2010/07/26 (Mon) あたらしく かぞくが ふえたよ！

うっかりいきおいですくってしまった。
うっかりそのまま家に持って帰ってしまった。
というわけで、家族が増えました。



たびたび家を空ける身の上でこんなん持って帰ってしまって怒られるかな、と思っていたのですが、うちの家族は家じゅうひっくりかえしてとりあえず水槽代わりになるものを探してくれました。
とりあえずは洗面器の「かりぐらし」ですわ。

うちのオカンによって、命名は「ピタ」と「ゴラ」になりました。
なんかめだまがやつらに似ているからだそうです。
ちなみに赤くて体のおおきいほうがピタで、黄色っぽいちょっと小柄な子がゴラです。

その命名のせいか知りませんが、ピタとゴラはテレビの部屋に住むことになりました。
どうでもいいですけどテレビのジョンは地デジ化のあおりを受けたり新しい薄型テレビにその地位をおびやかされたりしないのでしょうか。
心配です。

そこまでひととおりやってから、「また新しく扶養家族増やしてからに・・・」とオカンにお小言をくらいました。
・・・命名までしといてか。

まあなんだかんだいって新しい家族です。
結局動物好きなんだよなーうちの家族は。
むしろここ数年ヒト以外がいなかったのがめずらしいぐらいで。

２年ほど前、かにつりでとらまえてきたかにが抱卵していたので、「かにこさん」と命名し家の裏にたらいをおいて、水とうえきばちのかけらで飼おうとしたのですが、どらねこがおもちゃにしやがりましてかにこさんは抱卵したまま☆になってしまいました。
どらねこゆるすまじ。
あんなやつはのらねこというようなかわいらしいものではないのです。わたしが仲良くしていたのらねこは優雅にヒトからの貢物をお召し上がりになり、無駄な殺生は致しませんでしたもの。

まあそれはともかく、明日あたりホームセンターで水槽などを購入せねばなりません。
今日一日はいろいろネットで調べましたが、どうも熱帯魚愛好家にも原理主義な人々がいたりしてちょっと混乱。
最初の１週間を乗り越えられるかどうかが大変らしいので、どうなるかわかりませんが、はしゃいで写真など撮ってみたり。
・・・やつら早ぇー！！室内程度の明るさではシャッタースピード稼げねぇー！
写真を撮る練習にはよいのかもしれません。

とりあえず、水槽に水草とビー玉は必須ですよね！
（趣味全開）

2010/07/25 (Sun) ねこにできなかったfMRI解析～逆襲のAAL編

かねてより逆襲を宣言しておりましたAALで。
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/231/
に書きましたように、なんかラベルを参照するファイルが読み込めないエラーで使えなかったのですが。

AALを教えてくれたひとに解決方法を聞いたら、あっさり解決しやがりました。
…なんと、ドライブ直下に参照フォルダを置かないと認識しないとか。
なんでー！！？？？

そのへんの機微はよくわかりませんが、とりあえずパスを通したフォルダを移動させるとめんどいので、コピーしたフォルダをCドライブ直下に置いて、参照するときだけそこを使うようにしました。
そしたらSPM上でさくさくラベリングしやがんのー。

SPMの画面上で、ざっと座標とかラベルとかが表示されるので、SPMのResultsを見ながら考えたりはできませぬ。
別にメモをとるなどして対処しよう。
AALも、名前のついてる部位で一番近いやつは何ミリ離れてるかを出してくれるよー。
ただちょっとラベルの省略形にクセがあるので、ちょっと解読が必要そう。
TarailachClientとAAL併用して、どっちもおなじラベル貼ってたらそのラベルはそれなり確からしいんじゃないかと。
ラベリングにゆれがあった場合…どっちをとるかはまあケースバイケースで。
んでもって、論文はどっちに基づいて書くかもケースバイケースで。


今んとこ、あんまし重要視してない条件のコントラストで、該当部位がない（のうみその外側ですよって言われる）クラスタがあるんですけど、こーゆーのってどう扱ったらいいのんかいねー。
これもちょっと誰かに聞いてみよう。

2010/07/24 (Sat) ねこでもできるfMRI解析その１１～さっくり部位を判定編

前回、AALというツールがうまいこと使えなかったので、別のやつを試してみる。
その名もTalairach Clientというもの。
名前のとーりタライラッハ座標をいれたら場所を教えてくれるらしい。
SPMはMNI座標なので変換が必要になるわけですが。
（AALだったら変換いらなかったのに・・・何がだめなのか？）
変換式については
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/126/
に書いてあるので忘れたらそれを参照すること→自分

とりあえずまずはだうんろーど。
www.talairach.org/client.html
からさくさくっとな。

Download Mac
Download PC
Download Other
という３種類があるので、とりあえずDownload PCからおとしてみる。
ZIPがおちてくるのでさくっと解凍。

そーすっとHow to Install TalairachClient.txtってのがあるので開いてみる。
How To Install TalairachClient on Windows XPって書き出しのやけにシンプルなテキストだ。
なになに。
Shortcut to TalairachClientというショートカットアイコンを、Shortcut to Program Filesってフォルダにぶっこめ。
…あのこれショートカットの作り方であってインストールのしかたじゃないんですけど…
そいや解説にもJavaで作ったよーとか言ってるから特にインストールとかいらないんじゃね？
うあああまじめに読んで実行しようとして損したああああ。

気を取り直して、TalairachClientってフォルダんなかのTalairachClient.exeって実行ファイルを実行する。
そしたらいかにもJavaな画面が出てくるので「やっぱJavaなんじゃん！」とひとしきり脱力する。
もっかい気を取り直す。
まんなかにSingle Coordinate Searchってのがあって、このXとYとZのとこに調べたいタライラッハ座標うちこむと、下の空欄のとこにそれがどこの部位に相当するか表示されます。
めっさシンプルやん。

上にはDatabase Search Optionsっていうのがあって、そこのSingle Pointってーとこをぽちっとしておくと、うちこんだ座標まさにその場所がどこの部位かを出してくれます。
となりのNearest Gray Matterというのをぽちっとくと、その座標から一番近い灰白質の部位を出してくれるそうです。ノーマライズやスムージングでびみょーにずれたりしてうっかり白質のへんな部位が出たときなんかにつかえるってことでしょう。
Cube Rangeってのをぽちると、何ミリか幅で、その座標を中心とした領域にどんな部位が含まれるかをざっと出してくれます。

下のFrom fileってとこで、座標をざーっと書いてあるファイルを読み込んでざーっと部位出すことも可能らしいです。

ちゃんちゃん♪

…シンプルだ。
すっげーシンプルだ。

あ。
www.talairach.org/
に、Referenceつけてねーってのがあるから忘れず引用しよー。
注意点はそんぐらいか。


エラーはかないのでとりあえずこれでしばらくやってみます。
エラーはきっぱはくやしいので、AALについても折を見て調べてみますけども。

2010/07/23 (Fri) ねこにできないｆMRI解析～さくさくラベリングに失敗するはなし

さて。
MRI解析でコントラストを出したよーってのが「ねこでもできるfMRI解析その１０」だったわけですが。

コントラスト出したら、出てきた部位が解剖学的になんて呼ばれるところかってのが気になりますよね！
ちうかそれわからんと論文になりませんよね！
でもこれいちいち解剖の本くびっぴきなるんめんどくさいなあ…

ということで、SPM上で使えるツールを教えてもらいました。
…ROIのときにもそれ使えば楽だったんじゃね？というツッコミは今更なので却下。

ツールのなまえは、Anatomical Automatic Labeling、略してAALだそーな。
さーやってみよー。

というわけで、まず↓からダウンロードします。
www.cyceron.fr/web/aal__anatomical_automatic_labeling.html
SPMのバージョンごとに（99・2・5・8に対応）圧縮ファイルがおいてあるようなので、自分の使うものにあってるのをダウンロード。
わたしは5なのでそいつを。

ダウンロードして解凍してでてきたフォルダを、MATLABのプログラムファイルはいってるとことかに置く。
んでもってファイル→パス設定でさっきのaalというフォルダを設定してやる。
それができたら、aalとうちこむ。

すると
「Local Maxima Labeling」
「Extended Local Maxima Labeling」
「Cluster Labeling」
「Quit」
とゆー４つのぼたんがならんだ画面が出てきます。

「Local Maxima Labeling」だと、Local Maximaがどーゆー部位かおしえてくれるわけですな。
ぽちっと押してみると、コントラストだしたSPM.matを選ばされます。
それ選んで、いつものよーにマスクするかとか閾値どうするかとかをてけてけ決めます。
そのあと、Select an labelised atlasというウィンドウが出るので、aalフォルダのなかに入っているROI_MNI_V4.niiというのを選べばできる、はず。

んが、なぜか「ファイル C:\Program が見つかりません: ファイル、またはディレクトリは存在しません」というエラーをはいて止まる。
aalのウィンドウ自体は開けてるんだしパスも通ってるはずなんだけど。
何がひっかかっているのか不明。
バージョンもあってるし。
置く場所がわるいのかと思っていろいろ場所かえてパス通しなおしてもおなじエラーはきよる。
パス名の中にスペースはいってたらまずいとかか？
いやそもそもそれだったらパス通すのも無理くないか？

謎。
まったくもって謎。
しいて言うなら、「SPM2のバージョンではUNIXでしか動作保証しないよ」って書いてあるからそもそもウィンドウズ向けじゃないとか？
いやでもわたしにこれ教えてくれたひとはウィンドウズ上でさくさく使ってたぞ。
いったい何が違うんだ。

解決方法もぐぐった程度では見つからないし元サイトでもFAQとかないっぽいので、とりあえず今日はあきらむ。
なんか解決策が見つかったらうｐります。

2010/07/22 (Thu) ねこでもできるfMRI解析その１０の追記

集団解析のやりかたは、こないだ（azcog.blog.shinobi.jp/Entry/228/）のやりかたであってたみたい。

ただちょっとよくわからんことがある。
被験者間でセッション数が違う場合regressorを修正せなあかんのかもしれん？
wiki.livedoor.jp/weidows95/d/%c8%ef%b8%b3%bc%d4%b4%d6%a4%c7%a5%bb%a5%c3%a5%b7%a5%e7%a5%f3%bf%f4%a4%ac%b0%e3%a4%a6%be%ec%b9%e7%a4%ce%a5%b0%a5%eb%a1%bc%a5%d7%b2%f2%c0%cf
元の話を読んでもいまいちよくわからん。
www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa.exe

とりあえず解析に詳しい先輩に聞いてみたら、私の場合、含むtrialの数は違ってもセッション数は変わらないからこれにはあてはまらないんじゃないの？みたいなことを言われた。
それであってるのかどうかわからないがとりあえずよしとしてみる。
もしだめそうだったら、これみてやりなおそう。