2010/03/02 (Tue) ぺんぎん備忘録

うわもう３がつか。
ちょっといろいろそもさんがせっぱってきた。
やらなあかんことややりたいことばっかが積もっていく。

下関でぺんぎん村なるものが開村したらしい。
www.kaikyokan.com/
トップ絵からリンクあるはずのpdfはなぜか空白。
FireFoxでもIEでもだめっぽいからまだできてないんだろう。
余裕ができたら行ってみたいところが増えた。

楽しみを思い描きながら作業しよう。

2010/02/28 (Sun) またもさもさしたはなし

解析合間に見た話。
togetter.com/li/6911
研究者の子育て問題。

わたしはまだそんな予定どころか前提となるものがないですが。
いつかは決心を迫られる問題。
ちうかまあ年齢的にもいろいろ。うん。

何が問題って、fMRI研究の場合、当該時期はMRIに入れないじゃないですか。
世の中にはMRI室に入らずに外から実験者となるひとに指示をするだけで研究できるひともいるらしいですが、そんなえらいひとになるまで待ってたらそもそも出産できねえ。
基本実験参加は持ちつ持たれつなので、自分が実験参加できないのに他人に実験に参加してくれとか言い辛いだろｊｋ。

じゃあ当該時期はひたすら心理実験に徹するのか。
まあわたしは心理実験すきだからいいけどさ。
他の、もっとバリバリ神経科学な女性研究者はどうしてんのだろ、と疑問に思った。
あ、そいや去年知り合った某研のおねえさまは子持ちだったな･･･
でも年齢不詳だったな･･･
そんなプライベートなこと学会とかでふみこんできけないわ。ちきんはーとだし。

MRIができないならEEGかNIRSをやればいいじゃない、ってアントワネットが言った。
あとみさいるはっしゃーって言った。
うそです。

去年だか一昨年だかにNIRSさわったけどNIRSは正直わたしにはむりだと思った。
EEGは異動した先輩が使うらしいが大変そうだ。
まあ大変じゃない研究なんてないけど。

2010/02/27 (Sat) 迷うことも多いのですわ

愚痴。
愚痴るのはあまりよろしくないが、発散が目的なのであしからず。
一応スルー推奨

2010/02/25 (Thu) ねこあたまの知ったかMRI結果表示＠SPM

Kanwisher et al. 1997やEpstein & Kanwisher 1998の論文に出てくるような、ROI（FFAとかPPAとかの）の被験者ごとのスライス図ってどうやって作るんだろー。
と試行錯誤してそれっぽい方法がわかったよーなわからんよーな気がするのでめもっとく。

ステップ１．図にのっけたいROIを画像化するよ！
１）MarsBaR起動
２）ROI definition→Export→imageを選択
３）当該ROIの.matファイル選ぶ（１こだけ）
４）Space for ROI imageとか聞かれるけどBase space for ROIsでいんじゃね
５）画像ファイルをおくディレクトリ選ばされるからてきとーにどーん。
６）ファイル名指定。まあよしなに
７）気づけばなんとなく.niiができてます。

ステップ２．MATLAB上で構造画像の上にROI図をのっけするよ！

wiki.livedoor.jp/weidows95/d/SPM5%a4%c7%a4%ce%b7%eb%b2%cc%c9%bd%bc%a8%a4%a2%a4%ec%a4%b3%a4%ec
を参考に。

１）MATLABのコマンドウィンドウに　slover('basic_ui')　って入力
２）どのファイル読むの？というウィンドウが出るので、図を作りたい被験者のノーマライズした構造画像と、図にだしたいROIのファイルを選択する
３）それぞれについて、「これどういう画像？」っていちいち聞いてくるので、構造画像には“Structure”、ROI画像には“Blob”と答えてあげよう
４）“Blob”についてスケール範囲？を聞くらしいがデフォルトでおｋ
５）Image Orientationとかいう欄で表示したいスライス面をaxialかcoronalかsagittalか選ぶ。
axial＝transverse＝横断面な、z軸を刻んでいくかんじ。めだまの断面とか出てぎゃってなるほう。
coronal＝冠状断面、y軸を刻んでいくかんじ。前からスライスしていくので耳とかみえちゃうことも。
sagittal＝矢状断面、x軸を刻んでいくかんじ。左右分割されちゃう。横顔とかみえる。
６）Slices to displayっていうとこで、３つの数字を入力せなあかんのですが、
出発点となる座標（MNIで）：スライスする分厚さ：終点となる座標
という構成になってるっぽい。


んでいろいろがんばってみたんですが、どうもこの方法では複数のポジティブROIを表示することが無理っぽい？
コマンドウィンドウみてたらなんか一回描いた図リフレッシュしてしまうみたいだし。
ああもう。

しょうがないので、２こいちになったROIを作成して両側FFAとか両側PPAとか作ることにした。
azcog.blog.shinobi.jp/Entry/144/
で紹介した、MasBaRのROI definitionのTransformでCombine選んで論理和（r1 | r2）したらいいわけだ。
これを図にするROIとして上の手続きを踏めばいいわけね。

…しかし改めて図にするとあれこのROIちょっとどうなん？みたいなのが見えてくるなあ…
ちょっと修正作業に追われそう。



どうでもいい疑問。
axialとtransverseとどっちがメジャーな言い方？
おしえてぐぐるせんせーい。
ということで検索結果↓
transverse section の検索結果 約 2,510,000 件
axial section の検索結果 約 7,980,000 件
というわけでaxialの勝ちー。

本来ならPubMedでやるべき。
ということでざっぱに検索。
transverse section は2440件
axial sectionは1396件
というわけでこっちではtransverseの勝ちー。
・・・あれー？

まあどっちでもいいんだろう。
自分の周辺の先生らがどっちつかってるのかこっそり聞いてそれにあわせよう。

2010/02/24 (Wed) ややっこっしい交互作用の誤差項の話

単純主効果の検定の誤差項について教えてという依頼があったのでちょみっと勉強してみるの巻。

はいおさらい。

Q.単純主効果とはなんぞや？

A.２要因以上の分散分析で、交互作用が出たときに、とある要因の水準ごとに、他の要因の効果を調べる効果。
（道具的な定義ね。原理的な話は管轄外なのでしません。てゆかできません）
ちなみに命名は、「他の要因」のほうになる。
（つまり、要因Aと要因Bの２要因分散分析だったら、Aの水準ごとにBの効果を調べるのが「Bの単純主効果」。
逆にBの水準ごとにAの効果を調べるのが「Aの単純主効果」。
あーややこい。とりあえず効果調べたいほうって思っとけばいい）

Q.どういうときに単純主効果の検定が必要になるのか？

A.２要因以上の分散分析で、交互作用が出たとき。
交互作用が出る＝水準ごとに効果の現れ方が違う、ってことだから、交互作用が出れば主効果の多重比較は行わない。
主効果単独で多重比較しても、他の要因の水準ごとに違う効果なら意味ないじゃん。
だから、交互作用が有意なときは主効果の多重比較は行わない。
だいじなことなので２回いいました。


まあおさらいはこれくらいにして。

依頼主の実験デザインについて聞くのを忘れた（・・・このねこあたまめ！）ので、とりあえず要因Aと要因Bの２要因分散分析で話を進めることにします。
・・・しまった対応のあり／なしぐらい聞いておくんだった（・・・このねこあたまめ！！！）。
あまりにも自分のねこあたまっぷりに自分でちょっとしょんぼりするわ。
しょうがないので、データ解析テクニカルブックに出てきた順番に検証していくことにする。
あああほすぎる自分。
あとめんどくさいのでデータ数が揃ってる場合しかやんない。
不揃いの場合についてはまた気が向いたときにでも。

あ、それと、数学としてエレガントな書き方は、文系いちげんさんにすげーわかりにくいので、あえてしぬほどどろくさく書きます。
エレガントな数式の時点で理解できるひとは、多分ちゃんとした本買って読んだほうが早いです。