2010/02/09 (Tue) ねこでもできるfMRI解析その９～ゆきだるまクラスター対策編

ほっほい。
個人ROI解析もだいぶたけなわ。
習っている先輩にリテイクされる回数もそこそこたけなわ。
そろそろ次の段階にいきたいです。
「解析ひといきついたら紅茶買いに行く」っていうのは解析終了しないフラグだったのかもしれん。うかつだった。

・・・まあ今試行錯誤しとくのもあとあとのためだよね・・・

というわけで今回は、ROI解析してたらクラスターがひとかたまりじゃなかったーっていうときのおはなし。

機能的にROIを決めたら、そのかたまりがきれいなかたちをしているとは限らないわけです。
きれいな円じゃないのはしょうがないけれど、まるいのが２つくっついたようなかたち（∞みたいな、といえばいいのか？）、ゆきだるまをころがしたようなかたちのクラスターも中にはあります。
それって２つの違うクラスターがくっついて１こに認識されちゃってるのではなかろーか？なんとか分離できないものか？と先輩に質問したところ、MarsBaRによる解決策を授けていただきました。

わたしは勝手に上記のようなクラスターを「ゆきだるまクラスター」と呼ぶことにしたので、題して「ゆきだるまクラスター退治法」はじまりはじまり。

2010/02/08 (Mon) ねこあたま溝ラベリング修行中

ROIの選定について、先輩に「ウェブに頼りすぎてはいけませんよ」とつっこまれる。
タライラッハ本が行方不明なのがわるいんだー、と駄々をこねたら、代わりの書籍を紹介された。
なんで物品購入締め切った後にそういうこと教えてくれるんですか…
「バイトしなさい」っていわれた。
しょんぼり。

つーか今バイトする暇なんかあるか。


そんなことぼやいてもしかたがないので、本は図書館から借りてきました。
某部局の図書館、開館３分前だと気づかず電気ついてるしドア開いてるからふつーに入ってしまったら司書っぽいひとに怒られた。
それはこっちが悪いからしかたないけど、謝ったら、
「もういいですよ、勝手に本探しててください」
とか言われてイラッと来た。
しかも他部局だからかしつこく身元確認された。
怒ってたとしても、ものの言いようとかあるよなー。
ちうか２、３分くらいいいじゃんよー。
それが嫌なら開館までドア閉めてればいいのにね。
某部局なんかそこまでこまいこと言わないし違う部局のわたしを気遣って司書さんがいっしょに本探したりしてくれたのに。

本は悪くないのに、本を渡すひとにあまりよいイメージもたないと、本までなんだかしょんぼりに思えてしまうぜ。


しょんぼりしてても物事は好転しないので、今は借りた本で溝とか回とか弁別できるように目下修行中。
借りたのは、
『脳MRI 1.正常解剖』という本と
www.amazon.co.jp/%E8%84%B3MRI-1-%E6%AD%A3%E5%B8%B8%E8%A7%A3%E5%89%96-%E9%AB%98%E6%A9%8B-%E6%98%AD%E5%96%9C/dp/4879622907
『ヒトの脳:神経解剖学・組織学アトラス』という本。
www.amazon.co.jp/%E3%83%92%E3%83%88%E3%81%AE%E8%84%B3-%E7%A5%9E%E7%B5%8C%E8%A7%A3%E5%89%96%E5%AD%A6%E3%83%BB%E7%B5%84%E7%B9%94%E5%AD%A6%E3%82%A2%E3%83%88%E3%83%A9%E3%82%B9-%E5%B9%B3%E7%94%B0-%E5%B9%B8%E7%94%B7/dp/4830600292

上のは、正常脳のMRI画像がいっぱい載ってて、主な溝や回の同定のアドバイスとかも書いてある。
あと解剖学の基礎知識に相当することものってる。
欠点をあげるとすると、
・どういう画像なのかはたいていことばで説明されている（どこをどうきった断面なのか、どの部分をズームインしてるのか）ので、慣れないとぴんと来ない＆全脳での位置づけが把握しづらい
・わたしのよーな視覚認知領域のひとがよろこぶ側頭領域に関する記述＆画像はじつはあんまりない
というところか。

下のは、解剖標本の写真がこれでもかーと載っている。
MRIの画像もちょこっとあるけど、そのほとんどは同じページにのってる解剖標本は、どこらへんをどうスライスしたものかを示すためのものっぽい。
なので、どの溝・回が全脳のなかでどこらへんなのか、どこで切ったらどの溝・回がどう見えるのかが直感的にわかりやすい。
欠点としては
・解剖だから殆ど高齢者の死後のもの（病変があるものも多い）で、わたしが見るMRI画像よりもちょっとボリュームダウンなかんじ（とくに脳室の面積が全然違う）
・溝・回がはっきりしてるのはよいけど、MRIのもやっとした画像との対応にちょっと自信がない
というところ。

どちらにしても、スライス画像をたくさん見せられるわけだから、空間認知がとくいじゃないと、どことどこがつながってどういう形を成すのかちょっとぴんとこなかったりする。
まあカテゴリ学習なんだから、何度も画像見ればなんとなくわかってくるだろー。

とりあえず、解剖の本の中で紡錘回がどれなのかはだいたい１発で当てられるようになってきた。
あとはそれをMRI画像においてもできるよう修行あるのみ。
本を返すまでにがっつりあたまのなかにたたきこんでしまうか、どこかに丁稚奉公に出かけておこづかいを稼いで本を買うかちょっと悩みどころ。
紅茶を買いに行く暇もなかなかとれんというのに。


がっつりめの内容を書くはずが愚痴ばっかになってしまった。反省。
まあそこらへんも含めての研究生活だということで。

2010/02/07 (Sun) お茶番外編・アジアンテイストお茶

安息日。

友人のライブに行く。
すげーアットホームなハコに、アットホームな観客。
立地は路地裏。
ライブってゆか、ともだちん家に遊びに行ったらともだちがギター弾いたり歌ったりしてて、そこのオカンが珈琲とかに凝ってるかんじ。
うへえ。そういうハコの空気感にすげええええええ勢いで憧れる。

すばらしき哉ひとんち感。
サイエンスカフェとかもそういう雑談みたいな勢いで路地裏でやればいいのにね。

ライブ後ごはん会。
ベトナム料理たべた。
生春巻きウマーでもクサー。
それ以上にあげもん（揚げ春巻きとか）ウマー。

〆はココナツミルクのベトナムプリン。
そしてハス茶。
ポットと紡錘形なかんじののお湯のみで出てきた。
ふしぎな香りが一面たちこめる。
夏の日の、うわっと草いきれな田んぼの匂いみたい。

ポットをのぞくと、細切れになった緑の葉っぱ。
ハスの葉っぱなのだろうか。
茶殻はそんなに匂いしない。
なのにお茶はやたら薫り高い。ふしぎ。

味は、紅茶と緑茶のあいだぐらい。
水色は、ダージリンと焙じ茶の間ぐらいの色を薄めたかんじ。
色うすい。
青い匂いと、すっきり渋み。

おもしろがってあそんでたら、おもしろいお茶を飲みましたとさ、というお話。
ハスのお茶とか初めてのんだ。


こんだけわーわー愉しんでて実は写真が一枚も撮れてないという罠。
まあその場を愉しむことを第一義にしてしまうとどうしても写真は疎かになります。残念。


どうでもいい話。
紡錘形って、たまねぎとかみたいなうにゅっとしたかたちのことですよね。
fusiform gyrusってそんなに紡錘形？
どこから見たら紡錘形？
謎。

2010/02/05 (Fri) すごい時代になったもんだ

以前、前の論文の実験プログラムくれーって言ってきたドイツ人がいた話しましたが。
そんでもって、ファイル共有サービスつかうぜーって書きましたが。

・・・相手はその斜め上をやってきたぜ。
Skypeでわたしを見つけ出しやがんの。
（「やがる」とか言っちゃだめですねはい）

共有サービスとかめんどいこと言わないでSkypeでファイル送ってよーって。
マジで。
マジで言ってきやがりましたよ。
（「やがる」とかｒｙ）
マジか。

さっきSkypeでやりとりしましたよ。
でかいファイル（２０MB越えてる）のにちゃんと送れましたよ。時間かかったけど。
やべえなにこれ。
これがネットの可能性というやつか。
こんなかんたんに他国の研究者とやりとりできてしまうのか。
正直びびるわ。
びびりすぎて口調がきたないわ。

実験プログラム、ドイツ語版に書き換えてくれるらしいです。
やべえ前の論文わたしの手を離れてどんどんワールドワイドになっていく。
やべえ何これ。これが研究の世界か。
すげえ。

１本の論文が発端になって、どんどんいろんなとこに波及していく。
科学やべえ。ちょーやべえ。

論文すごい。
論文っていうシステムがすごい。
早く次の論文出さないと。
そしたらまた、小さいかもしれないけど何かが波及するかもしれない。
すげえ。
世界を相手にするってそういうことなんだ。
うわあ。
世界ひろい。なのに世界せまい。
すごい。


とはいえSkypeチャットですら辞書を引き引き書いてる自分の英語力のがやばいわ。
語彙が貧弱すぎる。
なんとかしないと。

あーあとそんなワールドワイドなできごとを想定してなかったんで実験刺激とかすげー日本的なのまじってるんですけど。
そこらへん含めてちょっと心配だ。
もちょっとがんばればよかったかな。
でも早く次の実験したかったしなあ。
ううぅジレンマ。

2010/02/04 (Thu) 福たのむからはやくきてください

せつぶんのおまつりだったよ。
ひとが多くて早々に退散したよ。
新酒おいしかったよ。



ただいま絶賛解析いきづまり中。
あーもー。

あと前回ふれためんどくさいの放置。
今それどころじゃねえ。