンギンのひなはどべちゃっとした茶色でそんなにかわいくない。
大人になったらコウテイよりもあざやかな襟の色で美しいのに。
てゆか大人の見た目が似ている２種でこんなにひなの見た目が違うのがふしぎ。
ペンギンウェブカメラにうつっているのは、ミナミジェンツーペンギンですね。
目のとこにしろいラインがはいっているのが特徴。
旭山動物園で見たジェンツーペンギンは、運動量激しく泳ぎ回ってる子もいればお客さんに愛想ふりまいてる子もいればすみっこでぼけっとしてる子もいて個体差がおもしろかったなあ。
中型クラスのペンギンはなつっこくて運動量多めなのが魅力ですね。
つかれてきたらぺんぎんを眺めるのも一興。
とりあえずろんぶんめも。
J Neurophysiol. 2009
Predictive Activity in Macaque Frontal Eye Field Neurons During Natural Scene Searching.
Phillips AN, Segraves MA.
Neuroimage. 2009
fMRI-adaptation evidence of overlapping neural representations for objects related in function or manipulation.
Yee E, Drucker DM, Thompson-Schill SL.
年末にさぼっていた論文チェックのツケがまだある。
折を見て消化していかないと。
うっかりしてたらもうだいぶ大きくなってるよ！
それでも大人に比べると若干黒がうすい＆からだがちいさいのですぐにわかるよ！
コウテイペンギンのひなの愛らしさは異常。
あれは･･･うん、わざとやってるに違いない。
なんであんなうすいはいいろでもっふもっふしてるのか。狙いすぎ。かわいすぎ。
一方オオサマペンギンのひなはどべちゃっとした茶色でそんなにかわいくない。
大人になったらコウテイよりもあざやかな襟の色で美しいのに。
てゆか大人の見た目が似ている２種でこんなにひなの見た目が違うのがふしぎ。
ペンギンウェブカメラにうつっているのは、ミナミジェンツーペンギンですね。
目のとこにしろいラインがはいっているのが特徴。
旭山動物園で見たジェンツーペンギンは、運動量激しく泳ぎ回ってる子もいればお客さんに愛想ふりまいてる子もいればすみっこでぼけっとしてる子もいて個体差がおもしろかったなあ。
中型クラスのペンギンはなつっこくて運動量多めなのが魅力ですね。
つかれてきたらぺんぎんを眺めるのも一興。
とりあえずろんぶんめも。
J Neurophysiol. 2009
Predictive Activity in Macaque Frontal Eye Field Neurons During Natural Scene Searching.
Phillips AN, Segraves MA.
Neuroimage. 2009
fMRI-adaptation evidence of overlapping neural representations for objects related in function or manipulation.
Yee E, Drucker DM, Thompson-Schill SL.
年末にさぼっていた論文チェックのツケがまだある。
折を見て消化していかないと。
にちようびだし学内は受験生がうろうろしてるしで今日は解析をさぼった。
さぼってる場合じゃないのは重々承知の上ですけどね。
まあ行動のほうの分析を先にやらねばならんのでそこらへんで勘弁してほしいところ（誰にだ）。
ところでふと気になったことがあったので調べてみたら泥沼にわからなかった。
MRIに入ってもらうとき、金属を含むものをよけるのはもはや常識ですよね。
んでも、その「よけるもの」の基準がなんかまちまちなんですよねー。
某所ではジーンズのファスナー程度ならOKだけど別の某所ではアウト、とか。
コンタクトレンズに関してはおふれがまわってきたのでたぶんどこでもアウトなんですが、昔はカラーコンタクトだけがアウトでふつーのコンタクトはOKだったんですよねー。
基準もいろいろ変わってくるわけです。
で、その基準が変わる根拠になるのが、「アメリカで事故の例があったから」という話。
じゃあソースはあるのか、とちょっくら検索してみたら、聞いたような話にはなかなかたどり着けない。
MRIで事故っていうと、たいがい車椅子やらボンベやらがどかーんとMRI装置の磁石に吸い寄せられてしまう話がでてくる。
インパクトも危険性も半端ないもんねえ。
こんなサイトもあったりするし。
simplyphysics.com/flying_objects.html
不謹慎ながら馬に吹いた。
どういう状況でMRIの部屋に馬をつれてくるのか…
ざっくり調べた中で事故報告っぽいものをあげていくと、
www.fda.gov/MedicalDevices/Safety/MedSunMedicalProductSafetyNetwork/ucm127686.htm
でMRIの報告例を検索してくとそこそこの数がでた。
ここで出てくるのはやけど程度の例がほとんど。
装置の壁をさわってやけどする話多いのね。
あとニコチンパッチもやけどするっぽい。
あと↓の報告を読むと、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Jun6%282%29/Pages/56.aspx
危険を報告されている
ちうかつめきりとかはさみとかナイフとかそもそも検査室に持ち込むなよっていう。
指輪はケアレスミスだと思う。
サンドバッグとかそもそもそんなもので実験するなよってつっこみたい。
おなじとこがだしてる報告もいっこあって、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Mar6%281%29/Pages/20.aspx
Orbit metalってのがよくわからんけどコンタクトに該当するのだろうか？？？
金属含むセーターってのはわたしたちも気をつけなあかんですね。
ラメ入りの服ってまだまだ流行ってるものな。
タトゥーについても言及されとりますな。
タトゥーに関しては、日本語で検索かけたときにもちらちらヒットして、
（detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1326369418とか）
実際にやってみたってひとのブログも見かけたり。
gustoko.exblog.jp/11401933/
ただまあ使うインクにもよるそうな。
そのへんは詳しくないのとfMRI実験する程度ではタトゥーいれてるひとにあわないので、特に詳細を調べるつもりはなし。
んでさっきのペンシルベニアのとこに、MRI事前チェックリストがあったのでそれも貼っておく。
www.patientsafetyauthority.org/EducationalTools/PatientSafetyTools/mr/Pages/screening_form.aspx
…あれヅラもだめなのか…
でも検査前にいきなりヅラとられたら不謹慎にも吹いてしまいかねない・・・
いやいかんいかんよそういうネタは。
日本のチェックリストといろいろちがうなあ。
しかしわたしの疑問は解決せず。
ちょっと女性のおはなしになるので、そーゆーのききたくないひとは続きをひらかないでね。
さぼってる場合じゃないのは重々承知の上ですけどね。
まあ行動のほうの分析を先にやらねばならんのでそこらへんで勘弁してほしいところ（誰にだ）。
ところでふと気になったことがあったので調べてみたら泥沼にわからなかった。
MRIに入ってもらうとき、金属を含むものをよけるのはもはや常識ですよね。
んでも、その「よけるもの」の基準がなんかまちまちなんですよねー。
某所ではジーンズのファスナー程度ならOKだけど別の某所ではアウト、とか。
コンタクトレンズに関してはおふれがまわってきたのでたぶんどこでもアウトなんですが、昔はカラーコンタクトだけがアウトでふつーのコンタクトはOKだったんですよねー。
基準もいろいろ変わってくるわけです。
で、その基準が変わる根拠になるのが、「アメリカで事故の例があったから」という話。
じゃあソースはあるのか、とちょっくら検索してみたら、聞いたような話にはなかなかたどり着けない。
MRIで事故っていうと、たいがい車椅子やらボンベやらがどかーんとMRI装置の磁石に吸い寄せられてしまう話がでてくる。
インパクトも危険性も半端ないもんねえ。
こんなサイトもあったりするし。
simplyphysics.com/flying_objects.html
不謹慎ながら馬に吹いた。
どういう状況でMRIの部屋に馬をつれてくるのか…
ざっくり調べた中で事故報告っぽいものをあげていくと、
www.fda.gov/MedicalDevices/Safety/MedSunMedicalProductSafetyNetwork/ucm127686.htm
でMRIの報告例を検索してくとそこそこの数がでた。
ここで出てくるのはやけど程度の例がほとんど。
装置の壁をさわってやけどする話多いのね。
あとニコチンパッチもやけどするっぽい。
あと↓の報告を読むと、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Jun6%282%29/Pages/56.aspx
危険を報告されている
ちうかつめきりとかはさみとかナイフとかそもそも検査室に持ち込むなよっていう。
指輪はケアレスミスだと思う。
サンドバッグとかそもそもそんなもので実験するなよってつっこみたい。
おなじとこがだしてる報告もいっこあって、
www.patientsafetyauthority.org/ADVISORIES/AdvisoryLibrary/2009/Mar6%281%29/Pages/20.aspx
Orbit metalってのがよくわからんけどコンタクトに該当するのだろうか？？？
金属含むセーターってのはわたしたちも気をつけなあかんですね。
ラメ入りの服ってまだまだ流行ってるものな。
タトゥーについても言及されとりますな。
タトゥーに関しては、日本語で検索かけたときにもちらちらヒットして、
（detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1326369418とか）
実際にやってみたってひとのブログも見かけたり。
gustoko.exblog.jp/11401933/
ただまあ使うインクにもよるそうな。
そのへんは詳しくないのとfMRI実験する程度ではタトゥーいれてるひとにあわないので、特に詳細を調べるつもりはなし。
んでさっきのペンシルベニアのとこに、MRI事前チェックリストがあったのでそれも貼っておく。
www.patientsafetyauthority.org/EducationalTools/PatientSafetyTools/mr/Pages/screening_form.aspx
…あれヅラもだめなのか…
でも検査前にいきなりヅラとられたら不謹慎にも吹いてしまいかねない・・・
いやいかんいかんよそういうネタは。
日本のチェックリストといろいろちがうなあ。
しかしわたしの疑問は解決せず。
ちょっと女性のおはなしになるので、そーゆーのききたくないひとは続きをひらかないでね。
だんだん「ねこでもできる」部分に不安が募ってきた。
一回でもエラーはいたらマニュアルどおりにすすまへんやんけ（あたりまえ）。
まあ実際に解析するわたしがねこあたまなので、わたしがみごと解析ロードを完走できたら看板に偽りなし、となるであろ。
…完走できなかったら……どうなるんでしょうね………
いやいや。
がんばればなんとかなるはずだ。
とりあえず今回は、SPMで解析するにあたって必要そうなものを列挙しとく。
列挙するだけで使うのはあとまわし。
まあちゃんと使ったらつかいかたと使用感でも書きます。
・MarsBaR
marsbar.sourceforge.net/
ROI解析に便利などうぐ。
薦められたけどまだ見てない。
・WFU_PickAtlas
www.fmri.wfubmc.edu/cms/software#PickAtlas
タライラッハかMNIでマスクかけたりブロードマンエリアにわけたりできるらしい。
まああとでみる。
SPMはMNIベースだから、MNI→タライラッハの変換が必要だよー、と言われて、上のツールでさくさくやってもいいのだけど、いちおうどんな式かと見てみたら意外とあっさり。
imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/MniTalairach
これによると、
（タライラッハのX座標) = 0.88*（MNIのX座標）- 0.8
（タライラッハのY座標) = 0.97* （MNIのY座標）- 3.32
（タライラッハのZ座標) = 0.05*（MNIのY座標） + 0.88* （MNIのZ座標）- 0.44
らしい。
こんなんだったら変換プログラムわたしでも組めそうな気がするが。
でも今悠長にプログラミング勉強してる暇ないしなあ。
今の実験がひとだんらくしたらいろいろやってみるのもありかもしれない。
一回でもエラーはいたらマニュアルどおりにすすまへんやんけ（あたりまえ）。
まあ実際に解析するわたしがねこあたまなので、わたしがみごと解析ロードを完走できたら看板に偽りなし、となるであろ。
…完走できなかったら……どうなるんでしょうね………
いやいや。
がんばればなんとかなるはずだ。
とりあえず今回は、SPMで解析するにあたって必要そうなものを列挙しとく。
列挙するだけで使うのはあとまわし。
まあちゃんと使ったらつかいかたと使用感でも書きます。
・MarsBaR
marsbar.sourceforge.net/
ROI解析に便利などうぐ。
薦められたけどまだ見てない。
・WFU_PickAtlas
www.fmri.wfubmc.edu/cms/software#PickAtlas
タライラッハかMNIでマスクかけたりブロードマンエリアにわけたりできるらしい。
まああとでみる。
SPMはMNIベースだから、MNI→タライラッハの変換が必要だよー、と言われて、上のツールでさくさくやってもいいのだけど、いちおうどんな式かと見てみたら意外とあっさり。
imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/MniTalairach
これによると、
（タライラッハのX座標) = 0.88*（MNIのX座標）- 0.8
（タライラッハのY座標) = 0.97* （MNIのY座標）- 3.32
（タライラッハのZ座標) = 0.05*（MNIのY座標） + 0.88* （MNIのZ座標）- 0.44
らしい。
こんなんだったら変換プログラムわたしでも組めそうな気がするが。
でも今悠長にプログラミング勉強してる暇ないしなあ。
今の実験がひとだんらくしたらいろいろやってみるのもありかもしれない。
あー。
画像調整の話追記。
そもそも個人の機能的ローカライザーはしらせてんのにNormaliseかけたら意味ないんじゃないの？とつっこまれた。
…よくよく考えてみたらまったくその通りだー。
うぼあー。
多少ネタバレ（？）すると、今回のわたしの実験は、機能的ローカライザーをはしらせて、その部位がとある課題中にどんなふーに活動するのかなーってかんじのデザインなので、古典的なコントラスト検出用の解析手順したらおかしいわけですわ。
はじめて使うからってうっかりなんでもかんでもふむふむしてる場合とちゃうわー。
いくらねこのひたい程度のあたまとはいえもうちょっと考えて解析せなあきませんね。
…と思ってたんですがSPM5でなぜかNomaliseとばして解析するとエラーはきよる。
なんかorientationがどうとかいうエラー。
Nomalise段階でやってるresliceかなにかが影響してるのか？と思ったけどCoregisterのResliceかましても同じエラーを吐く。
謎。
どうしたらいいんだ。
あとSmoothingてきとーすぎた。
基本はボクセルの2倍だそうです。
なんでもかんでもデフォルトでやるのは手順を覚えるにはいいけど、ちゃんと結果が欲しいときにはかえって遠回りになるなあ。
まあそのへんの反省もこめつつねこ解析（略しすぎ）その３いっくよー。
今日はとうとう、解析っぽいことをしてみるの巻き。
…ただの自分の解析日記じゃないかこれ！
……まあそうやって手順を覚えるのだからいっかー。
画像調整の話追記。
そもそも個人の機能的ローカライザーはしらせてんのにNormaliseかけたら意味ないんじゃないの？とつっこまれた。
…よくよく考えてみたらまったくその通りだー。
うぼあー。
多少ネタバレ（？）すると、今回のわたしの実験は、機能的ローカライザーをはしらせて、その部位がとある課題中にどんなふーに活動するのかなーってかんじのデザインなので、古典的なコントラスト検出用の解析手順したらおかしいわけですわ。
はじめて使うからってうっかりなんでもかんでもふむふむしてる場合とちゃうわー。
いくらねこのひたい程度のあたまとはいえもうちょっと考えて解析せなあきませんね。
…と思ってたんですがSPM5でなぜかNomaliseとばして解析するとエラーはきよる。
なんかorientationがどうとかいうエラー。
Nomalise段階でやってるresliceかなにかが影響してるのか？と思ったけどCoregisterのResliceかましても同じエラーを吐く。
謎。
どうしたらいいんだ。
あとSmoothingてきとーすぎた。
基本はボクセルの2倍だそうです。
なんでもかんでもデフォルトでやるのは手順を覚えるにはいいけど、ちゃんと結果が欲しいときにはかえって遠回りになるなあ。
まあそのへんの反省もこめつつねこ解析（略しすぎ）その３いっくよー。
今日はとうとう、解析っぽいことをしてみるの巻き。
…ただの自分の解析日記じゃないかこれ！
……まあそうやって手順を覚えるのだからいっかー。
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カテゴリ説明
がっつり：論文や研究関連をがっつり。
びっくり：科学ニュースでびっくり。
まったり：空想科学などでまったり。
ばっかり：デザイン系自己満足ばっかり。
ほっこり：お茶を嗜んでほっこり。
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分野は視覚認知。視知覚にがて。
あと記憶全般。
カテゴリ (semanticsか?) とかも。
最近デコーディングが気になる。
でも基本なんでもこい。
好奇心は悪食。
好きな作家（敬称略）
川上弘美
小林秀雄
津原泰水
森茉莉
レイ・ブラッドベリ
イタロ・カルヴィーノ
グレッグ・イーガン
シオドア・スタージョン
分野は視覚認知。視知覚にがて。
あと記憶全般。
カテゴリ (semanticsか?) とかも。
最近デコーディングが気になる。
でも基本なんでもこい。
好奇心は悪食。
好きな作家（敬称略）
川上弘美
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