2019/03/01 (Fri) Psychopyリトライ

結局Psychopyを書くことになる。
もはやVBはWin7ですら動作がおぼつかないような気がする。
Runtimeのせいかもしれない。
Win8ではやや厳しい。
まだVBで生き延びてる同期マジすげえ。

BuilderとCoderとあるけど、Builderはちょっと条件分岐いろいろつけようとおもうとめんどくさいしGlobalに変数に入った値を持ち運ぶやりかたがよくわからなかったので、メインはCoderになる予定。
なんかを見てぽちっとボタン押すだけならBuilderでもいいっぽい。
あと結局は十河さ…十河先生を頼るのが一番よい。
なのでちゃんと勉強したい人は十河先生の本を買って読もう！

実際独学でCoder書こうとしてもなんかよくわからんかったところ、本を読んだらあっさりかけたので、Coderなら本最強。

このめもぶろぐでPsychopyのネタを扱うときは、本に載ってないことや最近出てきた問題を書くことにする。

2018/08/01 (Wed) あげるつもりで忘れていたNIRS実験のこつ備忘録

いろいろため込んでいたHDDがお亡くなりになりました。
ここのブログ関連でいえば、お茶ネタ用の画像が虚空に消えました。
いやカメラからの分はあるはずなんですけどね。整理とかしてない分がね。
あとブログ下書きとかね。


サルベージできた下書きで、そこそこ重要そうなものを書いておく。
前所属でやったNIRS実験のしかためも。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

血流動態なので、イベントよりブロックが得意。
できればブロックの長さは20秒以上がいいといううわさ。
MRIのほうが力技（＝すごい信号処理）でもうちょい短くてもなんとかする方法がツールとして配布されてたような気がするが、NIRSのほうはやってみる人口だいぶ少ないし、わたし自身が信号処理とかだめだめなのでとりあえずそのへんに関しては保留。

頭皮になんか設置するかんじは脳波測定に似ている。
脳波測定でつかう電極に相当するものはoptodeという。日本語でなんて訳すのかはしらないが、わたしはとりあえずプローブと呼ばれていたのを聞いたのでプローブと呼ぶ。
プローブは送光（T)と受光（R)があり、この２つの組み合わせで血流動態を測定する。
なので、送光プローブと受光プローブの間が測定できる場所（チャネル）になる。
チャネルがうまく自分の測定したい位置にくるようにプローブを置かなくてはならない。
とはいえ、脳波とおなじ置き方をするくらいなので空間解像度はお察し、「だいたいこんなかんじ」でもだいたいいいんじゃないかなーと思う。まあ脳波のひともあんまり部位についてとやかく言うイメージないし。
まあそうはいってもてきとうに置いててきとうに撮りました、では妥当性も信頼性もぐっだぐたなので、基本的に脳波の電極の置き方に準じる。
とはいってもわたしは脳波の実験したことないので最初はえらいとまどった。
脳波の本何冊か読んでみたり。
まあさくっとだいたいのところをつかむには
http://guides.lib.kyushu-u.ac.jp/content.php?pid=686338&sid=5708879
のサイトがわかりやすかった。
いわゆる10-20法というやつで電極をおく位置を決めるやりかたです。
ざっと解説しておく。

nasion：鼻根（鼻の付け根の一番へこんでいるところ）
inion：後頭部結節（うしろあたまのなんかぽこってなっているところ。最初は？？？だったが、５，６人分ほどうしろあたまをさわっているとだいたいぱっとわかるようになる）
の間の長さをはかり。
左右の耳介前点（耳の穴の斜め上前くらいにあるぽこっとしたとこ）の間の長さをはかり。
この両方のちょうど真ん中がCz。

で、そこからFpzとかOzとかを算出。
Fpzは、鼻根からCzにむかって鼻根ー後頭部結節の長さの10分の1のぼったところ。Czからなら0.4かけた長さ。
Ozはその10分の1を後頭部結節からCzにむかってのぼったところ。
T3・C3・C4・T4は左右の耳介前点間の長さを分割。
T3：Czから左に左右の耳介前点間の長さに0.4かけた長さ分おりる。
C3：Czから左に0.2かけた長さ分おりる。
C4：Czから右に0.2かけた長さ分おりる。
T4：Czから右に0.4かけた長さ分おりる。

その後左側のFpz－T3－Ozを通る外周の長さを測定。分割してFp1・F7・T5・O1とする。
Fp1：Fpzから外周0.1分の長さで後ろ
F7：Fpzから外周0.3分の長さで後ろ
O1：Ozから外周0.1分の長さで前
T5：Ozから外周0.3分の長さで前
また右側のFpz－T4－Ozを通る外周の長さを測定。分割してFp2・F8・T6・O2とする。
Fp2：Fpzから外周0.1分の長さで後ろ
F8：Fpzから外周0.3分の長さで後ろ
O2：Ozから外周0.1分の長さで前
T6：Ozから外周0.3分の長さで前

あとはだいたい、前にある部位と後ろにある部位の中間地点に置くことになる。
こまかいので省略。

拡張10－20法というのも最近はつかわれているようで、こっちも場所決めはまあふつうの10－20法とほぼ同じだが、新しく名前がついた位置があったり古いほうと位置の名称が違うので注意が必要。
まあ新しいのはいいとして名称がかわったのは
T3→T7
T4→T8
T5→P7
T6→P8
なのでとりあえずそこだけは注意。
参考にした本は「心理学のための事象関連電位ガイドブック」


で、狙った位置にチャネルがくるよう祈りながらプローブの帽子なりバンドなりを装着。
髪の毛をわさわさかき分けてプローブをセット。
あとはNIRSの測定装置のほうで、ちゃんと測定できるか確認してから測定開始だ。
このへんはNIRSの機械によっていろいろあるだろうから省略。

あ、測定開始前にしておくことがあった。まあ測定後でもいいと思うけど。
MRI構造画像とか、なんかMNI座標を特定してくれるすごい機械とかが用意できない場合は、各実験参加者のプローブの装着状態を写真に撮っておくとよいそうな。
あとNIRS-SPMにかけようとおもうと、だいたいの頭の大きさからプローブの座標を推定する必要があるので、頭の縦横の大きさをはかっておいたほうがいい。
そんで楕円として近似して、基準となるところからプローブまでの距離を推定して座標を推定しないとNIRS-SPMにかけられないから注意。

測定が終わったら、測定装置である程度分析もできるらしいけど、いろいろいじることを考えたらデータをいらえる形に出力して解析用PCでこねくり回したほうがよいだろう。
とりあえずデータをもっていこう。


※このあとNIRS-SPMに挑むがやや挫折したため、てきとうなGLMでお茶を濁した。
いつか（いつ？）リベンジしたい。

2017/09/09 (Sat) もしもガチガチにセキュリティのかかった環境でPsychoPyとPythonを並存させるなら

タイトルがなげぇ。


まあ内容はタイトルの通りです。ただし情報がすでに古い可能性はあるのでそこはご勘弁を。
Psychtoolboxから移行せざるを得ない状況になったのは既に説明の通り、というわけでPsychoPyでもやってみよっかなーとなったわけですが。
PsycoPy導入してもいいけどスターターキットに相当するStandalone distributionだとPythonがPsychoPy下にインストールされてあたかもPsychoPy専用みたいになってしまうようだ。

参照：http://www.s12600.net/psy/python/18-1.html
昔PythonでLSAできるってことを知ったのでできればLSAつかえる環境とPsychoPyを併存させたい。

でも地道にちまちまパッケージをいれるのはめんどう…
ということでAnaconda入れることにした。

http://www.psychopy.org/installation.html#dependencies
を見ながら、Anacondaが持ってるもんチェック。

NumPy
SciPy
matplotlib
openpyxl
lxml
pywin32（windows用）
はある。

avbin
pyglet
pyo
wxPython
がない。

もしWindowsでパラレルポートでのやりとりが必要ならば、
winioport
inpout32
inpoutx64
あたりが必要。これはまあ環境による。

というわけで足りないものを補ってやる場合のめも。

１）avbin
https://code.google.com/p/avbin/
からZIP落としてそこから得たdllをc:\Windows\System32にコピーしてインストール

２）pyglet
pipとかいう方法でインストールしてやらねばならんっぽい。
Proxy下でのつかいかたは
http://qiita.com/FJKei/items/5589ad89eed14e486d27
http://d.hatena.ne.jp/rudi/20110107/1294409385
などを参照しつつサーバやらポート番号やらめもって挑む。
ちなみにこのpipはAnacondaのコマンドプロンプトで実行しないといかん。
pip install pyglet==1.1.4 --proxy=【サーバ】:【ポート番号】
でいけるっぽい。
このへんが詰んだときは
http://morimori2008.web.fc2.com/contents/PCprograming/python/pythonAnaconda.html
が参考になるかも。

３）wxPython
http://wxpython.org/download.php
からwxPythonの実行ファイルを入手
（SourceForgeを経由する点注意←なぜかというと某大ではSourceForgeは悪質サイト認定をくらって大学のネットからはアクセスできないから。）
インストールするとAnaconda勝手に立ち上がってコンパイルしてくれる。

PsychoPyのDependenciesみたらVer2.8.10か2.8.11じゃないとだめで2.9は入れるなって書いてあるけど、公式はもはやVer.3しか配布していない。
http://www.psychopy.org/changelog.html
を見たらPsychoPy 1.81.00で
application is now compatible with wxPython 2.8, 2.9 and 3.0
って書いてあるから気にしないことにする
だったらDependenciesも更新しろや！！！！
(ちなみにpygletは1.77.00でsupport for pyglet version 1.2 alpha (but 1.1.4 is still recommended - it appears to render faster)っていってるから1.1.4いれるのが依然推奨みたい)

４）pyo
wxPythonを先にインストールしないといけない点に注意。
以下から実行ファイルを入手（ただし例によって某大ではアク禁くらった）
http://ajaxsoundstudio.com/software/pyo/
コマンドプロンプトからデモを見ろとかいろいろ言われるけどスルー。

５）パラレルポート関連
winioport <http://www.geocities.com/dinceraydin/python/indexeng.html>
はもう配布サイトが存在していない。
Changelogにも言及がない。謎。まあinpoutとかのほうで代替できるから気にしない。

inpout32 <http://logix4u.net/parallel-port/16-inpout32dll-for-windows-982000ntxp>`
はサイトがあるけどZIPがもう配布されていない。
代わりに
http://www.highrez.co.uk/Downloads/InpOut32/
で入手できる。
Win32というフォルダの中のInstallDriverって実行ファイルでよしなにインストールしてくれるみたい。

inpout32ってのがあるのにinpout64.sysがインストールされた。


なんやかやで必要な部品がそろったら
pip install psychopy
で1.82.1をインストールしてくれる（ショートカットは作成してくれないみたい）ので、
【てきとうなパス】Anaconda\Lib\site-packages\psychopy
とかをみて
Anacondaあるフォルダ内のpsychopyApp.pyをPythonで実行するショートカットを作っておくとべんり。


だいたいこんなかんじでなんとかなるっちゃなるけど、Standalone PsychoPyでさくっとインストールするのが一番楽。
LSAはめったにやらんので、むしろそっちをPsychoPyに合わせたほうがいいのでは…という気もする。

2017/07/01 (Sat) Psychtoolboxの終焉

Windows8以降でDWMを切れないからPsychtoolboxの時間制御がだめって話ありますよね。

https://github.com/Psychtoolbox-3/Psychtoolbox-3/issues/276
じゃあWindows7,Vistaならいいかっていうと、Windows7以前でも、ATIグラボや、NVidiaとノーパソの組み合わせではScreenがうまく動かないという話があるそうな。
https://github.com/Psychtoolbox-3/Psychtoolbox-3/wiki/FAQ:-Vista-and-Windows-7
道理で自分の手持ちノーパソで走らせたときにぐっだぐだだったわけだよ！

つまりXPか、ぎりぎりWin7でNVidiaさしてるデスクトップでしかPsychtoolboxは描画きっちりで動かないというわけだ。

Macのほうもなんかじわじわ同様の問題が来ているような話を聞いたが、（たとえばYosemiteというOSではなんかうまくいかないらしい（https://github.com/Psychtoolbox-3/Psychtoolbox-3/issues/214）まあ使う可能性のMacは古いOSのまま固定するから大丈夫だろう。


要するに、Psychtoolboxを今から使いたい新参はLinuxを用意しろってこった！
それができない情弱はPsychtoolboxから退散しな！
→退散しました。

いやまあ、Linux初めてもいいのかもしれないんですけど、通常業務をWindowsでばっかりやってるもので…
というわけでまた実験ソフト流浪の旅だよ！何度目だ自分！

2017/02/01 (Wed) 忘却、抑制、そして

まだ学部生で、興味が長期記憶にのみ向けられていた頃、記憶表象そのものが失われる「忘却」と、表象へのアクセスに失敗する「検索の失敗」は果たして行動上で（あるいは何かしらの神経科学的手段で？）区別ができるのだろうかと悩んで結論が出せないことがあった。

今おなじような悩みに直面している。
実行機能なんかを想定して、情報の操作を考えたときに、必要がなくなった情報を「消去」することと、情報を「抑制」することは果たしておなじことなのか、それとも違う現象をさすのか。
そしてそれは行動上で区別可能なのか。

そもそも、10年前から悩んでいることだけど、「抑制」ってなんだ？
「抑制」という単語はもはや専門用語ではなく一般名詞なのでは、と思うくらい、分野によってどころか人によって意味するところが違うようだ。
じゃあそのそれぞれの「抑制」には何かリンクがあるのか、それともただの同音異義語でしかないのか。

さっぱりわからない。
さっぱりわからないが、まあこれがさっぱりきっぱり答えられるならなんかの学会でシンポジウムなりキーノートなりやるよな。
もうしばらく考える必要がありそうだ。