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めもめも ...〆(。_。)

認知心理学・認知神経科学とかいろいろなはなし。 あるいは科学と空想科学の狭間で微睡む。

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というネタを思いついたのでRでのダネット法のやりかたをべんきょうする。
とくに今つかう必要はない。
ただこのタイトルを言えただけでまんぞくしている。

べんきょうの資料は
http://minato.sip21c.org/medstat/how-to-multcomp.pdf
で。
ダネット法そのものについては
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/Average/Dunnett.html
を参照。

要するに、被験者間要因で多重比較するときに、水準のひとつが対照群だったらダネット法がよいということ。
プラセボ群と薬つかった群を比較する薬学系の研究とかまさにぴったり。
心理学で言うなら、メイン課題に干渉課題をつけるとかの実験デザインで、干渉なしと干渉課題A、干渉課題Bでパフォーマンスを比較したいっていうようなときにつかえるね。
二重課題とかアテンション系によくありそう。

んで、Rでダネット法やろうと思うと、Rのパッケージをインストールせねばならんらしいのでまずそいつを手に入れよう。

というわけで、Rを起動する。
起動したら、「パッケージ」のところから「パッケージをインストール」をくりっく。
これこのように。
R_multicomp1.png

そしたらパッケージ名がずらずらならんだウィンドウが出てくるから、multicompというやつを選択する。
R_multicomp2.png

そしたらどこのサーバからダウンロードするか選べって言われるからてきとーに日本のやつを選ぶ。
すると勝手にダウンロードを始めてくれるので、ぼけっとした顔して待っとけばいい。

ダウンロードおわったら(おわったよメッセージないっぽい。ふだんのRの>が出てきたら完了かな?)、
require(multicomp)

library(multicomp)
かを打ち込めば準備完了。

R_multicomp3.png
(パッケージおとした場所のパスははずかしいからかくした。)

で、ダネット法のやりかたを見るのに
example(recovery)
と書けばいいらしい。


うむよくわからん。
資料をみると、glht()というのがダネット法する関数っぽい。
aovはANOVA用関数だから、まあ要するにANOVAして多重比較して、といういつもの流れをみせてくれてるようです。

せっかくなので資料にのってる例題をRでやってみよう。

まず例題のデータをぺいぺいっと。

bpdown <- data.frame(
medicine=factor(c(rep(1,5),rep(2,5),rep(3,5)), labels=c("placebo","old-m","new-m
")),  #データフレームの行やら列やらラベルやらきめてる
#Rで日本語はいるとなんかへんな気がしたので変数名は変えたよ
sbpchange=c(5, 8, 3, 10, 15, 20, 12, 30, 16, 24, 31, 25, 17, 40, 23)) #データのなかみ

んで、

plot(sbpchange ~ medicine, data=bpdown) 

をやっとくとこのデータを図示できる。
これこのように。
R_multicomp5.png

ほいで、

res1 <- aov(sbpchange ~ medicine, data=bpdown)
summary(res1)

でANOVAの結果がでる。
このとおり。


で、いよいよダネット法。

library(multcomp)

でmulticompをよみこんで

res2 <- glht(res1, linfct = mcp(medicine = "Dunnett"))
confint(res2, level=0.95) #信頼区間をいれてるっぽい

でダネット法の結果が出る。


summary(res2)

で結果まとめを出力するとこんなかんじ。


これでだいたいできるわけです。

これ一番最初の群をコントロール群に設定するようなってるぽいから、データつけるときにちゃんとそうなるよう配慮せなあかんのじゃないかな。
注意点はそれぐらいか。

まあタイトルネタつかえたからそれでいいや。

今ならEZR
引用おそれいります。
Dunnettの多重比較ですが,今でしたら,EZRを使えば滅茶苦茶簡単にできます。ご参考まで。
by 中澤 港 URL 2012/07/19(Thu)18:50:41 編集
Re:今ならEZR
著者本人がいらっしゃるとは恐縮です。こんなおおざっぱなところで引用するのも何か申し訳ないです。すみません。

今はEZRというソフトがあるのですね!さっそく試してみたいと思います。情報ありがとうございます。
2012/07/20 16:41
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