2010/07/24 (Sat) ねこでもできるfMRI解析その１１～さっくり部位を判定編

前回、AALというツールがうまいこと使えなかったので、別のやつを試してみる。
その名もTalairach Clientというもの。
名前のとーりタライラッハ座標をいれたら場所を教えてくれるらしい。
SPMはMNI座標なので変換が必要になるわけですが。
（AALだったら変換いらなかったのに・・・何がだめなのか？）
変換式については
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/126/
に書いてあるので忘れたらそれを参照すること→自分

とりあえずまずはだうんろーど。
www.talairach.org/client.html
からさくさくっとな。

Download Mac
Download PC
Download Other
という３種類があるので、とりあえずDownload PCからおとしてみる。
ZIPがおちてくるのでさくっと解凍。

そーすっとHow to Install TalairachClient.txtってのがあるので開いてみる。
How To Install TalairachClient on Windows XPって書き出しのやけにシンプルなテキストだ。
なになに。
Shortcut to TalairachClientというショートカットアイコンを、Shortcut to Program Filesってフォルダにぶっこめ。
…あのこれショートカットの作り方であってインストールのしかたじゃないんですけど…
そいや解説にもJavaで作ったよーとか言ってるから特にインストールとかいらないんじゃね？
うあああまじめに読んで実行しようとして損したああああ。

気を取り直して、TalairachClientってフォルダんなかのTalairachClient.exeって実行ファイルを実行する。
そしたらいかにもJavaな画面が出てくるので「やっぱJavaなんじゃん！」とひとしきり脱力する。
もっかい気を取り直す。
まんなかにSingle Coordinate Searchってのがあって、このXとYとZのとこに調べたいタライラッハ座標うちこむと、下の空欄のとこにそれがどこの部位に相当するか表示されます。
めっさシンプルやん。

上にはDatabase Search Optionsっていうのがあって、そこのSingle Pointってーとこをぽちっとしておくと、うちこんだ座標まさにその場所がどこの部位かを出してくれます。
となりのNearest Gray Matterというのをぽちっとくと、その座標から一番近い灰白質の部位を出してくれるそうです。ノーマライズやスムージングでびみょーにずれたりしてうっかり白質のへんな部位が出たときなんかにつかえるってことでしょう。
Cube Rangeってのをぽちると、何ミリか幅で、その座標を中心とした領域にどんな部位が含まれるかをざっと出してくれます。

下のFrom fileってとこで、座標をざーっと書いてあるファイルを読み込んでざーっと部位出すことも可能らしいです。

ちゃんちゃん♪

…シンプルだ。
すっげーシンプルだ。

あ。
www.talairach.org/
に、Referenceつけてねーってのがあるから忘れず引用しよー。
注意点はそんぐらいか。


エラーはかないのでとりあえずこれでしばらくやってみます。
エラーはきっぱはくやしいので、AALについても折を見て調べてみますけども。

2010/07/21 (Wed) 「研究」っておおざっぱなくくりでだらだら言う。

今日は脇道ネタ。

ナショジオのニュースで、深海のさめを研究しているのが神経科学の研究所だった。
www.nationalgeographic.co.jp/news/news_article.php
視覚進化を比較しようぜ！ってことらしい。
比較認知研究おもしれー。
たいへんすぎるから自分ではできないけど、話を聞くのはすきだ。
鏡みるイカとか、計算するぞうさんとか、そーゆー話だいすきです。

そしてこの画像に噴いた。
www.nationalgeographic.co.jp/news/news_article.php
なにこのぴんくいインスマンス。

そして、似非神経科学の見分け方ネタにコメントもらったのに引き続いてvikingさんとこで似非ネタ。
viking-neurosci.sakura.ne.jp/blog-wp/
「デジタルドラッグ」とかゆーよくわからん聴覚刺激でトリップを出すとか云々。

これについてちょっと思うところあったので少しばかり暴論はく。
暴論きらいなひとはスルー推奨。

2010/07/17 (Sat) にほんでいちばんかんたんな神経科学リテラシーの身に着け方

某研究所の最寄り駅で、明らかにアウトなかんじの「似非脳科学商売」をしてる建物を見かけて脱力した。
神経科学で大活躍の某研究所があるというのにその体たらくかよ・・・
いったいどうすれば神経科学リテラシーは世に広まるんだ。

というわけで、最初のステップとして、なんかもーまじめに考えるのがめんどくさいひと向けの似非「脳科学」指針とか作ってみたらどうだろうか、と思っててきとー書いてみる。
思いつきなのでブラッシュアップの必要性大。

似非かどうかを見分けるポイント
・「神経科学」ではなく「脳科学」を使う
（ただし最近は、大学の先生が学部生向けに「脳科学」って諦めて言っちゃう事例も多いので注意）
・左脳とか右脳とか言っちゃう
（本職は「左半球」「右半球」って言う。これ言うやつはたいがいアウト）
・「○○脳」ってフレーズを使う
（本職は「○○に関する脳部位」というような表現を使う。だって特定のことだけしてる脳部位ってたぶんない。んでもごく稀に、マスコミウケを狙ってこの手の物言いする先生もいらっしゃるとかいうウワサ。ただしダークサイドに落ちかけてる可能性あり）

この３つが揃ってしまったら、たぶんアウト。
２つでも、まあだいたいアウト。
１こだけなら・・・まあわざとわかりやすくしている可能性もあるので様子見。

これでどれくらい見分けられるようになるのか、ちょっと試してみたい。

ここからさらにステップアップして精度の高い見分け方を実につけるには、「対照実験」という考え方だとか統計的な考え方とか必要になるので、このへんはちゃんと高等教育でフォローしてほしい。
そんなん勉強する気にならんくて、とりあえず当座の間似非「脳科学」とそうでないものを見分けたいひとはこの３点のふるいを使ってみて欲しい。
・・・まあ、効果があるにしろないにしろ具体的なふるいわけの結果ってここに明記できないかもしれませんけど。

2010/07/11 (Sun) 伝説の瞬間を目撃したはなし。

（ホッキョクグマ注意）
土曜日。
天気もよかったので、天王寺動物園のゴーゴさんに会いに行ってきました。



おちゃめなホッキョクグマといえば、東のロッシーさん、西のゴーゴさん。
おちゃめ横綱なゴーゴさんのおちゃめっぷりを堪能してきました。
そしてとうとう、ホッキョクグマおちゃめの頂点、伝説の瞬間を目撃してしまったのです・・・！！！

2010/07/09 (Fri) ちょうしわるいのでろんぶんめも

なんか最近電子ジャーナルのリンク具合調子悪いなー。
PubMedもちょっとまえエラーはいてたし、図書館はしばしば電子ジャーナル不具合だすので、どっちが原因か不明。
また日を改めてみむ。

というわけで自分用論文ちぇっくめも。

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20565870
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20580845
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20580933
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20581110
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20579798

しっかり読むっていってた論文がまだ読めてないってーか読むって言ってから1年経つ。
やべえ。

あとMendeleyのメンテもしてねえ。
やべえ。
ちょっとこまごまとしたことをかたづける余裕をどうにかしたいものです。
なかなか思うようにできないですのう。